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- EMDB-3283: Cryo-EM structure of BK polyomavirus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3283
タイトルCryo-EM structure of BK polyomavirus
マップデータReconstruction of BK polyomavirus (sharpened/masked)
試料
  • 試料: BK polyomavirus
  • ウイルス: BK polyomavirus (ウイルス)
キーワードBKPyV / BK / polyomavirus
機能・相同性
機能・相同性情報


caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / T=7 icosahedral viral capsid / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus capsid protein VP1 superfamily / Polyomavirus coat protein / Double-stranded DNA virus, group I, capsid
類似検索 - ドメイン・相同性
Major capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種BK polyomavirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.6 Å
データ登録者Hurdiss DL / Morgan EL / Thompson RF / Prescott EL / Panou MM / Macdonald A / Ranson NA
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: New Structural Insights into the Genome and Minor Capsid Proteins of BK Polyomavirus using Cryo-Electron Microscopy.
著者: Daniel L Hurdiss / Ethan L Morgan / Rebecca F Thompson / Emma L Prescott / Margarita M Panou / Andrew Macdonald / Neil A Ranson /
要旨: BK polyomavirus is the causative agent of several diseases in transplant patients and the immunosuppressed. In order to better understand the structure and life cycle of BK, we produced infectious ...BK polyomavirus is the causative agent of several diseases in transplant patients and the immunosuppressed. In order to better understand the structure and life cycle of BK, we produced infectious virions and VP1-only virus-like particles in cell culture, and determined their three-dimensional structures using cryo-electron microscopy (EM) and single-particle image processing. The resulting 7.6-Å resolution structure of BK and 9.1-Å resolution of the virus-like particles are the highest-resolution cryo-EM structures of any polyomavirus. These structures confirm that the architecture of the major structural protein components of these human polyomaviruses are similar to previous structures from other hosts, but give new insight into the location and role of the enigmatic minor structural proteins, VP2 and VP3. We also observe two shells of electron density, which we attribute to a structurally ordered part of the viral genome, and discrete contacts between this density and both VP1 and the minor capsid proteins.
履歴
置き換えID: EMD-3000
登録2015年12月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年1月13日-
マップ公開2016年4月27日-
更新2016年5月18日-
現状2016年5月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.022
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.022
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5fua
  • 表面レベル: 0.022
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5fua
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3283.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3283.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 210.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of BK polyomavirus (sharpened/masked)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.92 Å/pix.
x 384 pix.
= 737.28 Å		1.92 Å/pix.
x 384 pix.
= 737.28 Å		1.92 Å/pix.
x 384 pix.
= 737.28 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.92 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.022 / ムービー #1: 0.022
最小 - 最大-0.02264674 - 0.05379711
平均 (標準偏差)0.00088005 (±0.00504107)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-192-192-192
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 737.27997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.921.921.92
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z737.280737.280737.280
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-192-192-192
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.0230.0540.001

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添付データ

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添付マップデータ: emd 3283 additional 1.map

ファイルemd_3283_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : BK polyomavirus

全体名称: BK polyomavirus (ウイルス)
要素
  • 試料: BK polyomavirus
  • ウイルス: BK polyomavirus (ウイルス)

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超分子 #1000: BK polyomavirus

超分子名称: BK polyomavirus / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Icosohedral / Number unique components: 1

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超分子 #1: BK polyomavirus

超分子名称: BK polyomavirus / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 10629 / 生物種: BK polyomavirus / Sci species strain: Dunlop / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
Host system組換細胞: Vero cells
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 498 Å

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.9 / 詳細: 10mM HEPES pH 7.9, 1mM CaCl2, 1mM MgCl2, 5mM KCl
グリッド詳細: Quantifoil R2/1 EM grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: 6.5 seconds blot before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
日付2014年12月15日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 432 / 平均電子線量: 40 e/Å2
詳細: 4 e-/A2/s, a 4 frames per second frame rate, and a 10 s exposure
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 19000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: CTFFIND3
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.6 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion / 使用した粒子像数: 2237
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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