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- EMDB-32195: Coxsackievirus B3(VP3-234N) incubate with CD55 at pH7.4 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32195
タイトルCoxsackievirus B3(VP3-234N) incubate with CD55 at pH7.4
マップデータ
試料
  • 複合体: Coxsackievirus B3
    • 複合体: Complement decay-accelerating factor
      • タンパク質・ペプチド: Complement decay-accelerating factor
    • ウイルス: Homo sapiens (ヒト)
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP2
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP3
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP4
  • リガンド: PALMITIC ACID
キーワードCVB3 / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / negative regulation of complement activation / regulation of complement-dependent cytotoxicity / regulation of complement activation / respiratory burst / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / Class B/2 (Secretin family receptors) / ficolin-1-rich granule membrane / COPI-mediated anterograde transport ...regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / negative regulation of complement activation / regulation of complement-dependent cytotoxicity / regulation of complement activation / respiratory burst / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / Class B/2 (Secretin family receptors) / ficolin-1-rich granule membrane / COPI-mediated anterograde transport / complement activation, classical pathway / side of membrane / transport vesicle / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / secretory granule membrane / Regulation of Complement cascade / positive regulation of T cell cytokine production / virus receptor activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / membrane raft / Golgi membrane / innate immune response / lipid binding / Neutrophil degranulation / cell surface / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement decay-accelerating factor
類似検索 - 構成要素
生物種Coxsackievirus B3 (コクサッキーウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Wang QL / Liu CC
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China)82072289 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: Molecular basis of differential receptor usage for naturally occurring CD55-binding and -nonbinding coxsackievirus B3 strains.
著者: Qingling Wang / Qian Yang / Congcong Liu / Guoqing Wang / Hao Song / Guijun Shang / Ruchao Peng / Xiao Qu / Sheng Liu / Yingzi Cui / Peiyi Wang / Wenbo Xu / Xin Zhao / Jianxun Qi / Mengsu Yang / George F Gao /
要旨: Receptor usage defines cell tropism and contributes to cell entry and infection. Coxsackievirus B (CVB) engages coxsackievirus and adenovirus receptor (CAR), and selectively utilizes the decay- ...Receptor usage defines cell tropism and contributes to cell entry and infection. Coxsackievirus B (CVB) engages coxsackievirus and adenovirus receptor (CAR), and selectively utilizes the decay-accelerating factor (DAF; CD55) to infect cells. However, the differential receptor usage mechanism for CVB remains elusive. This study identified VP3-234 residues (234Q/N/V/D/E) as critical population selection determinants during CVB3 virus evolution, contributing to diverse binding affinities to CD55. Cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of CD55-binding/nonbinding isolates and their complexes with CD55 or CAR were obtained under both neutral and acidic conditions, and the molecular mechanism of VP3-234 residues determining CD55 affinity/specificity for naturally occurring CVB3 strains was elucidated. Structural and biochemical studies in vitro revealed the dynamic entry process of CVB3 and the function of the uncoating receptor CAR with different pH preferences. This work provides detailed insight into the molecular mechanism of CVB infection and contributes to an in-depth understanding of enterovirus attachment receptor usage.
履歴
登録2021年11月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年1月19日-
マップ公開2022年1月19日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.02
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  • 原子モデル: PDB-7vy6
  • 表面レベル: 0.02
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7vy6
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_32195.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32195.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 432 pix.
= 466.56 Å		1.08 Å/pix.
x 432 pix.
= 466.56 Å		1.08 Å/pix.
x 432 pix.
= 466.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.06966249 - 0.13128151
平均 (標準偏差)0.0012083689 (±0.008613462)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-216-216-216
サイズ432432432
Spacing432432432
セルA=B=C: 466.56003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.081.081.08
M x/y/z432432432
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z466.560466.560466.560
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-216-216-216
NC/NR/NS432432432
D min/max/mean-0.0700.1310.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_32195_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Coxsackievirus B3

全体名称: Coxsackievirus B3 (コクサッキーウイルス)
要素
  • 複合体: Coxsackievirus B3
    • 複合体: Complement decay-accelerating factor
      • タンパク質・ペプチド: Complement decay-accelerating factor
    • ウイルス: Homo sapiens (ヒト)
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP2
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP3
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP4
  • リガンド: PALMITIC ACID

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超分子 #1: Coxsackievirus B3

超分子名称: Coxsackievirus B3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Coxsackievirus B3 (コクサッキーウイルス)

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超分子 #3: Complement decay-accelerating factor

超分子名称: Complement decay-accelerating factor / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5

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超分子 #2: Homo sapiens

超分子名称: Homo sapiens / タイプ: virus / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4 / NCBI-ID: 9606 / 生物種: Homo sapiens / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Capsid protein VP1

分子名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Coxsackievirus B3 (コクサッキーウイルス)
分子量理論値: 31.703477 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GPVEDVITAA IGRVADTVGT GPTNSEAIPA LTAAETGHTS QVVPGDTMQT RHVKNYHSRS ESTVENFLCR SACVYFTEYK NSGSKRYAE WVVTTRQAAQ LRRKLEFFTY IRFDLELTFV ITSTQQPSTT QNQDAQILTH QIMYVPPGGP VPDKVDSYVW Q TSTNPSVF ...文字列:
GPVEDVITAA IGRVADTVGT GPTNSEAIPA LTAAETGHTS QVVPGDTMQT RHVKNYHSRS ESTVENFLCR SACVYFTEYK NSGSKRYAE WVVTTRQAAQ LRRKLEFFTY IRFDLELTFV ITSTQQPSTT QNQDAQILTH QIMYVPPGGP VPDKVDSYVW Q TSTNPSVF WTEGNAPPRM SIPFLSIGNA YSNFYDGWSE FSRNGVYGIN TLNNMGTLYA RHVNTGSTGP IKSTIRIYFK PK HVKAWIP RPPRLCQYEK AKNVNFQPSG VTTTRQSITT MTNTGAF

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分子 #2: Capsid protein VP2

分子名称: Capsid protein VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Coxsackievirus B3 (コクサッキーウイルス)
分子量理論値: 28.862561 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SPTVEECGYS DRVRSITLGN STITTQECAN VVVGYGVWPD YLKDSEATAE DQPTQPDVAT CRFYTLDSVQ WQKTSPGWWW KLPDALSNL GLFGQNMQYH YLGRTGYTIH VQCNASKFHQ GCLLVVCVPE AEMGCATLDN TPSSAELLGG DAAKEFAGEP I ASGSNKLV ...文字列:
SPTVEECGYS DRVRSITLGN STITTQECAN VVVGYGVWPD YLKDSEATAE DQPTQPDVAT CRFYTLDSVQ WQKTSPGWWW KLPDALSNL GLFGQNMQYH YLGRTGYTIH VQCNASKFHQ GCLLVVCVPE AEMGCATLDN TPSSAELLGG DAAKEFAGEP I ASGSNKLV QRVVYNAGMG IGVGNLTIFP HQWINLRTNN SATIVMPYTN SVPMDNMFRH NNITLMVIPF VPLDYCPGST TY VPITVTI APMCAEYNGL RLASHQ

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分子 #3: Capsid protein VP3

分子名称: Capsid protein VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Coxsackievirus B3 (コクサッキーウイルス)
分子量理論値: 26.128633 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GLPTMNTPGS CQFLTSDDFQ SPSAMPQYDV TPEMKIPGEV KNLMEIAEVD SVVPVQNVGE KVNSMEAYQI PVRSNEGSGT QVFGFPLQP GYSSVFSRTL LGEILNYYTH WSGSIKLTFM FCGSAMATGK FLLAYSPPGA GAPTKRVDAM LGTHVVWDVG L QSSCVLCI ...文字列:
GLPTMNTPGS CQFLTSDDFQ SPSAMPQYDV TPEMKIPGEV KNLMEIAEVD SVVPVQNVGE KVNSMEAYQI PVRSNEGSGT QVFGFPLQP GYSSVFSRTL LGEILNYYTH WSGSIKLTFM FCGSAMATGK FLLAYSPPGA GAPTKRVDAM LGTHVVWDVG L QSSCVLCI PWISQTHYRY VASDEYTAGG FITCWYQTNI VVPADAQSSC YIMCFVSACN DFSVRLLKDT PFISQNSFFQ

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分子 #4: Capsid protein VP4

分子名称: Capsid protein VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Coxsackievirus B3 (コクサッキーウイルス)
分子量理論値: 7.437209 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MGAQVSTQKT GAHETGLNAS GNSIIHYTNI NYYKDAASNS ATRQDFAQDP GKFTEPVKDI MIKSLPALN

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分子 #5: Complement decay-accelerating factor

分子名称: Complement decay-accelerating factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.641074 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DCGLPPDVPN AQPALEGRTS FPEDTVITYK CEESFVKIPG EKDSVICLKG SQWSDIEEFC NRSCEVPTRL NSASLKQPYI TQNYFPVGT VVEYECRPGY RREPSLSPKL TCLQNLKWST AVEFCKKKSC PNPGEIRNGQ IDVPGGILFG ATISFSCNTG Y KLFGSTSS ...文字列:
DCGLPPDVPN AQPALEGRTS FPEDTVITYK CEESFVKIPG EKDSVICLKG SQWSDIEEFC NRSCEVPTRL NSASLKQPYI TQNYFPVGT VVEYECRPGY RREPSLSPKL TCLQNLKWST AVEFCKKKSC PNPGEIRNGQ IDVPGGILFG ATISFSCNTG Y KLFGSTSS FCLISGSSVQ WSDPLPECRE IYCPAPPQID NGIIQGERDH YGYRQSVTYA CNKGFTMIGE HSIYCTVNND EG EWSGPPP ECRGHHHHHH

UniProtKB: Complement decay-accelerating factor

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分子 #6: PALMITIC ACID

分子名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: PLM
分子量理論値: 256.424 Da
Chemical component information

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.8 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 158446
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

1cov

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.02 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8) / 使用した粒子像数: 34135
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8)
ソフトウェア - 詳細: RELION 3.0.8 was used to determine the initial angular assignment
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8)
ソフトウェア - 詳細: RELION 3.0.8 was used to determine the final angular assignment
最終 3次元分類クラス数: 5 / 平均メンバー数/クラス: 27834 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8)
ソフトウェア - 詳細: RELION 3.0.8 was used to do Class3D
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

1cov

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

1cov

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

1cov

chain_id: C, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

1cov

chain_id: D, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7vy6:
Coxsackievirus B3(VP3-234N) incubate with CD55 at pH7.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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