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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31952 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Vaccinia virus scaffolding protein D13 trimer doublet | ||||||||||||
![]() | Cryo-EM single particle reconstruction on Vaccinia virus scaffold protein D13 trimer doublet. The map has been sharpened using Relion post-processing, and density-normalized (mean=0, s.d=1). | ||||||||||||
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![]() | Scaffold / capsid / double-jelly-roll / VIRAL PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | Poxvirus rifampicin-resistance / Poxvirus rifampicin resistance protein / response to antibiotic / identical protein binding / membrane / Scaffold protein OPG125![]() | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.87 Å | ||||||||||||
![]() | Wolf M / Hyun J | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Assembly mechanism of the pleomorphic immature poxvirus scaffold. 著者: Jaekyung Hyun / Hideyuki Matsunami / Tae Gyun Kim / Matthias Wolf / ![]() ![]() ![]() 要旨: In Vaccinia virus (VACV), the prototype poxvirus, scaffold protein D13 forms a honeycomb-like lattice on the viral membrane that results in formation of the pleomorphic immature virion (IV). The ...In Vaccinia virus (VACV), the prototype poxvirus, scaffold protein D13 forms a honeycomb-like lattice on the viral membrane that results in formation of the pleomorphic immature virion (IV). The structure of D13 is similar to those of major capsid proteins that readily form icosahedral capsids in nucleocytoplasmic large DNA viruses (NCLDVs). However, the detailed assembly mechanism of the nonicosahedral poxvirus scaffold has never been understood. Here we show the cryo-EM structures of the D13 trimer and scaffold intermediates produced in vitro. The structures reveal that the displacement of the short N-terminal α-helix is critical for initiation of D13 self-assembly. The continuous curvature of the IV is mediated by electrostatic interactions that induce torsion between trimers. The assembly mechanism explains the semiordered capsid-like arrangement of D13 that is distinct from icosahedral NCLDVs. Our structures explain how a single protein can self-assemble into different capsid morphologies and represent a local exception to the universal Caspar-Klug theory of quasi-equivalence. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 3.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 24.9 KB 24.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 9.2 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 146.4 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 64 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() | 57.8 MB 9 MB 58 MB 58 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 856.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 856.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM single particle reconstruction on Vaccinia virus scaffold protein D13 trimer doublet. The map has been sharpened using Relion post-processing, and density-normalized (mean=0, s.d=1). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.12 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Cryo-EM single particle reconstruction on Vaccinia virus scaffold...
ファイル | emd_31952_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM single particle reconstruction on Vaccinia virus scaffold protein D13 trimer doublet. The map is unsharpened, and density-normalized (mean=0, s.d=1). | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Cryo-EM single particle reconstruction on Vaccinia virus scaffold...
ファイル | emd_31952_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM single particle reconstruction on Vaccinia virus scaffold protein D13 trimer doublet. The map has been density-modified using PHENIX ResolveCryoEM, and density-normalized (mean=0, s.d=1). | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Cryo-EM single particle reconstruction on Vaccinia virus scaffold...
ファイル | emd_31952_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM single particle reconstruction on Vaccinia virus scaffold protein D13 trimer (half map 1). | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Cryo-EM single particle reconstruction on Vaccinia virus scaffold...
ファイル | emd_31952_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM single particle reconstruction on Vaccinia virus scaffold protein D13 trimer (half map 2). | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Vaccinia virus scaffolding protein D13 in its trimer doublet olig...
全体 | 名称: Vaccinia virus scaffolding protein D13 in its trimer doublet oligomeric state |
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要素 |
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-超分子 #1: Vaccinia virus scaffolding protein D13 in its trimer doublet olig...
超分子 | 名称: Vaccinia virus scaffolding protein D13 in its trimer doublet oligomeric state タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Recombinant D13 was expressed with N-terminal polyhistidine-tag (His-tag) using bacterial expression system. The protein was purified using metal affinity chromatography. His-tag was removed ...詳細: Recombinant D13 was expressed with N-terminal polyhistidine-tag (His-tag) using bacterial expression system. The protein was purified using metal affinity chromatography. His-tag was removed by proteolysis and the protein was further purified using size exclusion chromatography. The final purified protein was trimeric. Sub-population of purified protein also exists as trimer doublets. |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 372 KDa |
-分子 #1: Scaffold protein D13
分子 | 名称: Scaffold protein D13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: Western Reserve |
分子量 | 理論値: 61.67632 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: AMNNTIINSL IGGDDSIKRS NVFAVDSQIP TLYMPQYISL SGVMTNDGPD NQAIASFEIR DQYITALNHL VLSLELPEVK GMGRFGYVP YVGYKCINHV SISSCNGVIW EIEGEELYNN CINNTIALKH SGYSSELNDI SIGLTPNDTI KEPSTVYVYI K TPFDVEDT ...文字列: AMNNTIINSL IGGDDSIKRS NVFAVDSQIP TLYMPQYISL SGVMTNDGPD NQAIASFEIR DQYITALNHL VLSLELPEVK GMGRFGYVP YVGYKCINHV SISSCNGVIW EIEGEELYNN CINNTIALKH SGYSSELNDI SIGLTPNDTI KEPSTVYVYI K TPFDVEDT FSSLKLSDSK ITVTVTFNPV SDIVIRDSSF DFETFNKEFV YVPELSFIGY MVKNVQIKPS FIEKPRRVIG QI NQPTATV TEVHAATSLS VYTKPYYGNT DNKFISYPGY SQDEKDYIDA YVSRLLDDLV IVSDGPPTGY PESAEIVEVP EDG IVSIQD ADVYVKIDNV PDNMSVYLHT NLLMFGTRKN SFIYNISKKF SAITGTYSDA TKRTIFAHIS HSINIIDTSI PVSL WTSQR NVYNGDNRSA ESKAKDLFIN DPFIKGIDFK NKTDIISRLE VRFGNDVLYS ENGPISRIYN ELLTKSNNGT RTLTF NFTP KIFFRPTTIT ANVSRGKDKL SVRVVYSTMD VNHPIYYVQK QLVVVCNDLY KVSYDQGVSI TKIMG UniProtKB: Scaffold protein OPG125 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.12 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: 3 microliter sample volume was loaded onto a holey grid with additional graphene oxide film. 10 sec waiting time, 5 sec blotting time and blot force 0, no delay time were applied before plunging.. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 1695 / 平均露光時間: 67.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 92000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |