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- EMDB-31258: STRUCTURE OF PHOTOSYNTHETIC LH1-RC SUPER-COMPLEX OF RHODOSPIRILLU... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31258
タイトルSTRUCTURE OF PHOTOSYNTHETIC LH1-RC SUPER-COMPLEX OF RHODOSPIRILLUM RUBRUM
マップデータLH1-RC complex of Rsp. rubrum
試料
  • 複合体: Photosynthetic LH1-RC complex from the purple phototrophic bacterium Rhodospirillum rubrum
    • タンパク質・ペプチド: x 5種
  • リガンド: x 10種
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle inner membrane / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / photosynthetic electron transport in photosystem II / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit / Light-harvesting complex ...Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Light-harvesting protein B-870 alpha chain / Reaction center protein L chain / Light-harvesting protein B-870 beta chain / Reaction center protein M chain / Photoreaction center protein H
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodospirillum rubrum (バクテリア) / Rhodospirillum rubrum (strain ATCC 11170 / ATH 1.1.1 / DSM 467 / LMG 4362 / NCIB 8255 / S1) (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Tani K / Kanno R / Ji X-C / Yu L-J / Hall M / Kimura Y / Madigan MT / Mizoguchi A / Humbel BM / Wang-Otomo Z-Y
資金援助 日本, 6件
OrganizationGrant number国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101118 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101116 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP16H04174 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP18H05153 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H05086 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H02856 日本
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM Structure of the Photosynthetic LH1-RC Complex from .
著者: Kazutoshi Tani / Ryo Kanno / Xuan-Cheng Ji / Malgorzata Hall / Long-Jiang Yu / Yukihiro Kimura / Michael T Madigan / Akira Mizoguchi / Bruno M Humbel / Zheng-Yu Wang-Otomo /
要旨: () is one of the most widely used model organisms in bacterial photosynthesis. This purple phototroph is characterized by the presence of both rhodoquinone (RQ) and ubiquinone as electron carriers ... () is one of the most widely used model organisms in bacterial photosynthesis. This purple phototroph is characterized by the presence of both rhodoquinone (RQ) and ubiquinone as electron carriers and bacteriochlorophyll (BChl) esterified at the propionic acid side chain by geranylgeraniol (BChl ) instead of phytol. Despite intensive efforts, the structure of the light-harvesting-reaction center (LH1-RC) core complex from remains at low resolutions. Using cryo-EM, here we present a robust new view of the LH1-RC at 2.76 Å resolution. The LH1 complex forms a closed, slightly elliptical ring structure with 16 αβ-polypeptides surrounding the RC. Our biochemical analysis detected RQ molecules in the purified LH1-RC, and the cryo-EM density map specifically positions RQ at the Q site in the RC. The geranylgeraniol side chains of BChl coordinated by LH1 β-polypeptides exhibit a highly homologous tail-up conformation that allows for interactions with the bacteriochlorin rings of nearby LH1 α-associated BChls . The structure also revealed key protein-protein interactions in both N- and C-terminal regions of the LH1 αβ-polypeptides, mainly within a face-to-face structural subunit. Our high-resolution LH1-RC structure provides new insight for evaluating past experimental and computational results obtained with this old organism over many decades and lays the foundation for more detailed exploration of light-energy conversion, quinone transport, and structure-function relationships in this pigment-protein complex.
履歴
登録2021年5月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年8月18日-
マップ公開2021年8月18日-
更新2021年8月18日-
現状2021年8月18日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.033
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.033
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7eqd
  • 表面レベル: 0.033
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31258.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31258.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈LH1-RC complex of Rsp. rubrum
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 360 pix.
= 295.2 Å		0.82 Å/pix.
x 360 pix.
= 295.2 Å		0.82 Å/pix.
x 360 pix.
= 295.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.033 / ムービー #1: 0.033
最小 - 最大-0.13721976 - 0.23772606
平均 (標準偏差)3.171775e-05 (±0.007663364)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 295.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.820.820.82
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z295.200295.200295.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ500500500
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-0.1370.2380.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Photosynthetic LH1-RC complex from the purple phototrophic bacter...

全体名称: Photosynthetic LH1-RC complex from the purple phototrophic bacterium Rhodospirillum rubrum
要素
  • 複合体: Photosynthetic LH1-RC complex from the purple phototrophic bacterium Rhodospirillum rubrum
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein L chain
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein M chain
    • タンパク質・ペプチド: Photoreaction center protein H
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting protein B-870 alpha chain
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting protein B-870 beta chain
  • リガンド: Trans-Geranyl BACTERIOCHLOROPHYLL A
  • リガンド: Trans-Geranyl BACTERIOPHEOPHYTIN A
  • リガンド: UBIQUINONE-10
  • リガンド: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: 2-azanyl-5-[(2~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},18~{E},22~{E},26~{E},30~{E},34~{E})-3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-decamethyltetraconta-2,6,8,10,12,14,18,22,26,30,34,38-dodecaenyl]-3-methoxy-6-methyl-cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione
  • リガンド: SPIRILLOXANTHIN
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

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超分子 #1: Photosynthetic LH1-RC complex from the purple phototrophic bacter...

超分子名称: Photosynthetic LH1-RC complex from the purple phototrophic bacterium Rhodospirillum rubrum
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Rhodospirillum rubrum (バクテリア)

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分子 #1: Reaction center protein L chain

分子名称: Reaction center protein L chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
分子量理論値: 30.529488 KDa
配列文字列: ALLSFERKYR VRGGTLIGGD LFDFWVGPFY VGFFGVTTLL FTVLGTALIV WGAALGPSWT FWQISINPPD VSYGLAMAPM AKGGLWQII TFSAIGAFVS WALREVEICR KLGIGYHIPF AFGFAILAYV SLVVIRPVMM GAWGYGFPYG FMTHLDWVSN T GYQYANFH ...文字列:
ALLSFERKYR VRGGTLIGGD LFDFWVGPFY VGFFGVTTLL FTVLGTALIV WGAALGPSWT FWQISINPPD VSYGLAMAPM AKGGLWQII TFSAIGAFVS WALREVEICR KLGIGYHIPF AFGFAILAYV SLVVIRPVMM GAWGYGFPYG FMTHLDWVSN T GYQYANFH YNPAHMLGIT LFFTTCLALA LHGSLILSAA NPGKGEVVKG PEHENTYFQD TIGYSVGTLG IHRVGLILAL SA VVWSIIC MILSGPIYTG SWPDWWLWWQ KLPFWNHG

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分子 #2: Reaction center protein M chain

分子名称: Reaction center protein M chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodospirillum rubrum (strain ATCC 11170 / ATH 1.1.1 / DSM 467 / LMG 4362 / NCIB 8255 / S1) (バクテリア)
株: ATCC 11170 / ATH 1.1.1 / DSM 467 / LMG 4362 / NCIB 8255 / S1
分子量理論値: 34.103348 KDa
配列文字列: SEYQNILTGV QVRTAPHSAP IAKGIFPRLG KPGFSYWLGK IGDAQIGPIY LGTTGVLSLV FGFFAIEIIG FNLLASVNWS PMEFGRQFF WLGLEPPAAE YGLGFAPLAE GGWWQIAGFF LTTSILLWWV RMYRRARALK MGTHTAWAFA SAIFLFLSLG F IRPLLMGN ...文字列:
SEYQNILTGV QVRTAPHSAP IAKGIFPRLG KPGFSYWLGK IGDAQIGPIY LGTTGVLSLV FGFFAIEIIG FNLLASVNWS PMEFGRQFF WLGLEPPAAE YGLGFAPLAE GGWWQIAGFF LTTSILLWWV RMYRRARALK MGTHTAWAFA SAIFLFLSLG F IRPLLMGN FSESVPFGIF PHLEWTNSFS LNYGNFFYNP FHMLSIAFLY GSALLFAMHG ATILAVSRLG GDREVEQITD RG TAAERAA LFWRWTMGFN ATMESIHRWA WWFAVLCTFT GAIGILLTGT VVDNWFEWGV KHGLAPAP

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分子 #3: Photoreaction center protein H

分子名称: Photoreaction center protein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
分子量理論値: 27.844996 KDa
配列文字列: NKGDITGYMD VAQVVLYAFW IFFAGLIIYL RREDRREGYP LEDAISGKIN SLQGLGSVFS IARPKIFKLK TGATYAAPNF KRDAVAIKA TRTAPTAGAP FEPTGNPMTD AVGPAAYALR DELPDLTLGG QPAIVPLRVA PTFSVAAEDT DPRGLPVVDR K GAVAGKVT ...文字列:
NKGDITGYMD VAQVVLYAFW IFFAGLIIYL RREDRREGYP LEDAISGKIN SLQGLGSVFS IARPKIFKLK TGATYAAPNF KRDAVAIKA TRTAPTAGAP FEPTGNPMTD AVGPAAYALR DELPDLTLGG QPAIVPLRVA PTFSVAAEDT DPRGLPVVDR K GAVAGKVT DLWIDRASIA IRYLEVELAA TPGRKVLLPF AATRINAKTK SKTVTVQSIL ARHFANVPTI AKTDSITRRE ED KVMAYYS SGYLYSDRV

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分子 #4: Light-harvesting protein B-870 alpha chain

分子名称: Light-harvesting protein B-870 alpha chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
分子量理論値: 7.140414 KDa
配列文字列:
(FME)WRIWQLFDP RQALVGLATF LFVLALLIHF ILLSTERFNW LEGASTKPVQ TSMVMPSSDL AV

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分子 #5: Light-harvesting protein B-870 beta chain

分子名称: Light-harvesting protein B-870 beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodospirillum rubrum (strain ATCC 11170 / ATH 1.1.1 / DSM 467 / LMG 4362 / NCIB 8255 / S1) (バクテリア)
株: ATCC 11170 / ATH 1.1.1 / DSM 467 / LMG 4362 / NCIB 8255 / S1
分子量理論値: 6.155019 KDa
配列文字列:
AEVKQESLSG ITEGEAKEFH KIFTSSILVF FGVAAFAHLL VWIWRPWVPG PNGYS

+
分子 #6: Trans-Geranyl BACTERIOCHLOROPHYLL A

分子名称: Trans-Geranyl BACTERIOCHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 36 / 式: 07D
分子量理論値: 901.425 Da
Chemical component information

ChemComp-07D:
Trans-Geranyl BACTERIOCHLOROPHYLL A

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分子 #7: Trans-Geranyl BACTERIOPHEOPHYTIN A

分子名称: Trans-Geranyl BACTERIOPHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: 08I
分子量理論値: 879.136 Da
Chemical component information

ChemComp-08I:
Trans-Geranyl BACTERIOPHEOPHYTIN A

+
分子 #8: UBIQUINONE-10

分子名称: UBIQUINONE-10 / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: U10
分子量理論値: 863.343 Da
Chemical component information

ChemComp-U10:
UBIQUINONE-10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略)

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分子 #9: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-...

分子名称: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 2 / 式: PGV
分子量理論値: 749.007 Da
Chemical component information

ChemComp-PGV:
(1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / リン脂質*YM

+
分子 #10: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 23 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

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分子 #11: FE (III) ION

分子名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: FE
分子量理論値: 55.845 Da

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分子 #12: 2-azanyl-5-[(2~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},18~{E},22~{E}...

分子名称: 2-azanyl-5-[(2~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},18~{E},22~{E},26~{E},30~{E},34~{E})-3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-decamethyltetraconta-2,6,8,10,12,14,18,22,26,30,34,38-dodecaenyl]-3-methoxy- ...名称: 2-azanyl-5-[(2~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},18~{E},22~{E},26~{E},30~{E},34~{E})-3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-decamethyltetraconta-2,6,8,10,12,14,18,22,26,30,34,38-dodecaenyl]-3-methoxy-6-methyl-cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione
タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 1 / 式: RQ0
分子量理論値: 844.3 Da
Chemical component information

ChemComp-RQ0:
2-azanyl-5-[(2~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},18~{E},22~{E},26~{E},30~{E},34~{E})-3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-decamethyltetraconta-2,6,8,10,12,14,18,22,26,30,34,38-dodecaenyl]-3-methoxy-6-methyl-cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione

+
分子 #13: SPIRILLOXANTHIN

分子名称: SPIRILLOXANTHIN / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 17 / 式: CRT
分子量理論値: 596.925 Da
Chemical component information

ChemComp-CRT:
SPIRILLOXANTHIN

+
分子 #14: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 5 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

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分子 #15: DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 3 / 式: PEF
分子量理論値: 691.959 Da
Chemical component information

ChemComp-PEF:
DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / DPPE / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: MOLYBDENUM / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP
詳細This sample was monodisperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 30.6 sec. / 平均電子線量: 42.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 262517
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

30314


詳細: After subtraction of the density corresponding to the C-subunit and the C-terminus of LH1
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 145033
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 155557 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5y5s

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 60 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7eqd:
STRUCTURE OF PHOTOSYNTHETIC LH1-RC SUPER-COMPLEX OF RHODOSPIRILLUM RUBRUM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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