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万見
- EMDB-3109: Insight into the assembly of viruses with vertical single beta-ba... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3109
タイトルInsight into the assembly of viruses with vertical single beta-barrel major capsid proteins
マップデータReconstruction of Haloarcula hispanica icosahedral virus 2 (HHIV-2. The recommended contour level (threshold) suggested is for visualizing the capsid in Chimera. Lower thresholds are required for example to display the spikes.
試料
  • 試料: Haloarcula hispanica icosahedral virus 2 (HHIV-2)
  • ウイルス: Haloarcula hispanica icosahedral virus 2 (ウイルス)
キーワードarchaeal virus
生物種Haloarcula hispanica icosahedral virus 2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.0 Å
データ登録者Gil-Carton D / Jaakkola ST / Charro D / Peralta B / Castano-Diez D / Oksanen HM / Bamford DH / Abrescia NG
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Insight into the Assembly of Viruses with Vertical Single β-barrel Major Capsid Proteins.
著者: David Gil-Carton / Salla T Jaakkola / Diego Charro / Bibiana Peralta / Daniel Castaño-Díez / Hanna M Oksanen / Dennis H Bamford / Nicola G A Abrescia /
要旨: Archaeal viruses constitute the least explored niche within the virosphere. Structure-based approaches have revealed close relationships between viruses infecting organisms from different domains of ...Archaeal viruses constitute the least explored niche within the virosphere. Structure-based approaches have revealed close relationships between viruses infecting organisms from different domains of life. Here, using biochemical and cryo-electron microscopy techniques, we solved the structure of euryarchaeal, halophilic, internal membrane-containing Haloarcula hispanica icosahedral virus 2 (HHIV-2). We show that the density of the two major capsid proteins (MCPs) recapitulates vertical single β-barrel proteins and that disulfide bridges stabilize the capsid. Below, ordered density is visible close to the membrane and at the five-fold vertices underneath the host-interacting vertex complex underpinning membrane-protein interactions. The HHIV-2 structure exemplifies the division of conserved architectural elements of a virion, such as the capsid, from those that evolve rapidly due to selective environmental pressure such as host-recognizing structures. We propose that in viruses with two vertical single β-barrel MCPs the vesicle is indispensable, and membrane-protein interactions serve as protein-railings for guiding the assembly.
履歴
登録2015年7月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年8月26日-
マップ公開2015年9月9日-
更新2015年10月14日-
現状2015年10月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMDB_figure_...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3109.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 157 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of Haloarcula hispanica icosahedral virus 2 (HHIV-2. The recommended contour level (threshold) suggested is for visualizing the capsid in Chimera. Lower thresholds are required for example to display the spikes.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.4 Å/pix.
x 348 pix.
= 1183.2 Å		3.4 Å/pix.
x 348 pix.
= 1183.2 Å		3.4 Å/pix.
x 348 pix.
= 1183.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.12 / ムービー #1: 0.12
最小 - 最大-0.06295919 - 0.22115071
平均 (標準偏差)0.01261325 (±0.04221636)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ348348348
Spacing348348348
セルA=B=C: 1183.2001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.43.43.4
M x/y/z348348348
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1183.2001183.2001183.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS348348348
D min/max/mean-0.0630.2210.013

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Haloarcula hispanica icosahedral virus 2 (HHIV-2)

全体名称: Haloarcula hispanica icosahedral virus 2 (HHIV-2)
要素
  • 試料: Haloarcula hispanica icosahedral virus 2 (HHIV-2)
  • ウイルス: Haloarcula hispanica icosahedral virus 2 (ウイルス)

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超分子 #1000: Haloarcula hispanica icosahedral virus 2 (HHIV-2)

超分子名称: Haloarcula hispanica icosahedral virus 2 (HHIV-2) / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Icosahedral Virus / Number unique components: 1

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超分子 #1: Haloarcula hispanica icosahedral virus 2

超分子名称: Haloarcula hispanica icosahedral virus 2 / タイプ: virus / ID: 1 / 詳細: HHIV-2 is a lipid-containing virus / NCBI-ID: 1154689 / 生物種: Haloarcula hispanica icosahedral virus 2 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Haloarcula hispanica (好塩性) / 別称: ARCHAEA
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: VP4-VP7 / 直径: 740 Å / T番号(三角分割数): 28

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.9 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
詳細: 20 mM Tris-HCl [pH 7.2], 20 mM MgCl2, 10 mM CaCl2, and 0.5 M NaCl
グリッド詳細: 200-mesh Quantifoil R 2/1 holey-carbon grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 100 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II / 手法: Blot for 3 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FSC
温度最低: 80 K / 最高: 103 K / 平均: 99 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Omega
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 15.0 eV
日付2014年10月27日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 900 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / ビット/ピクセル: 32
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 90200 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: XMIPP / 詳細: 11 Ang FSC at 0.143 cut-off / 使用した粒子像数: 4875

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3zn5

ソフトウェア名称: COOT
詳細We used the VP17 and VP16 pdbs previously fitted into the P23-77 cryo-EM maps by Rissanen et al (2013) Structure. We selected from the above fitting as rigid body a VP17 with two adjacent VP16. Then, we fitted as rigid body the VP16-VP17-VP16 oligomer in our map into capsomer 5 (please see our publication Figure 4D).
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

3zmn

ソフトウェア名称: COOT
詳細We used the VP17 and VP16 pdbs previously fitted into the P23-77 cryo-EM maps by Rissanen et al (2013) Structure. We selected from the above fitting as rigid body a VP17 with two adjacent VP16. Then, we fitted as rigid body the VP16-VP17-VP16 oligomer in our map into capsomer 5 using the COOT command 'Rigid body fit zone' (please see our publication Figure 4D).
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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原子モデル構築 3

初期モデルPDB ID:

3j31


Chain - Chain ID: Q
ソフトウェア名称: COOT
詳細We first generated the pentameric structure correspondingto the STIV map - Veesler et al (2013) PNAS- and then used the pentamer for rigid-body fitting using the COOT command 'Rigid body fit zone' in our cryo-EM density (please see Figure 7).
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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原子モデル構築 4

初期モデルPDB ID:

2poh

ソフトウェア名称: COOT
詳細The trimer was manually fitted into density using COOT
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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原子モデル構築 5

初期モデルPDB ID:

4d1g

ソフトウェア名称: COOT
詳細The trimer was manually fitted into density using COOT.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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