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- EMDB-30909: Cryo-EM structure of PSII intermediate Psb28-PSII complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30909
タイトルCryo-EM structure of PSII intermediate Psb28-PSII complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of PSII intermediate Psb28-PSII complex.
    • タンパク質・ペプチド: x 17種
  • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • リガンド: x 13種
キーワードPhotosystem II / Cryo-EM / assembly / repair / Psb28 / Tsl0063 / PLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem II oxygen evolving complex / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / photosynthesis, light reaction ...photosystem II oxygen evolving complex / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / photosynthesis, light reaction / phosphate ion binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthesis / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Photosystem II Psb28, class 1 / Photosystem II Psb28, class 1 superfamily / Psb28 protein / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM ...: / Photosystem II Psb28, class 1 / Photosystem II Psb28, class 1 superfamily / Psb28 protein / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II PsbK / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Photosystem II protein D1 / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein Psb30 / Photosystem II reaction center protein X / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II D2 protein / Cytochrome b559 subunit alpha / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II reaction center protein L ...Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein Psb30 / Photosystem II reaction center protein X / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II D2 protein / Cytochrome b559 subunit alpha / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II reaction center protein L / Photosystem II reaction center protein M / Photosystem II reaction center protein T / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II protein D1 / Photosystem II assembly factor Psb28 protein / Photosystem II assembly protein Psb34 / Photosystem II reaction center protein K
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.14 Å
データ登録者Sui SF / Shen JR
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2021
タイトル: Structural insights into cyanobacterial photosystem II intermediates associated with Psb28 and Tsl0063.
著者: Yanan Xiao / Guoqiang Huang / Xin You / Qingjun Zhu / Wenda Wang / Tingyun Kuang / Guangye Han / Sen-Fang Sui / Jian-Ren Shen /
要旨: Photosystem II (PSII) is a multisubunit pigment-protein complex and catalyses light-induced water oxidation, leading to the conversion of light energy into chemical energy and the release of dioxygen. ...Photosystem II (PSII) is a multisubunit pigment-protein complex and catalyses light-induced water oxidation, leading to the conversion of light energy into chemical energy and the release of dioxygen. We analysed the structures of two Psb28-bound PSII intermediates, Psb28-RC47 and Psb28-PSII, purified from a psbV-deletion strain of the thermophilic cyanobacterium Thermosynechococcus vulcanus, using cryo-electron microscopy. Both Psb28-RC47 and Psb28-PSII bind one Psb28, one Tsl0063 and an unknown subunit. Psb28 is located at the cytoplasmic surface of PSII and interacts with D1, D2 and CP47, whereas Tsl0063 is a transmembrane subunit and binds at the side of CP47/PsbH. Substantial structural perturbations are observed at the acceptor side, which result in conformational changes of the quinone (Q) and non-haem iron binding sites and thus may protect PSII from photodamage during assembly. These results provide a solid structural basis for understanding the assembly process of native PSII.
履歴
登録2021年1月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年6月30日-
マップ公開2021年6月30日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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ムービー
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30909.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30909.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.31 Å/pix.
x 200 pix.
= 261.308 Å		1.31 Å/pix.
x 200 pix.
= 261.308 Å		1.31 Å/pix.
x 200 pix.
= 261.308 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.30654 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.024 / ムービー #1: 0.035
最小 - 最大-0.14970955 - 0.26054797
平均 (標準偏差)0.0004798068 (±0.0069461353)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 261.308 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.306541.306541.30654
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z261.308261.308261.308
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ220220220
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.1500.2610.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of PSII intermediate Psb28-PSII complex.

全体名称: Cryo-EM structure of PSII intermediate Psb28-PSII complex.
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of PSII intermediate Psb28-PSII complex.
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center Psb28 protein
    • タンパク質・ペプチド: Tsl0063 protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II protein D1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP47 reaction center protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II D2 protein
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein H
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein L
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein M
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein X
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP43 reaction center protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein K
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Z
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Ycf12
    • タンパク質・ペプチド: unidentified transmembrane protein
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein T
  • リガンド: (1S)-2-(ALPHA-L-ALLOPYRANOSYLOXY)-1-[(TRIDECANOYLOXY)METHYL]ETHYL PALMITATE
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: PHEOPHYTIN A
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: FE (II) ION
  • リガンド: 5-[(2E,6E,10E,14E,18E,22E)-3,7,11,15,19,23,27-HEPTAMETHYLOCTACOSA-2,6,10,14,18,22,26-HEPTAENYL]-2,3-DIMETHYLBENZO-1,4-QUINONE
  • リガンド: UNKNOWN LIGAND
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside

+
超分子 #1: Cryo-EM structure of PSII intermediate Psb28-PSII complex.

超分子名称: Cryo-EM structure of PSII intermediate Psb28-PSII complex.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#11, #13-#18
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)

+
分子 #1: Photosystem II reaction center Psb28 protein

分子名称: Photosystem II reaction center Psb28 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 13.188769 KDa
配列文字列:
MGAMAEIQFI RGINEEVVPD VRLTRARDGS SGQAMFYFDN PKIVQEGNLE VTGMYMVDEE GEIVTRDVNA KFINGQPVAI EATYTMRSP QEWDRFIRFM DRYAASHGLG FQKSENS

UniProtKB: Photosystem II assembly factor Psb28 protein

+
分子 #2: Tsl0063 protein

分子名称: Tsl0063 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 5.943893 KDa
配列文字列:
MRYTTDEGGR LNNFAIEPKV YQAQPWTPQQ KVRAALLVGG GLLLVAGLVA IAVGVS

UniProtKB: Photosystem II assembly protein Psb34

+
分子 #3: Photosystem II protein D1

分子名称: Photosystem II protein D1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 39.792367 KDa
配列文字列: MTTTLQRRES ANLWERFCNW VTSTDNRLYV GWFGVIMIPT LLAATICFVI AFIAAPPVDI DGIREPVSGS LLYGNNIITG AVVPSSNAI GLHFYPIWEA ASLDEWLYNG GPYQLIIFHF LLGASCYMGR QWELSYRLGM RPWICVAYSA PLASAFAVFL I YPIGQGSF ...文字列:
MTTTLQRRES ANLWERFCNW VTSTDNRLYV GWFGVIMIPT LLAATICFVI AFIAAPPVDI DGIREPVSGS LLYGNNIITG AVVPSSNAI GLHFYPIWEA ASLDEWLYNG GPYQLIIFHF LLGASCYMGR QWELSYRLGM RPWICVAYSA PLASAFAVFL I YPIGQGSF SDGMPLGISG TFNFMIVFQA EHNILMHPFH QLGVAGVFGG ALFCAMHGSL VTSSLIRETT ETESANYGYK FG QEEETYN IVAAHGYFGR LIFQYASFNN SRSLHFFLAA WRVVGVWFAA LGISTMAFNL NGFNFNHSVI DAKGNVINTW ADI INRANL GMEVMHERNA HNFPLDLASA ESAPVAMIAP SING

UniProtKB: Photosystem II protein D1

+
分子 #4: Photosystem II CP47 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP47 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 56.068742 KDa
配列文字列: GLPWYRVHTV LINDPGRLIA AHLMHTALVA GWAGSMALYE LATFDPSDPV LNPMWRQGMF VLPFMARLGV TGSWSGWSIT GETGIDPGF WSFEGVALAH IVLSGLLFLA ACWHWVYWDL ELFRDPRTGE PALDLPKMFG IHLFLAGLLC FGFGAFHLTG L FGPGMWVS ...文字列:
GLPWYRVHTV LINDPGRLIA AHLMHTALVA GWAGSMALYE LATFDPSDPV LNPMWRQGMF VLPFMARLGV TGSWSGWSIT GETGIDPGF WSFEGVALAH IVLSGLLFLA ACWHWVYWDL ELFRDPRTGE PALDLPKMFG IHLFLAGLLC FGFGAFHLTG L FGPGMWVS DPYGLTGSVQ PVAPEWGPDG FNPYNPGGVV AHHIAAGIVG IIAGLFHILV RPPQRLYKAL RMGNIETVLS SS IAAVFFA AFVVAGTMWY GSATTPIELF GPTRYQWDSS YFQQEINRRV QASLASGATL EEAWSAIPEK LAFYDYIGNN PAK GGLFRT GPMNKGDGIA QAWKGHAVFR NKEGEELFVR RMPAFFESFP VILTDKNGVV KADIPFRRAE SKYSFEQQGV TVSF YGGEL NGQTFTDPPT VKSYARKAIF GEIFEFDTET LNSDGIFRTS PRGWFTFAHA VFALLFFFGH IWHGARTLFR DVFSG IDPE LSPEQVEWGF YQKVGDVTTR K

UniProtKB: Photosystem II CP47 reaction center protein

+
分子 #5: Photosystem II D2 protein

分子名称: Photosystem II D2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 38.404949 KDa
配列文字列: ERGWFDILDD WLKRDRFVFV GWSGILLFPC AYLALGGWLT GTTFVTSWYT HGLASSYLEG CNFLTVAVST PANSMGHSLL LLWGPEAQG DFTRWCQLGG LWTFIALHGA FGLIGFMLRQ FEIARLVGVR PYNAIAFSAP IAVFVSVFLI YPLGQSSWFF A PSFGVAAI ...文字列:
ERGWFDILDD WLKRDRFVFV GWSGILLFPC AYLALGGWLT GTTFVTSWYT HGLASSYLEG CNFLTVAVST PANSMGHSLL LLWGPEAQG DFTRWCQLGG LWTFIALHGA FGLIGFMLRQ FEIARLVGVR PYNAIAFSAP IAVFVSVFLI YPLGQSSWFF A PSFGVAAI FRFLLFFQGF HNWTLNPFHM MGVAGVLGGA LLCAIHGATV ENTLFQDGEG ASTFRAFNPT QAEETYSMVT AN RFWSQIF GIAFSNKRWL HFFMLFVPVT GLWMSAIGVV GLALNLRSYD FISQEIRAAE DPEFETFYTK NLLLNEGIRA WMA PQDQPH ENFVFPEEVL PRGNAL

UniProtKB: Photosystem II D2 protein

+
分子 #6: Cytochrome b559 subunit alpha

分子名称: Cytochrome b559 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 9.58084 KDa
配列文字列:
MAGTTGERPF SDIITSVRYW VIHSITIPAL FIAGWLFVST GLAYDVFGTP RPDSYYAQEQ RSIPLVTDRF EAKQQVETFL EQLK

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit alpha

+
分子 #7: Cytochrome b559 subunit beta

分子名称: Cytochrome b559 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 5.0679 KDa
配列文字列:
MTSNTPNQEP VSYPIFTVRW VAVHTLAVPT IFFLGAIAAM QFIQR

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit beta

+
分子 #8: Photosystem II reaction center protein H

分子名称: Photosystem II reaction center protein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 7.227559 KDa
配列文字列:
ARRTWLGDIL RPLNSEYGKV APGWGTTPLM AVFMGLFLVF LLIILEIYNS TLILDGVNVS WKALG

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein H

+
分子 #9: Photosystem II reaction center protein I

分子名称: Photosystem II reaction center protein I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 4.410245 KDa
配列文字列:
METLKITVYI VVTFFVLLFV FGFLSGDPAR NPKRKDLE

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein I

+
分子 #10: Photosystem II reaction center protein L

分子名称: Photosystem II reaction center protein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 4.299044 KDa
配列文字列:
MEPNPNRQPV ELNRTSLYLG LLLILVLALL FSSYFFN

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein L

+
分子 #11: Photosystem II reaction center protein M

分子名称: Photosystem II reaction center protein M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 4.015688 KDa
配列文字列:
MEVNQLGFIA TALFVLVPSV FLIILYVQTE SQQKSS

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein M

+
分子 #12: Photosystem II reaction center protein T

分子名称: Photosystem II reaction center protein T / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 3.878728 KDa
配列文字列:
METITYVFIF ACIIALFFFA IFFREPPRIT KK

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein T

+
分子 #13: Photosystem II reaction center protein X

分子名称: Photosystem II reaction center protein X / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 4.19103 KDa
配列文字列:
TITPSLKGFF IGLLSGAVVL GLTFAVLIAI SQIDKVQRSL

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein X

+
分子 #14: Photosystem II CP43 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP43 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 49.20725 KDa
配列文字列: ATNRDQESSG FAWWAGNARL INLSGKLLGA HVAHAGLIVF WAGAMTLFEL AHFIPEKPMY EQGLILIPHI ATLGWGVGPG GEVVDTFPF FVVGVVHLIS SAVLGFGGVY HAIRGPETLE EYSSFFGYDW KDKNKMTTIL GFHLIVLGIG ALLLVAKAMF F GGLYDTWA ...文字列:
ATNRDQESSG FAWWAGNARL INLSGKLLGA HVAHAGLIVF WAGAMTLFEL AHFIPEKPMY EQGLILIPHI ATLGWGVGPG GEVVDTFPF FVVGVVHLIS SAVLGFGGVY HAIRGPETLE EYSSFFGYDW KDKNKMTTIL GFHLIVLGIG ALLLVAKAMF F GGLYDTWA PGGGDVRVIT NPTLDPRVIF GYLLKSPFGG EGWIVSVNNL EDVVGGHIWI GLICIAGGIW HILTTPFGWA RR AFIWSGE AYLSYSLGAL SMMGFIATCF VWFNNTVYPS EFYGPTGPEA SQAQAMTFLI RDQKLGANVG SAQGPTGLGK YLM RSPTGE IIFGGETMRF WDFRGPWLEP LRGPNGLDLN KIKNDIQPWQ ERRAAEYMTH APLGSLNSVG GVATEINSVN FVSP RSWLA TSHFVLAFFF LVGHLWHAGR ARAAAAGFEK GIDRESEPVL SMPSLD

UniProtKB: Photosystem II CP43 reaction center protein

+
分子 #15: Photosystem II reaction center protein K

分子名称: Photosystem II reaction center protein K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 5.028083 KDa
配列文字列:
MIDALVLVAK LPEAYAIFDP LVDVLPVIPV LFLALAFVWQ AAVGFR

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein K

+
分子 #16: Photosystem II reaction center protein Z

分子名称: Photosystem II reaction center protein Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 6.766187 KDa
配列文字列:
MTILFQLALA ALVILSFVMV IGVPVAYASP QDWDRSKQLI FLGSGLWIAL VLVVGVLNFF VV

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein Z

+
分子 #17: Photosystem II reaction center protein Ycf12

分子名称: Photosystem II reaction center protein Ycf12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 3.228035 KDa
配列文字列:
EVIAQLTMIA MIGIAGPMII FLLAVRRGNL

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein Psb30

+
分子 #18: unidentified transmembrane protein

分子名称: unidentified transmembrane protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 1.652805 KDa
配列文字列:
AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAA

+
分子 #19: (1S)-2-(ALPHA-L-ALLOPYRANOSYLOXY)-1-[(TRIDECANOYLOXY)METHYL]ETHYL...

分子名称: (1S)-2-(ALPHA-L-ALLOPYRANOSYLOXY)-1-[(TRIDECANOYLOXY)METHYL]ETHYL PALMITATE
タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 7 / 式: MGE
分子量理論値: 688.972 Da
Chemical component information

ChemComp-MGE:
(1S)-2-(ALPHA-L-ALLOPYRANOSYLOXY)-1-[(TRIDECANOYLOXY)METHYL]ETHYL PALMITATE

+
分子 #20: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 2 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

+
分子 #21: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 34 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #22: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 9 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン

+
分子 #23: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 2 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

+
分子 #24: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 4 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

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分子 #25: PHEOPHYTIN A

分子名称: PHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 2 / 式: PHO
分子量理論値: 871.2 Da
Chemical component information

ChemComp-PHO:
PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)

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分子 #26: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 3 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

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分子 #27: FE (II) ION

分子名称: FE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 1 / 式: FE2
分子量理論値: 55.845 Da

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分子 #28: 5-[(2E,6E,10E,14E,18E,22E)-3,7,11,15,19,23,27-HEPTAMETHYLOCTACOSA...

分子名称: 5-[(2E,6E,10E,14E,18E,22E)-3,7,11,15,19,23,27-HEPTAMETHYLOCTACOSA-2,6,10,14,18,22,26-HEPTAENYL]-2,3-DIMETHYLBENZO-1,4-QUINONE
タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 1 / 式: PQ9
分子量理論値: 612.967 Da
Chemical component information

ChemComp-PQ9:
5-[(2E,6E,10E,14E,18E,22E)-3,7,11,15,19,23,27-HEPTAMETHYLOCTACOSA-2,6,10,14,18,22,26-HEPTAENYL]-2,3-DIMETHYLBENZO-1,4-QUINONE

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分子 #29: UNKNOWN LIGAND

分子名称: UNKNOWN LIGAND / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 2 / 式: UNL
分子量理論値: 294.408 Da
Chemical component information


化合物 画像なし

ChemComp-UNL:
Unknown ligand

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分子 #30: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 1 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

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分子 #31: heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside

分子名称: heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 1 / 式: HTG
分子量理論値: 294.408 Da
Chemical component information

ChemComp-HTG:
heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside / ヘプチル1-チオ-β-D-グルコピラノシド / 可溶化剤*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 194738
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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