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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3083 | |||||||||
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タイトル | Architecture and nucleotide-driven conformational states of the Rvb1/Rvb2 dodecamer | |||||||||
マップデータ | apo-state Rvb1/2 focused reconstruction | |||||||||
試料 |
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キーワード | Rvb1 / Rvb2 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 R2TP complex / Swr1 complex / Ino80 complex / box C/D snoRNP assembly / 3'-5' DNA helicase activity / NuA4 histone acetyltransferase complex / DNA helicase activity / rRNA processing / 5'-3' DNA helicase activity / DNA helicase ...R2TP complex / Swr1 complex / Ino80 complex / box C/D snoRNP assembly / 3'-5' DNA helicase activity / NuA4 histone acetyltransferase complex / DNA helicase activity / rRNA processing / 5'-3' DNA helicase activity / DNA helicase / protein stabilization / chromatin remodeling / DNA repair / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Ewens CA / Su M / Zhao L / Houry WA / Southworth DR | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2016 タイトル: Architecture and Nucleotide-Dependent Conformational Changes of the Rvb1-Rvb2 AAA+ Complex Revealed by Cryoelectron Microscopy. 著者: Caroline A Ewens / Min Su / Liang Zhao / Nardin Nano / Walid A Houry / Daniel R Southworth / 要旨: Rvb1 and Rvb2 are essential AAA+ proteins that interact together during the assembly and activity of diverse macromolecules including chromatin remodelers INO80 and SWR-C, and ribonucleoprotein ...Rvb1 and Rvb2 are essential AAA+ proteins that interact together during the assembly and activity of diverse macromolecules including chromatin remodelers INO80 and SWR-C, and ribonucleoprotein complexes including telomerase and snoRNPs. ATP hydrolysis by Rvb1/2 is required for function; however, the mechanism that drives substrate remodeling is unknown. Here we determined the architecture of the yeast Rvb1/2 dodecamer using cryoelectron microscopy and identify that the substrate-binding insertion domain undergoes conformational changes in response to nucleotide state. 2D and 3D classification defines the dodecamer flexibility, revealing distinct arrangements and the hexamer-hexamer interaction interface. Reconstructions of the apo, ATP, and ADP states identify that Rvb1/2 undergoes substantial conformational changes that include a twist in the insertion-domain position and a corresponding rotation of the AAA+ ring. These results reveal how the ATP hydrolysis cycle of the AAA+ domains directs insertion-domain movements that could provide mechanical force during remodeling or helicase activities. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3083.map.gz | 5.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3083-v30.xml emd-3083.xml | 10.6 KB 10.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3083.png | 93.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3083 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3083 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3083_validation.pdf.gz | 225 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3083_full_validation.pdf.gz | 224.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3083_validation.xml.gz | 4.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3083 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3083 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3083.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | apo-state Rvb1/2 focused reconstruction | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : apo-state Rvb1/2 focused reconstruction
全体 | 名称: apo-state Rvb1/2 focused reconstruction |
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要素 |
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-超分子 #1000: apo-state Rvb1/2 focused reconstruction
超分子 | 名称: apo-state Rvb1/2 focused reconstruction / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: heterododecamer / Number unique components: 2 |
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分子量 | 実験値: 600 KDa / 理論値: 600 KDa 手法: size exclusion chromatography with multiangle light scattering |
-分子 #1: Rvb1
分子 | 名称: Rvb1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Pontin / コピー数: 6 / 集合状態: Hexamer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's Yeast |
分子量 | 実験値: 50 KDa / 理論値: 50 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: Rosetta 2 / 組換プラスミド: pColaDuet |
配列 | UniProtKB: RuvB-like protein 1 |
-分子 #2: Rvb2
分子 | 名称: Rvb2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Reptin / コピー数: 6 / 集合状態: Hexamer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's Yeast |
分子量 | 実験値: 50 KDa / 理論値: 50 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: Rosetta 2 / 組換プラスミド: pColaDuet |
配列 | UniProtKB: RuvB-like protein 2 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 25mM HEPES, 150mM KCl, 6mM betaME |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: 1s blot |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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日付 | 2014年11月9日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 実像数: 3800 / 平均電子線量: 5 e/Å2 詳細: Every image is the average of 30 frames recorded by the direct electron detector |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 倍率(公称値): 29000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: per micrograph |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.4 Å / 解像度の算出法: OTHER ソフトウェア - 名称: relion, boxer, eman2, cftfind, spider 使用した粒子像数: 66597 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B |
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ソフトウェア | 名称: chimera, situs |
詳細 | The domains were separately fitted by manual docking |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: cross correlation |