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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30072 | |||||||||
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タイトル | Post-fusion structure of SARS-CoV spike glycoprotein | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / Attachment and Entry / endocytosis involved in viral entry into host cell / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / suppression by virus of host tetherin activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell ...Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / Attachment and Entry / endocytosis involved in viral entry into host cell / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / suppression by virus of host tetherin activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | SARS coronavirus (SARS コロナウイルス) / Human SARS coronavirus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Fan X / Cao D / Zhang X | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Cryo-EM analysis of the post-fusion structure of the SARS-CoV spike glycoprotein. 著者: Xiaoyi Fan / Duanfang Cao / Lingfei Kong / Xinzheng Zhang / 要旨: Global emergencies caused by the severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS-CoV), Middle-East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) and SARS-CoV-2 significantly endanger human health. ...Global emergencies caused by the severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS-CoV), Middle-East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) and SARS-CoV-2 significantly endanger human health. The spike (S) glycoprotein is the key antigen and its conserved S2 subunit contributes to viral entry by mediating host-viral membrane fusion. However, structural information of the post-fusion S2 from these highly pathogenic human-infecting coronaviruses is still lacking. We used single-particle cryo-electron microscopy to show that the post-fusion SARS-CoV S2 forms a further rotated HR1-HR2 six-helix bundle and a tightly bound linker region upstream of the HR2 motif. The structures of pre- and post-fusion SARS-CoV S glycoprotein dramatically differ, resembling that of the Mouse hepatitis virus (MHV) and other class I viral fusion proteins. This structure suggests potential targets for the development of vaccines and therapies against a wide range of SARS-like coronaviruses. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30072.map.gz | 166.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30072-v30.xml emd-30072.xml | 9.9 KB 9.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30072.png | 25.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30072 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30072 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30072.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : SARS-CoV spike trimer in post-fusion state
全体 | 名称: SARS-CoV spike trimer in post-fusion state |
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要素 |
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-超分子 #1: SARS-CoV spike trimer in post-fusion state
超分子 | 名称: SARS-CoV spike trimer in post-fusion state / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: SARS coronavirus (SARS コロナウイルス) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human SARS coronavirus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 54.092121 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: AYSNNTIAIP TNFSISITTE VMPVSMAKTS VDCNMYICGD STECANLLLQ YGSFCTQLNR ALSGIAAEQD RNTREVFAQV KQMYKTPTL KYFGGFNFSQ ILPDPLKPTK RSFIEDLLFN KVTLADAGFM KQYGECLGDI NARDLICAQK FNGLTVLPPL L TDDMIAAY ...文字列: AYSNNTIAIP TNFSISITTE VMPVSMAKTS VDCNMYICGD STECANLLLQ YGSFCTQLNR ALSGIAAEQD RNTREVFAQV KQMYKTPTL KYFGGFNFSQ ILPDPLKPTK RSFIEDLLFN KVTLADAGFM KQYGECLGDI NARDLICAQK FNGLTVLPPL L TDDMIAAY TAALVSGTAT AGWTFGAGAA LQIPFAMQMA YRFNGIGVTQ NVLYENQKQI ANQFNKAISQ IQESLTTTST AL GKLQDVV NQNAQALNTL VKQLSSNFGA ISSVLNDILS RLDKVEAEVQ IDRLITGRLQ SLQTYVTQQL IRAAEIRASA NLA ATKMSE CVLGQSKRVD FCGKGYHLMS FPQAAPHGVV FLHVTYVPSQ ERNFTTAPAI CHEGKAYFPR EGVFVFNGTS WFIT QRNFF SPQIITTDNT FVSGNCDVVI GIINNTVYDP LQPELDSFKE ELDKYFKNHT SPDVDLGDIS GINASVVNIQ KEIDR LNEV AKNLNES |
-分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 24 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 40600 |
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初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |