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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2970 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of E. coli 70S ribosome bound to additional non-ribosomal proteins. | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM structure of E. coli 70S ribosome bound to additional non-ribosomal proteins. MapI | |||||||||
試料 |
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キーワード | ribosome / ribosome assembly / moonlighting proteins. | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Shasmal M / Dey S / Shaikh TR / Bhakta S / Sengupta J | |||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016 タイトル: E. coli metabolic protein aldehyde-alcohol dehydrogenase-E binds to the ribosome: a unique moonlighting action revealed. 著者: Manidip Shasmal / Sandip Dey / Tanvir R Shaikh / Sayan Bhakta / Jayati Sengupta / 要旨: It is becoming increasingly evident that a high degree of regulation is involved in the protein synthesis machinery entailing more interacting regulatory factors. A multitude of proteins have been ...It is becoming increasingly evident that a high degree of regulation is involved in the protein synthesis machinery entailing more interacting regulatory factors. A multitude of proteins have been identified recently which show regulatory function upon binding to the ribosome. Here, we identify tight association of a metabolic protein aldehyde-alcohol dehydrogenase E (AdhE) with the E. coli 70S ribosome isolated from cell extract under low salt wash conditions. Cryo-EM reconstruction of the ribosome sample allows us to localize its position on the head of the small subunit, near the mRNA entrance. Our study demonstrates substantial RNA unwinding activity of AdhE which can account for the ability of ribosome to translate through downstream of at least certain mRNA helices. Thus far, in E. coli, no ribosome-associated factor has been identified that shows downstream mRNA helicase activity. Additionally, the cryo-EM map reveals interaction of another extracellular protein, outer membrane protein C (OmpC), with the ribosome at the peripheral solvent side of the 50S subunit. Our result also provides important insight into plausible functional role of OmpC upon ribosome binding. Visualization of the ribosome purified directly from the cell lysate unveils for the first time interactions of additional regulatory proteins with the ribosome. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2970.map.gz | 43.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2970-v30.xml emd-2970.xml | 9.6 KB 9.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | Image_MapI_EMD2970.tif | 150 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2970 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2970 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2970_validation.pdf.gz | 231 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_2970_full_validation.pdf.gz | 230.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2970_validation.xml.gz | 6.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2970 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2970 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2970.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 45.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of E. coli 70S ribosome bound to additional non-ribosomal proteins. MapI | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.69 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : E. coli 70S ribosome
全体 | 名称: E. coli 70S ribosome |
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要素 |
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-超分子 #1000: E. coli 70S ribosome
超分子 | 名称: E. coli 70S ribosome / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Monodisperse, single particle form / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 2.5 MDa |
-超分子 #1: Escherichia coli 70S ribosome
超分子 | 名称: Escherichia coli 70S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 70S ribosome / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 |
分子量 | 理論値: 2.5 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 20 mM Tris-HCl, pH 7.5, 10 mM MgOAc, 30 mM NH4Cl, 5 mM 2-mercaptoethanol |
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グリッド | 詳細: 300 mesh carbon coated lacey copper grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 手法: Blot for 4.3 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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温度 | 最低: 85 K / 最高: 95 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Astigmatism was corrected at 90000 magnification. |
詳細 | Low dose imaging |
日付 | 2013年3月21日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 4 µm / 実像数: 271 / 平均電子線量: 15 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 88466 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 89000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | Particles are selected first automatically by SPIDER and then manually by Jweb, grouped on the basis of defocus values and aligned by projection matching |
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CTF補正 | 詳細: CTF correction of 3D map |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.9 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 56165 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Chain ID: A |
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ソフトウェア | 名称: PyMOL, MDFF |
詳細 | First manual rigid body fitting followed by flexible fitting by MDFF. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |