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- EMDB-2972: Cryo-EM structure of E. coli 70S ribosome bound to additional non... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2972
タイトルCryo-EM structure of E. coli 70S ribosome bound to additional non-ribosomal proteins.
マップデータE. coli 70S ribosome bound to additional non-ribosomal proteins. MapII (50S subunit population removed from the dataset).
試料
  • 試料: E. coli 70S ribosome
  • 複合体: Escherichia coli 70S ribosome
キーワードribosome / ribosome assembly / moonlighting proteins.
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.6 Å
データ登録者Shasmal M / Dey S / Shaikh TR / Bhakta S / Sengupta J
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: E. coli metabolic protein aldehyde-alcohol dehydrogenase-E binds to the ribosome: a unique moonlighting action revealed.
著者: Manidip Shasmal / Sandip Dey / Tanvir R Shaikh / Sayan Bhakta / Jayati Sengupta /
要旨: It is becoming increasingly evident that a high degree of regulation is involved in the protein synthesis machinery entailing more interacting regulatory factors. A multitude of proteins have been ...It is becoming increasingly evident that a high degree of regulation is involved in the protein synthesis machinery entailing more interacting regulatory factors. A multitude of proteins have been identified recently which show regulatory function upon binding to the ribosome. Here, we identify tight association of a metabolic protein aldehyde-alcohol dehydrogenase E (AdhE) with the E. coli 70S ribosome isolated from cell extract under low salt wash conditions. Cryo-EM reconstruction of the ribosome sample allows us to localize its position on the head of the small subunit, near the mRNA entrance. Our study demonstrates substantial RNA unwinding activity of AdhE which can account for the ability of ribosome to translate through downstream of at least certain mRNA helices. Thus far, in E. coli, no ribosome-associated factor has been identified that shows downstream mRNA helicase activity. Additionally, the cryo-EM map reveals interaction of another extracellular protein, outer membrane protein C (OmpC), with the ribosome at the peripheral solvent side of the 50S subunit. Our result also provides important insight into plausible functional role of OmpC upon ribosome binding. Visualization of the ribosome purified directly from the cell lysate unveils for the first time interactions of additional regulatory proteins with the ribosome.
履歴
登録2015年3月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年5月6日-
マップ公開2016年2月10日-
更新2016年2月17日-
現状2016年2月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 14
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 14
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

Image_MapII_...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2972.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 45.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈E. coli 70S ribosome bound to additional non-ribosomal proteins. MapII (50S subunit population removed from the dataset).
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.69 Å/pix.
x 230 pix.
= 388.7 Å		1.69 Å/pix.
x 230 pix.
= 388.7 Å		1.69 Å/pix.
x 230 pix.
= 388.7 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.69 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 5.0 / ムービー #1: 14
最小 - 最大-118.385032649999999 - 350.643463129999986
平均 (標準偏差)3.42891335 (±36.750858309999998)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ230230230
Spacing230230230
セルA=B=C: 388.7 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.691.691.69
M x/y/z230230230
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z388.700388.700388.700
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS230230230
D min/max/mean-118.385350.6433.429

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : E. coli 70S ribosome

全体名称: E. coli 70S ribosome
要素
  • 試料: E. coli 70S ribosome
  • 複合体: Escherichia coli 70S ribosome

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超分子 #1000: E. coli 70S ribosome

超分子名称: E. coli 70S ribosome / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Monodisperse, single particle form / Number unique components: 1
分子量理論値: 2.5 MDa

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超分子 #1: Escherichia coli 70S ribosome

超分子名称: Escherichia coli 70S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 70S ribosome / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 2.5 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM Tris-HCl, pH 7.5, 10 mM MgOAc, 30 mM NH4Cl, 5 mM 2-mercaptoethanol
グリッド詳細: 300 mesh carbon coated lacey copper grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 手法: Blot for 4.3 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度最低: 85 K / 最高: 95 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Astigmatism was corrected at 90000 magnification.
詳細Low dose imaging
日付2013年3月21日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 4 µm / 実像数: 271 / 平均電子線量: 15 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 88466 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 89000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles are selected first automatically by SPIDER and then manually by Jweb, grouped on the basis of defocus values and aligned by projection matching
CTF補正詳細: CTF correction of 3D map
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.6 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPIDER
詳細: Final map was developed by removing the 50S subunits from the dataset using classification-based verification.
使用した粒子像数: 40855

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2j1n


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: PyMOL, MDFF
詳細First manual domain-wise rigid body fitting using PyMol, followed by flexible fitting by MDFF.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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