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万見
- EMDB-5262: Intermediate states observed in the pre-translocation ribosome du... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5262
タイトルIntermediate states observed in the pre-translocation ribosome during tRNA translocation
マップデータE. coli ribosome: non-rotated structure
試料
  • 試料: pre-translocation ribosome complex
  • 複合体: ribosome
キーワードribosome / translocation / tRNA
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.2 Å
データ登録者Fu J / Munro J / Blanchard SC / Frank J
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2011
タイトル: Cryoelectron microscopy structures of the ribosome complex in intermediate states during tRNA translocation.
著者: Jie Fu / James B Munro / Scott C Blanchard / Joachim Frank /
要旨: mRNA-tRNA translocation is a central and highly regulated process during translational elongation. Along with the mRNA, tRNA moves through the ribosome in a stepwise fashion. Using cryoelectron ...mRNA-tRNA translocation is a central and highly regulated process during translational elongation. Along with the mRNA, tRNA moves through the ribosome in a stepwise fashion. Using cryoelectron microscopy on ribosomes with a P-loop mutation, we have identified novel structural intermediates likely to exist transiently during translocation. Our observations suggest a mechanism by which the rate of translocation can be regulated.
履歴
登録2011年2月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年2月28日-
マップ公開2011年2月28日-
更新2013年3月6日-
現状2013年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 50
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 50
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5262_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5262.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈E. coli ribosome: non-rotated structure
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3 Å/pix.
x 125 pix.
= 375. Å		3 Å/pix.
x 125 pix.
= 375. Å		3 Å/pix.
x 125 pix.
= 375. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 50.0 / ムービー #1: 50
最小 - 最大-121.106201170000006 - 269.806213379999974
平均 (標準偏差)5.19742441 (±26.559226989999999)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-62-62-62
サイズ125125125
Spacing125125125
セルA=B=C: 375.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z333
M x/y/z125125125
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z375.000375.000375.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-62-62-62
NX/NY/NZ125125125
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-62-62-62
NC/NR/NS125125125
D min/max/mean-121.106269.8065.197

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : pre-translocation ribosome complex

全体名称: pre-translocation ribosome complex
要素
  • 試料: pre-translocation ribosome complex
  • 複合体: ribosome

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超分子 #1000: pre-translocation ribosome complex

超分子名称: pre-translocation ribosome complex / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 3
分子量理論値: 2.5 MDa

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超分子 #1: ribosome

超分子名称: ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 2.5 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: vitrobot / 手法: blot for 8 seconds

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
温度平均: 82 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k)
平均電子線量: 24 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 100000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダー: cartridge / 試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: defocus group and wiener filter
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 84000
最終 2次元分類クラス数: 4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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