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万見
- EMDB-2924: Cryo-EM structure of the human APC/C-Cdh1-Emi1 ternary complex at... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2924
タイトルCryo-EM structure of the human APC/C-Cdh1-Emi1 ternary complex at 3.6 angstrom resolution.
マップデータCryo-EM structure of the human APC/C-Cdh1-Emi1 ternary complex at 3.6 angstrom resolution.
試料
  • 試料: Recombinant human APC/C-Cdh1-Emi1 ternary complex
  • タンパク質・ペプチド: x 16種
キーワードUbiquitination / Cell cycle.
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of DNA endoreduplication / negative regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / negative regulation of meiotic nuclear division / positive regulation of biomineral tissue development / positive regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / positive regulation of mesenchymal stem cell migration / Mitotic Metaphase/Anaphase Transition / regulation of meiotic nuclear division / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint ...negative regulation of DNA endoreduplication / negative regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / negative regulation of meiotic nuclear division / positive regulation of biomineral tissue development / positive regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / positive regulation of mesenchymal stem cell migration / Mitotic Metaphase/Anaphase Transition / regulation of meiotic nuclear division / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / positive regulation of synapse maturation / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / vesicle organization / Phosphorylation of Emi1 / anaphase-promoting complex / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / regulation of meiotic cell cycle / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / lens fiber cell differentiation / positive regulation of synaptic plasticity / regulation of exit from mitosis / Phosphorylation of the APC/C / anaphase-promoting complex binding / negative regulation of ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin ligase activator activity / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / spindle assembly involved in female meiosis I / protein K11-linked ubiquitination / enzyme-substrate adaptor activity / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / meiotic spindle / positive regulation of dendrite morphogenesis / oocyte maturation / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / regulation of mitotic nuclear division / mitotic metaphase chromosome alignment / molecular function inhibitor activity / G1/S-Specific Transcription / regulation of DNA replication / microtubule polymerization / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / negative regulation of cellular senescence / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / cullin family protein binding / ubiquitin ligase inhibitor activity / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Transcriptional Regulation by VENTX / positive regulation of axon extension / heterochromatin / positive regulation of osteoblast differentiation / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / nuclear periphery / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / Assembly of the pre-replicative complex / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / brain development / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / mitotic spindle / kinetochore / spindle / Separation of Sister Chromatids / ubiquitin-protein transferase activity / microtubule cytoskeleton / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / nervous system development / mitotic cell cycle / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / ubiquitin-dependent protein catabolic process / nuclear membrane / protein phosphatase binding / molecular adaptor activity / cell differentiation / protein ubiquitination / cell cycle / cell division / negative regulation of gene expression / DNA repair / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / positive regulation of cell population proliferation / nucleolus / protein kinase binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Zinc finger ZBR-type domain / : / Zinc finger ZBR-type profile. / F-box domain / Anaphase-promoting complex subunit 15 / The WD repeat Cdc20/Fizzy family / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Anaphase-promoting complex subunit 4, metazoa / : / Anaphase-promoting complex subunit 5, N-terminal domain ...Zinc finger ZBR-type domain / : / Zinc finger ZBR-type profile. / F-box domain / Anaphase-promoting complex subunit 15 / The WD repeat Cdc20/Fizzy family / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Anaphase-promoting complex subunit 4, metazoa / : / Anaphase-promoting complex subunit 5, N-terminal domain / Anaphase-promoting complex subunit 1, C-terminal / Anaphase-promoting complex subunit 1, middle domain / : / : / Anaphase-promoting complex subunit 1 WD40 beta-propeller domain / Anaphase-promoting complex sub unit 1 C-terminal domain / Anaphase-promoting complex subunit 1 middle domain / APC1 beta sandwich domain / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex, subunit 16 / Cdc23 / Apc13 / Anaphase promoting complex subunit 8 / Cdc23 / Apc13p protein / Anaphase-promoting complex subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit 4 long domain / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 5 domain / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit APC10/Doc1 / Anaphase-promoting complex, subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex APC subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 11, RING-H2 finger / Anaphase-promoting complex subunit 11 RING-H2 finger / Anaphase-promoting complex subunit 2, C-terminal / Anaphase-promoting complex subunit 2 / Anaphase promoting complex (APC) subunit 2 / Anaphase promoting complex (APC) subunit 2 / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 3 / APC10/DOC domain / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / DOC domain profile. / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / TPR repeat / F-box domain / Tetratricopeptide repeat / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / Cullin / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat 1 / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Galactose-binding-like domain superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Armadillo-like helical / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Winged helix DNA-binding domain superfamily / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division cycle protein 27 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Cell division cycle protein 16 homolog / Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex subunit 13 / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 11 / Cell division cycle protein 23 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 7 ...Cell division cycle protein 27 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Cell division cycle protein 16 homolog / Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex subunit 13 / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 11 / Cell division cycle protein 23 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 7 / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit 2 / F-box only protein 5 / Fizzy-related protein homolog / Anaphase-promoting complex subunit 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Chang L / Zhang Z / Yang J / McLaughlin SH / Barford D
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Atomic structure of the APC/C and its mechanism of protein ubiquitination.
著者: Leifu Chang / Ziguo Zhang / Jing Yang / Stephen H McLaughlin / David Barford /
要旨: The anaphase-promoting complex (APC/C) is a multimeric RING E3 ubiquitin ligase that controls chromosome segregation and mitotic exit. Its regulation by coactivator subunits, phosphorylation, the ...The anaphase-promoting complex (APC/C) is a multimeric RING E3 ubiquitin ligase that controls chromosome segregation and mitotic exit. Its regulation by coactivator subunits, phosphorylation, the mitotic checkpoint complex and interphase early mitotic inhibitor 1 (Emi1) ensures the correct order and timing of distinct cell-cycle transitions. Here we use cryo-electron microscopy to determine atomic structures of APC/C-coactivator complexes with either Emi1 or a UbcH10-ubiquitin conjugate. These structures define the architecture of all APC/C subunits, the position of the catalytic module and explain how Emi1 mediates inhibition of the two E2s UbcH10 and Ube2S. Definition of Cdh1 interactions with the APC/C indicates how they are antagonized by Cdh1 phosphorylation. The structure of the APC/C with UbcH10-ubiquitin reveals insights into the initiating ubiquitination reaction. Our results provide a quantitative framework for the design of future experiments to investigate APC/C functions in vivo.
履歴
登録2015年3月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年3月18日-
マップ公開2015年6月17日-
更新2015年7月1日-
現状2015年7月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4ui9
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2924.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2924.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 68.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of the human APC/C-Cdh1-Emi1 ternary complex at 3.6 angstrom resolution.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.36 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 0.07 / ムービー #1: 0.08
最小 - 最大-0.13525026 - 0.39964026
平均 (標準偏差)0.00254963 (±0.01702038)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ264264264
Spacing264264264
セルA=B=C: 359.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.361.361.36
M x/y/z264264264
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z359.040359.040359.040
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS264264264
D min/max/mean-0.1350.4000.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Recombinant human APC/C-Cdh1-Emi1 ternary complex

全体名称: Recombinant human APC/C-Cdh1-Emi1 ternary complex
要素
  • 試料: Recombinant human APC/C-Cdh1-Emi1 ternary complex
  • タンパク質・ペプチド: Apc1
  • タンパク質・ペプチド: Apc2
  • タンパク質・ペプチド: Apc3
  • タンパク質・ペプチド: Apc4
  • タンパク質・ペプチド: Apc5
  • タンパク質・ペプチド: Apc6
  • タンパク質・ペプチド: Apc7
  • タンパク質・ペプチド: Apc8
  • タンパク質・ペプチド: Apc10
  • タンパク質・ペプチド: Apc11
  • タンパク質・ペプチド: Apc12
  • タンパク質・ペプチド: Apc13
  • タンパク質・ペプチド: Apc15
  • タンパク質・ペプチド: Apc16
  • タンパク質・ペプチド: Cdh1
  • タンパク質・ペプチド: Emi1

+
超分子 #1000: Recombinant human APC/C-Cdh1-Emi1 ternary complex

超分子名称: Recombinant human APC/C-Cdh1-Emi1 ternary complex / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 16
分子量実験値: 1.2 MDa / 理論値: 1.2 MDa

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分子 #1: Apc1

分子名称: Apc1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
分子 #2: Apc2

分子名称: Apc2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
分子 #3: Apc3

分子名称: Apc3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
分子 #4: Apc4

分子名称: Apc4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
分子 #5: Apc5

分子名称: Apc5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
分子 #6: Apc6

分子名称: Apc6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
分子 #7: Apc7

分子名称: Apc7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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分子 #8: Apc8

分子名称: Apc8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
分子 #9: Apc10

分子名称: Apc10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
分子 #10: Apc11

分子名称: Apc11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
分子 #11: Apc12

分子名称: Apc12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
分子 #12: Apc13

分子名称: Apc13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
分子 #13: Apc15

分子名称: Apc15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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分子 #14: Apc16

分子名称: Apc16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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分子 #15: Cdh1

分子名称: Cdh1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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分子 #16: Emi1

分子名称: Emi1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 1 mM DTT
グリッド詳細: R2/2 Quantifoil grid with thin carbon support.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 手法: Blot for 5 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
日付2014年2月9日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 27 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 78000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were selected using an automatic selection program.
CTF補正詳細: Each micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 202084

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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