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万見
- EMDB-2867: Structure of the helical Measles virus nucleocapsid -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2867
タイトルStructure of the helical Measles virus nucleocapsid
マップデータReconstruction of trypsin digested Measles virus nucleocapsid
試料
  • 試料: Recombinant truncated Measles Virus Nucleocapsid (Ncore-RNA helix)
  • タンパク質・ペプチド: Nucleoprotein
キーワードMeasles virus Nucleocapsid / Transcription and Replication template
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Paramyxovirus nucleocapsid protein / Paramyxovirus nucleocapsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Measles virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Gutsche I / Desfosses A / Effantin G / Ling WL / Haupt M / Ruigrok RWH / Sachse C / Schoehn G
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Structural virology. Near-atomic cryo-EM structure of the helical measles virus nucleocapsid.
著者: Irina Gutsche / Ambroise Desfosses / Grégory Effantin / Wai Li Ling / Melina Haupt / Rob W H Ruigrok / Carsten Sachse / Guy Schoehn /
要旨: Measles is a highly contagious human disease. We used cryo-electron microscopy and single particle-based helical image analysis to determine the structure of the helical nucleocapsid formed by the ...Measles is a highly contagious human disease. We used cryo-electron microscopy and single particle-based helical image analysis to determine the structure of the helical nucleocapsid formed by the folded domain of the measles virus nucleoprotein encapsidating an RNA at a resolution of 4.3 angstroms. The resulting pseudoatomic model of the measles virus nucleocapsid offers important insights into the mechanism of the helical polymerization of nucleocapsids of negative-strand RNA viruses, in particular via the exchange subdomains of the nucleoprotein. The structure reveals the mode of the nucleoprotein-RNA interaction and explains why each nucleoprotein of measles virus binds six nucleotides, whereas the respiratory syncytial virus nucleoprotein binds seven. It provides a rational basis for further analysis of measles virus replication and transcription, and reveals potential targets for drug design.
履歴
登録2015年1月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年4月1日-
マップ公開2015年4月29日-
更新2015年5月27日-
現状2015年5月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4uft
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4uft
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-4uft
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2867-ima...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2867.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 41.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of trypsin digested Measles virus nucleocapsid
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.19 Å/pix.
x 250 pix.
= 296.5 Å		1.19 Å/pix.
x 210 pix.
= 249.06 Å		1.19 Å/pix.
x 210 pix.
= 249.06 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.186 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-3.13157797 - 5.22336817
平均 (標準偏差)0.04398164 (±0.70481217)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-105-105-125
サイズ210210250
Spacing210210250
セルA: 249.06 Å / B: 249.06 Å / C: 296.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.1861.1861.186
M x/y/z210210250
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z249.060249.060296.500
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-105-105-125
NC/NR/NS210210250
D min/max/mean-3.1325.2230.044

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Recombinant truncated Measles Virus Nucleocapsid (Ncore-RNA helix)

全体名称: Recombinant truncated Measles Virus Nucleocapsid (Ncore-RNA helix)
要素
  • 試料: Recombinant truncated Measles Virus Nucleocapsid (Ncore-RNA helix)
  • タンパク質・ペプチド: Nucleoprotein

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超分子 #1000: Recombinant truncated Measles Virus Nucleocapsid (Ncore-RNA helix)

超分子名称: Recombinant truncated Measles Virus Nucleocapsid (Ncore-RNA helix)
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Helical / Number unique components: 1

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分子 #1: Nucleoprotein

分子名称: Nucleoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Nucleoprotein was partially digested with trypsin / 集合状態: Helical / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Measles virus (ウイルス) / 株: Halle / 別称: Measles
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換細胞: Sf21

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: in 20 mM TriHCl pH 7.5, 150 mM NaCl
グリッド詳細: glow-discharged quantifoil grids 400 mesh 1.2/1.3
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
手法: sample was applied to glow-discharged quantifoil grids 400 mesh 1.2/1.3, excess solution was blotted during 2 s with a Vitrobot Mark IV (FEI) and the grid frozen in liquid ethane

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
詳細Special care was taken to perform a coma-free alignment of the microscope
日付2013年7月1日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.0035 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.0008 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Final reconstruction obtained with SPRING
CTF補正詳細: Each Particle
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 4.015 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 29.173 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPRING / 使用した粒子像数: 228165

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2wj8

ソフトウェア名称: Modeller, Chimera, Phenix, Coot
詳細See paper supplementary information.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-4uft:
Structure of the helical Measles virus nucleocapsid

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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