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- PDB-2wj8: Respiratory Syncitial Virus RiboNucleoProtein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wj8
タイトルRespiratory Syncitial Virus RiboNucleoProtein
要素
  • NUCLEOPROTEIN
  • RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA BINDING PROTEIN RNA COMPLEX / NUCLEOCAPSID (N) / RIBONUCLEOPROTEIN / RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS (RSV) / VIRAL NUCLEOPROTEIN / TEMPLATE-LIKE ASSEMBLY / RNA / VIRION / COMPLEX / CYTOPLASM / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Respiratory syncytial virus genome transcription / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / helical viral capsid / Respiratory syncytial virus genome replication / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry ...Respiratory syncytial virus genome transcription / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / helical viral capsid / Respiratory syncytial virus genome replication / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / PKR-mediated signaling / Evasion by RSV of host interferon responses / viral capsid / viral nucleocapsid / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Pneumovirus nucleocapsid protein / Pneumovirus nucleocapsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
BORATE ION / RNA / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種HUMAN RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS A STRAIN LONG (ウイルス)
ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.29 Å
データ登録者Tawar, R.G. / Duquerroy, S. / Vonrhein, C. / Varela, P.F. / Damier-Piolle, L. / Castagne, N. / MacLellan, K. / Bedouelle, H. / Bricogne, G. / Bhella, D. ...Tawar, R.G. / Duquerroy, S. / Vonrhein, C. / Varela, P.F. / Damier-Piolle, L. / Castagne, N. / MacLellan, K. / Bedouelle, H. / Bricogne, G. / Bhella, D. / Eleouet, J. / Rey, F.A.
引用
ジャーナル: Science / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of a nucleocapsid-like nucleoprotein-RNA complex of respiratory syncytial virus.
著者: Rajiv G Tawar / Stéphane Duquerroy / Clemens Vonrhein / Paloma F Varela / Laurence Damier-Piolle / Nathalie Castagné / Kirsty MacLellan / Hugues Bedouelle / Gérard Bricogne / David Bhella ...著者: Rajiv G Tawar / Stéphane Duquerroy / Clemens Vonrhein / Paloma F Varela / Laurence Damier-Piolle / Nathalie Castagné / Kirsty MacLellan / Hugues Bedouelle / Gérard Bricogne / David Bhella / Jean-François Eléouët / Félix A Rey /
要旨: The respiratory syncytial virus (RSV) is an important human pathogen, yet neither a vaccine nor effective therapies are available to treat infection. To help elucidate the replication mechanism of ...The respiratory syncytial virus (RSV) is an important human pathogen, yet neither a vaccine nor effective therapies are available to treat infection. To help elucidate the replication mechanism of this RNA virus, we determined the three-dimensional (3D) crystal structure at 3.3 A resolution of a decameric, annular ribonucleoprotein complex of the RSV nucleoprotein (N) bound to RNA. This complex mimics one turn of the viral helical nucleocapsid complex, which serves as template for viral RNA synthesis. The RNA wraps around the protein ring, with seven nucleotides contacting each N subunit, alternating rows of four and three stacked bases that are exposed and buried within a protein groove, respectively. Combined with electron microscopy data, this structure provides a detailed model for the RSV nucleocapsid, in which the bases are accessible for readout by the viral polymerase. Furthermore, the nucleoprotein structure highlights possible key sites for drug targeting.
#1: ジャーナル: J.Virol. / 年: 2007
タイトル: The 24-Angstrom Structure of Respiratory Syncytial Virus Nucleocapsid Protein-RNA Decameric Rings.
著者: Maclellan, K. / Loney, C. / Yeo, R.P. / Bhella, D.
履歴
登録2009年5月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22018年11月21日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_special_symmetry
改定 1.32019年10月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.42019年11月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.content_type
改定 1.52024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NUCLEOPROTEIN
B: NUCLEOPROTEIN
C: NUCLEOPROTEIN
D: NUCLEOPROTEIN
E: NUCLEOPROTEIN
F: NUCLEOPROTEIN
G: NUCLEOPROTEIN
H: NUCLEOPROTEIN
I: NUCLEOPROTEIN
J: NUCLEOPROTEIN
K: NUCLEOPROTEIN
L: NUCLEOPROTEIN
M: NUCLEOPROTEIN
N: NUCLEOPROTEIN
O: NUCLEOPROTEIN
P: NUCLEOPROTEIN
Q: NUCLEOPROTEIN
R: NUCLEOPROTEIN
S: NUCLEOPROTEIN
T: NUCLEOPROTEIN
a: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
b: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
c: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
d: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
e: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
f: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
g: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
h: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
i: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
j: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
k: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
l: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
m: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
n: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
o: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
p: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
q: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
r: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
s: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
t: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)912,92952
ポリマ－911,98340
非ポリマー94612
水12,340685
1
K: NUCLEOPROTEIN
L: NUCLEOPROTEIN
M: NUCLEOPROTEIN
N: NUCLEOPROTEIN
O: NUCLEOPROTEIN
P: NUCLEOPROTEIN
Q: NUCLEOPROTEIN
R: NUCLEOPROTEIN
S: NUCLEOPROTEIN
T: NUCLEOPROTEIN
k: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
l: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
m: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
n: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
o: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
p: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
q: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
r: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
s: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
t: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)456,46526
ポリマ－455,99220
非ポリマー4736
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area75970 Å2
ΔGint-455.05 kcal/mol
Surface area147400 Å2
手法PISA
2
A: NUCLEOPROTEIN
B: NUCLEOPROTEIN
C: NUCLEOPROTEIN
D: NUCLEOPROTEIN
E: NUCLEOPROTEIN
F: NUCLEOPROTEIN
G: NUCLEOPROTEIN
H: NUCLEOPROTEIN
I: NUCLEOPROTEIN
J: NUCLEOPROTEIN
a: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
b: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
c: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
d: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
e: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
f: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
g: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
h: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
i: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
j: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)456,46526
ポリマ－455,99220
非ポリマー4736
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area75820 Å2
ΔGint-452.47 kcal/mol
Surface area147060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)218.200, 220.990, 218.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.09, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-2001-

BO4

21I-2001-

BO4

31O-2001-

BO4

41T-2001-

BO4

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.898076, -0.428888, 0.097529), (0.428709, 0.804014, -0.412026), (0.098295, 0.411854, 0.905939)25.02422, 115.41074, -24.10942
2given(0.634794, -0.69275, 0.342254), (0.693488, 0.31545, -0.647746), (0.340764, 0.648534, 0.680651)-2.36447, 224.1357, 2.21694
3given(0.316302, -0.702916, 0.637077), (0.694719, -0.285672, -0.660121), (0.646003, 0.651381, 0.397972)-69.76667, 292.71124, 67.24315
4given(0.03877, -0.43665, 0.898795), (0.435356, -0.802233, -0.408518), (0.899421, 0.40714, 0.158999)-158.9149, 292.79144, 148.95276
5given(-0.066286, 0.005566, 0.997782), (-0.002468, -0.999981, 0.005415), (0.997794, -0.002103, 0.066298)-230.47574, 220.53116, 215.34981
6given(0.036404, 0.434608, 0.899884), (-0.426183, -0.807737, 0.407343), (0.903904, -0.398349, 0.155815)-255.35376, 107.21156, 238.38187
7given(0.304546, 0.692706, 0.653766), (-0.686417, -0.316251, 0.654836), (0.660364, -0.648187, 0.379173)-226.97728, -3.92357, 214.13055
8given(0.630712, 0.695352, 0.344505), (-0.68862, 0.296833, 0.661582), (0.357768, -0.654505, 0.666052)-156.30705, -72.93071, 148.8253
9given(0.895024, 0.435361, 0.096972), (-0.434082, 0.800233, 0.41376), (0.102533, -0.412414, 0.905211)-70.47168, -71.99734, 67.3136
10given(0.034091, -0.433687, 0.900421), (-0.42821, 0.807723, 0.405245), (-0.90304, -0.399381, -0.158172)-44.26447, -72.44729, 177.26276
11given(-0.07046, 0.004435, 0.997499), (0.001253, 0.999986, -0.004358), (-0.997514, 0.000943, -0.070466)-114.93875, -0.20702, 112.9248
12given(0.031241, 0.423956, 0.905148), (0.416584, 0.817658, -0.397358), (-0.908557, 0.389482, -0.151062)-139.7063, 110.68253, 89.0531
13given(0.295733, 0.695397, 0.654952), (0.690991, 0.317683, -0.649313), (-0.659596, 0.644593, -0.386569)-112.38541, 224.03156, 114.49227
14given(0.633852, 0.698281, 0.332615), (0.688383, -0.313223, -0.654236), (-0.352652, 0.643658, -0.679224)-39.53724, 294.67053, 181.32082
15given(0.897091, 0.432754, 0.089134), (0.429288, -0.805968, -0.407576), (-0.104541, 0.403902, -0.908809)46.16614, 292.36072, 260.64883
16given(0.99999, -0.001009, -0.004393), (-0.001009, -1.000004, 3.9E-5), (-0.004393, -3.5E-5, -0.999994)115.73892, 220.71881, 326.21722
17given(0.900408, -0.4248, 0.09392), (-0.426053, -0.817292, 0.387961), (-0.088048, -0.389338, -0.916879)140.13438, 110.65357, 349.66214
18given(0.632746, -0.696889, 0.337594), (-0.695018, -0.318878, 0.644411), (-0.341442, -0.642389, -0.68612)113.98705, -3.07732, 324.70236
19given(0.309955, -0.70031, 0.643033), (-0.690662, 0.29895, 0.658494), (-0.653395, -0.648222, -0.391014)44.05276, -73.81007, 258.2142

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要素

#1: タンパク質
NUCLEOPROTEIN / PROTEIN N / NUCLEOCAPSID PROTEIN


分子量: 43507.848 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HUMAN RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS A STRAIN LONG (ウイルス)
プラスミド: PET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03418
#2: RNA鎖
RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')


分子量: 2091.315 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然
詳細: NON SPECIFIC RNA FROM CELLULAR ORIGIN BOUND TO THE NUCLEOPROTEIN
由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: BL21(DE3)
#3: 化合物
ChemComp-BO4 / BORATE ION


分子量: 78.840 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: BH4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 685 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
解説: STRUCTURE WAS SOLVED BY MOLECULAR REPLACEMENT USING 24 ANG EM MAP AND PHASES WERE EXTENDED TO 3.3 ANG BY PHASE EXTENSION USING 20-FOLD NCS
結晶化詳細: 12%MPD, 50MM MGCL2, 100MM TRIS PH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年11月30日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR, SAGITALLY FOCUSSING
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→80 Å / Num. obs: 384943 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 79.61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 3.3→3.47 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 94.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
MOLREP位相決定
BUSTER-TNT2.7.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: EMDB ENTRY EMD-1622

解像度: 3.29→79.18 Å / 交差検証法: RESOLUTION SHELLS / σ(F): 0
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUE TYPES WITHOUT IDEAL-DIST CONTACT DATA, C BO4. THE RNA MOLECULE WAS NON SPECIFICALLY INCORPORATED. EACH BASE WAS MODELED AS A ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUE TYPES WITHOUT IDEAL-DIST CONTACT DATA, C BO4. THE RNA MOLECULE WAS NON SPECIFICALLY INCORPORATED. EACH BASE WAS MODELED AS A CYTOSINE BUT CORRESPOND TO AN AVERAGE OF FOUR POSSIBLE BASES OF THE GENETIC CODE. C TERMINAL ENDS ARE DISORDERED. NCS RESTRAINT LSSR (-AUTONCS)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2258 5094 3.4 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.2057 150167 96.65 %-
原子変位パラメータBiso mean: 71.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.979 Å20 Å22.6224 Å2
2--26.1085 Å20 Å2
3----13.1294 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.29→79.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数58383 2800 60 685 61928
LS精密化 シェル解像度: 3.29→3.38 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2592 252 2.42 %
Rwork0.2301 10175 -
all0.2308 10427 -
obs--96.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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