PDB-2yhm: Structure of respiratory syncytial virus nucleocapsid protein, P2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2yhm

タイトル

Structure of respiratory syncytial virus nucleocapsid protein, P212121 crystal form

要素

NUCLEOPROTEIN
RNA

キーワード

VIRAL PROTEIN/RNA / VIRAL PROTEIN-RNA COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

Respiratory syncytial virus genome transcription / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / helical viral capsid / Respiratory syncytial virus genome replication / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / protein serine/threonine kinase inhibitor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HUMAN RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS (ウイルス)

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.6 Å

データ登録者

El Omari, K. / Dhaliwal, B. / Ren, J. / Abrescia, N.G.A. / Lockyer, M. / Powell, K.L. / Hawkins, A.R. / Stammers, D.K.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Structures of Respiratory Syncytial Virus Nucleocapsid Protein from Two Crystal Forms: Details of Potential Packing Interactions in the Native Helical Form.
著者: El Omari, K. / Dhaliwal, B. / Ren, J. / Abrescia, N.G.A. / Lockyer, M. / Powell, K.L. / Hawkins, A.R. / Stammers, D.K.

履歴

登録	2011年5月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2yhm.cif.gz	1.5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2yhm.ent.gz	1.3 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2yhm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2yhm_validation.pdf.gz	537.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2yhm_full_validation.pdf.gz	618.1 KB	表示
XML形式データ	2yhm_validation.xml.gz	127.6 KB	表示
CIF形式データ	2yhm_validation.cif.gz	172.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/2yhm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/2yhm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
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類似性 (1)
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オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
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伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: NUCLEOPROTEIN

B: NUCLEOPROTEIN

C: NUCLEOPROTEIN

D: NUCLEOPROTEIN

E: NUCLEOPROTEIN

F: NUCLEOPROTEIN

G: NUCLEOPROTEIN

H: NUCLEOPROTEIN

I: NUCLEOPROTEIN

J: NUCLEOPROTEIN

K: RNA

438 kDa, 11 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	133.607, 149.914, 255.196
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H
9	1	I
10	1	J

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 1 - 375 / Label seq-ID: 1 - 375

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E
6	F	F
7	G	G
8	H	H
9	I	I
10	J	J

#1: タンパク質	NUCLEOPROTEIN / RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS NUCLEOCAPSID PROTEIN / NUCLEOCAPSID PROTEIN / PROTEIN N 分子量: 41659.820 Da / 分子数: 10 / 断片: RESIDUES 1-375 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) HUMAN RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS (ウイルス) 株: A2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P03418
#2: RNA鎖	RNA 分子量: 21317.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
配列の詳細	NON SPECIFIC RNA FROM CELLULAR ORIGIN BOUND TO THE NUCLEOPROTEIN

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 60 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 詳細: 10% (W/V) PEG 400, 0.1 M KCL, 0.05 M HEPES PH 7.0, 0.01 M CACL2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9785
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.6→30 Å / Num. obs: 53027 / % possible obs: 81.7 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 11.2 % / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 3.6→3.73 Å / 冗長度: 10.9 % / R_merge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 66.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0077	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WJ8

2wj8

解像度: 3.6→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 72.231 / SU ML: 0.464 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.698 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22359	2560	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19634	-	-	-
obs	0.19778	47566	83.41 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 102.754 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.95 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.53 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.6→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	29200	1400	0	0	30600

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.021	31219
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.091	1.941	42356
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.56	5	3740
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.441	24.504	1310
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.419	15	5470
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.841	15	160
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	4790
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	22590
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2920 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	tight positional	0.02	0.05
2	B	tight positional	0.02	0.05
3	C	tight positional	0.02	0.05
4	D	tight positional	0.02	0.05
5	E	tight positional	0.02	0.05
6	F	tight positional	0.02	0.05
7	G	tight positional	0.02	0.05
8	H	tight positional	0.02	0.05
9	I	tight positional	0.02	0.05
10	J	tight positional	0.02	0.05
1	A	tight thermal	10.58	0.5
2	B	tight thermal	8.08	0.5
3	C	tight thermal	7.81	0.5
4	D	tight thermal	7.24	0.5
5	E	tight thermal	10.43	0.5
6	F	tight thermal	8.37	0.5
7	G	tight thermal	6.77	0.5
8	H	tight thermal	8.55	0.5
9	I	tight thermal	8.76	0.5
10	J	tight thermal	8.95	0.5

LS精密化シェル

解像度: 3.6→3.693 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.337	154	-
R_work	0.277	2762	-
obs	-	-	66.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3472	-0.0676	-0.9997	2.1059	-0.1315	3.3567	-0.1221	0.2264	-0.1835	0.0377	0.051	-0.0093	0.2228	-0.165	0.0711	0.2936	0.0837	-0.1938	0.3834	-0.0939	0.3141	4.673	-11.5747	-30.4334
2	0.0847	0.0022	0.0097	0.0708	0.0028	0.0061	0.0078	0.0866	-0.0201	0.0293	-0.0127	0.1251	0.0057	-0.0187	0.0049	0.5103	0.0621	0.0073	0.2688	-0.066	0.2324	-8.9533	30.3183	0.0282
3	3.1855	0.7847	-1.0072	3.2327	-0.7703	2.8324	-0.1544	0.3168	-0.1936	-0.549	0.2295	-0.1252	0.1038	0.0296	-0.0751	0.4179	0.1289	-0.1924	0.3848	-0.232	0.323	2.3505	14.5432	-49.4169
4	3.5888	1.3961	-0.0889	3.9364	-0.6418	1.9058	-0.0451	0.4095	-0.0584	-0.4614	0.1119	0.0027	-0.0597	0.2287	-0.0668	0.4014	0.1525	-0.1449	0.4389	-0.1983	0.111	-0.0364	46.6021	-49.4876
5	3.4143	1.701	0.6374	3.6182	0.6822	1.4759	-0.0897	0.1938	0.2592	-0.4333	0.126	0.1144	-0.3074	0.1832	-0.0363	0.4835	0.1634	-0.1108	0.3732	-0.0221	0.0684	-1.4939	72.8028	-31.0408
6	3.0892	0.5089	1.0198	2.5585	1.0854	3.0889	0.0086	0.1263	0.2646	-0.2571	-0.1073	0.1471	-0.4351	-0.1522	0.0987	0.4417	0.1657	0.0224	0.0983	0.0238	0.104	-1.9454	82.9801	-0.5385
7	2.9134	0.0636	1.1603	1.8043	0.2098	3.8608	-0.0348	-0.0853	0.1084	-0.0795	-0.0893	0.0896	-0.3046	-0.1791	0.1241	0.3169	0.086	0.1381	0.0346	0.0027	0.1832	-1.578	73.504	29.9384
8	3.98	-0.71	1.17	2.7105	-1.1222	2.8735	-0.1016	-0.4063	0.0685	0.2537	0.0933	0.049	-0.168	-0.1258	0.0082	0.3108	-0.0055	0.2195	0.0773	-0.0757	0.2559	0.0204	47.8794	49.5135
9	4.3474	-1.1769	0.5853	3.4113	-0.9406	2.2888	-0.0503	-0.312	-0.287	0.0908	0.0256	-0.0391	0.0204	0.0319	0.0247	0.347	-0.08	0.2086	0.0613	-0.0382	0.1577	2.9092	15.8222	49.7561
10	3.6915	-1.7491	-1.118	3.6935	0.5947	1.9076	0.0291	-0.057	-0.163	0.1956	-0.0635	0.0014	0.1263	0.0517	0.0344	0.4439	-0.1069	0.0161	0.0952	-0.0763	0.0982	5.7355	-10.1793	30.9934
11	5.926	-0.9105	-1.9303	2.3939	0.5238	2.6016	-0.0731	0.6576	-0.4532	0.121	-0.2655	0.0634	0.0245	-0.1321	0.3386	0.3142	0.0012	-0.0567	0.2189	-0.0911	0.216	6.2676	-20.8542	0.5998

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 375
2	X-RAY DIFFRACTION	2	K	1 - 70
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 375
4	X-RAY DIFFRACTION	4	C	1 - 375
5	X-RAY DIFFRACTION	5	D	1 - 375
6	X-RAY DIFFRACTION	6	E	1 - 375
7	X-RAY DIFFRACTION	7	F	1 - 375
8	X-RAY DIFFRACTION	8	G	1 - 375
9	X-RAY DIFFRACTION	9	H	1 - 375
10	X-RAY DIFFRACTION	10	I	1 - 375
11	X-RAY DIFFRACTION	11	J	1 - 375

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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