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万見
- EMDB-28377: Microsomal triglyceride transfer protein -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28377
タイトルMicrosomal triglyceride transfer protein
マップデータMicrosomal triglyceride transfer protein
試料
  • 複合体: Microsomal triglyceride transfer protein
    • タンパク質・ペプチド: Protein disulfide-isomerase
    • タンパク質・ペプチド: Microsomal triglyceride transfer protein large subunit
キーワードMicrosomal triglyceride transfer protein / human liver / LIPID TRANSPORT / ISOMERASE / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma lipoprotein particle assembly / triglyceride transfer activity / chylomicron assembly / peptidyl-proline hydroxylation to 4-hydroxy-L-proline / regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / procollagen-proline 4-dioxygenase complex / triglyceride transport / phosphatidylcholine transfer activity / insulin processing / phosphatidylethanolamine transfer activity ...plasma lipoprotein particle assembly / triglyceride transfer activity / chylomicron assembly / peptidyl-proline hydroxylation to 4-hydroxy-L-proline / regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / procollagen-proline 4-dioxygenase complex / triglyceride transport / phosphatidylcholine transfer activity / insulin processing / phosphatidylethanolamine transfer activity / VLDL assembly / procollagen-proline 4-dioxygenase activity / thiol oxidase activity / phospholipid transfer activity / LDL remodeling / ceramide 1-phosphate transfer activity / protein disulfide-isomerase / very-low-density lipoprotein particle assembly / endoplasmic reticulum chaperone complex / phospholipid transporter activity / protein folding in endoplasmic reticulum / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / lipid transporter activity / Chylomicron assembly / lipoprotein metabolic process / phospholipid transport / cholesterol transfer activity / interleukin-23-mediated signaling pathway / Interleukin-23 signaling / interleukin-12-mediated signaling pathway / low-density lipoprotein particle remodeling / Interleukin-12 signaling / cellular response to interleukin-7 / lipoprotein transport / triglyceride metabolic process / Insulin processing / protein disulfide isomerase activity / microvillus membrane / Detoxification of Reactive Oxygen Species / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / protein-disulfide reductase activity / protein secretion / apolipoprotein binding / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / positive regulation of T cell migration / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of cell adhesion / response to endoplasmic reticulum stress / cholesterol homeostasis / Hedgehog ligand biogenesis / Post-translational protein phosphorylation / establishment of localization in cell / brush border membrane / response to calcium ion / circadian rhythm / lipid metabolic process / integrin binding / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / melanosome / protein folding / lamellipodium / actin binding / vesicle / cellular response to hypoxia / basolateral plasma membrane / cytoskeleton / positive regulation of viral entry into host cell / receptor complex / endoplasmic reticulum lumen / protein heterodimerization activity / external side of plasma membrane / focal adhesion / lipid binding / protein-containing complex binding / enzyme binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
Microsomal triglyceride transfer protein large subunit / MTP large subunit, lipid-binding domain / MTP large subunit, lipid-binding domain / Vitellogenin, N-terminal / Lipovitellin-phosvitin complex, superhelical domain / Vitellinogen, beta-sheet N-terminal / Lipid transport protein, beta-sheet shell / Lipoprotein amino terminal region / Vitellogenin domain profile. / Lipoprotein N-terminal Domain ...Microsomal triglyceride transfer protein large subunit / MTP large subunit, lipid-binding domain / MTP large subunit, lipid-binding domain / Vitellogenin, N-terminal / Lipovitellin-phosvitin complex, superhelical domain / Vitellinogen, beta-sheet N-terminal / Lipid transport protein, beta-sheet shell / Lipoprotein amino terminal region / Vitellogenin domain profile. / Lipoprotein N-terminal Domain / Protein disulphide isomerase / Thioredoxin-like domain / Disulphide isomerase / Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein disulfide-isomerase / Microsomal triglyceride transfer protein large subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.07 Å
データ登録者Zhang Z
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: High-resolution structural-omics of human liver enzymes.
著者: Chih-Chia Su / Meinan Lyu / Zhemin Zhang / Masaru Miyagi / Wei Huang / Derek J Taylor / Edward W Yu /
要旨: We applied raw human liver microsome lysate to a holey carbon grid and used cryo-electron microscopy (cryo-EM) to define its composition. From this sample we identified and simultaneously determined ...We applied raw human liver microsome lysate to a holey carbon grid and used cryo-electron microscopy (cryo-EM) to define its composition. From this sample we identified and simultaneously determined high-resolution structural information for ten unique human liver enzymes involved in diverse cellular processes. Notably, we determined the structure of the endoplasmic bifunctional protein H6PD, where the N- and C-terminal domains independently possess glucose-6-phosphate dehydrogenase and 6-phosphogluconolactonase enzymatic activity, respectively. We also obtained the structure of heterodimeric human GANAB, an ER glycoprotein quality-control machinery that contains a catalytic α subunit and a noncatalytic β subunit. In addition, we observed a decameric peroxidase, PRDX4, which directly contacts a disulfide isomerase-related protein, ERp46. Structural data suggest that several glycosylations, bound endogenous compounds, and ions associate with these human liver enzymes. These results highlight the importance of cryo-EM in facilitating the elucidation of human organ proteomics at the atomic level.
履歴
登録2022年10月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月3日-
マップ公開2023年5月3日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28377.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28377.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Microsomal triglyceride transfer protein
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 324. Å		1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 324. Å		1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 324. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.2886956 - 0.9311967
平均 (標準偏差)-0.0004139445 (±0.016373353)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 324.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Microsomal triglyceride transfer protein

ファイルemd_28377_additional_1.map
注釈Microsomal triglyceride transfer protein
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Microsomal triglyceride transfer protein

ファイルemd_28377_half_map_1.map
注釈Microsomal triglyceride transfer protein
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Microsomal triglyceride transfer protein

ファイルemd_28377_half_map_2.map
注釈Microsomal triglyceride transfer protein
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Microsomal triglyceride transfer protein

全体名称: Microsomal triglyceride transfer protein
要素
  • 複合体: Microsomal triglyceride transfer protein
    • タンパク質・ペプチド: Protein disulfide-isomerase
    • タンパク質・ペプチド: Microsomal triglyceride transfer protein large subunit

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超分子 #1: Microsomal triglyceride transfer protein

超分子名称: Microsomal triglyceride transfer protein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Protein disulfide-isomerase

分子名称: Protein disulfide-isomerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: protein disulfide-isomerase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 57.190137 KDa
配列文字列: MLRRALLCLA VAALVRADAP EEEDHVLVLR KSNFAEALAA HKYLLVEFYA PWCGHCKALA PEYAKAAGKL KAEGSEIRLA KVDATEESD LAQQYGVRGY PTIKFFRNGD TASPKEYTAG READDIVNWL KKRTGPAATT LPDGAAAESL VESSEVAVIG F FKDVESDS ...文字列:
MLRRALLCLA VAALVRADAP EEEDHVLVLR KSNFAEALAA HKYLLVEFYA PWCGHCKALA PEYAKAAGKL KAEGSEIRLA KVDATEESD LAQQYGVRGY PTIKFFRNGD TASPKEYTAG READDIVNWL KKRTGPAATT LPDGAAAESL VESSEVAVIG F FKDVESDS AKQFLQAAEA IDDIPFGITS NSDVFSKYQL DKDGVVLFKK FDEGRNNFEG EVTKENLLDF IKHNQLPLVI EF TEQTAPK IFGGEIKTHI LLFLPKSVSD YDGKLSNFKT AAESFKGKIL FIFIDSDHTD NQRILEFFGL KKEECPAVRL ITL EEEMTK YKPESEELTA ERITEFCHRF LEGKIKPHLM SQELPEDWDK QPVKVLVGKN FEDVAFDEKK NVFVEFYAPW CGHC KQLAP IWDKLGETYK DHENIVIAKM DSTANEVEAV KVHSFPTLKF FPASADRTVI DYNGERTLDG FKKFLESGGQ DGAGD DDDL EDLEEAEEPD MEEDDDQKAV KDEL

UniProtKB: Protein disulfide-isomerase

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分子 #2: Microsomal triglyceride transfer protein large subunit

分子名称: Microsomal triglyceride transfer protein large subunit
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 99.474102 KDa
配列文字列: MILLAVLFLC FISSYSASVK GHTTGLSLNN DRLYKLTYST EVLLDRGKGK LQDSVGYRIS SNVDVALLWR NPDGDDDQLI QITMKDVNV ENVNQQRGEK SIFKGKSPSK IMGKENLEAL QRPTLLHLIH GKVKEFYSYQ NEAVAIENIK RGLASLFQTQ L SSGTTNEV ...文字列:
MILLAVLFLC FISSYSASVK GHTTGLSLNN DRLYKLTYST EVLLDRGKGK LQDSVGYRIS SNVDVALLWR NPDGDDDQLI QITMKDVNV ENVNQQRGEK SIFKGKSPSK IMGKENLEAL QRPTLLHLIH GKVKEFYSYQ NEAVAIENIK RGLASLFQTQ L SSGTTNEV DISGNCKVTY QAHQDKVIKI KALDSCKIAR SGFTTPNQVL GVSSKATSVT TYKIEDSFVI AVLAEETHNF GL NFLQTIK GKIVSKQKLE LKTTEAGPRL MSGKQAAAII KAVDSKYTAI PIVGQVFQSH CKGCPSLSEL WRSTRKYLQP DNL SKAEAV RNFLAFIQHL RTAKKEEILQ ILKMENKEVL PQLVDAVTSA QTSDSLEAIL DFLDFKSDSS IILQERFLYA CGFA SHPNE ELLRALISKF KGSIGSSDIR ETVMIITGTL VRKLCQNEGC KLKAVVEAKK LILGGLEKAE KKEDTRMYLL ALKNA LLPE GIPSLLKYAE AGEGPISHLA TTALQRYDLP FITDEVKKTL NRIYHQNRKV HEKTVRTAAA AIILNNNPSY MDVKNI LLS IGELPQEMNK YMLAIVQDIL RFEMPASKIV RRVLKEMVAH NYDRFSRSGS SSAYTGYIER SPRSASTYSL DILYSGS GI LRRSNLNIFQ YIGKAGLHGS QVVIEAQGLE ALIAATPDEG EENLDSYAGM SAILFDVQLR PVTFFNGYSD LMSKMLSA S GDPISVVKGL ILLIDHSQEL QLQSGLKANI EVQGGLAIDI SGAMEFSLWY RESKTRVKNR VTVVITTDIT VDSSFVKAG LETSTETEAG LEFISTVQFS QYPFLVCMQM DKDEAPFRQF EKKYERLSTG RGYVSQKRKE SVLAGCEFPL HQENSEMCKV VFAPQPDST SSGWF

UniProtKB: Microsomal triglyceride transfer protein large subunit

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 41.25 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.291 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.17 µm / 倍率（公称値）: 81000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 487553
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.07 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 249877
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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