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- EMDB-28280: In situ cryo-EM structure of Pseudomonas phage E217 tail baseplat... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28280
タイトルIn situ cryo-EM structure of Pseudomonas phage E217 tail baseplate in C6 map
マップデータ
試料
  • ウイルス: Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Sheath protein gp31
    • タンパク質・ペプチド: Structural protein gp33
    • タンパク質・ペプチド: Sheath initiator gp34
    • タンパク質・ペプチド: Ripcord gp36
    • タンパク質・ペプチド: Baseplate_J domain-containing protein gp44
    • タンパク質・ペプチド: Structural protein gp45
キーワードPseudomonas / phage / baseplate / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


Protein of unknown function DUF2612 / Protein of unknown function (DUF2612) / Protein of unknown function DUF3383 / Protein of unknown function (DUF3383) / Tail fiber protein gp32 / Baseplate protein J-like / Baseplate J-like protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Baseplate protein J-like domain-containing protein / Tail sheath protein / Putative structural protein / Structural protein / Phage protein / Phage protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.42 Å
データ登録者Li F / Cingolani G / Hou C
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)GM140733 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: High-resolution cryo-EM structure of the Pseudomonas bacteriophage E217.
著者: Fenglin Li / Chun-Feng David Hou / Ravi K Lokareddy / Ruoyu Yang / Francesca Forti / Federica Briani / Gino Cingolani /
要旨: E217 is a Pseudomonas phage used in an experimental cocktail to eradicate cystic fibrosis-associated Pseudomonas aeruginosa. Here, we describe the structure of the whole E217 virion before and after ...E217 is a Pseudomonas phage used in an experimental cocktail to eradicate cystic fibrosis-associated Pseudomonas aeruginosa. Here, we describe the structure of the whole E217 virion before and after DNA ejection at 3.1 Å and 4.5 Å resolution, respectively, determined using cryogenic electron microscopy (cryo-EM). We identify and build de novo structures for 19 unique E217 gene products, resolve the tail genome-ejection machine in both extended and contracted states, and decipher the complete architecture of the baseplate formed by 66 polypeptide chains. We also determine that E217 recognizes the host O-antigen as a receptor, and we resolve the N-terminal portion of the O-antigen-binding tail fiber. We propose that E217 design principles presented in this paper are conserved across PB1-like Myoviridae phages of the Pbunavirus genus that encode a ~1.4 MDa baseplate, dramatically smaller than the coliphage T4.
履歴
登録2022年9月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月26日-
マップ公開2023年7月26日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28280.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28280.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.12 Å/pix.
x 400 pix.
= 448. Å		1.12 Å/pix.
x 400 pix.
= 448. Å		1.12 Å/pix.
x 400 pix.
= 448. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.12 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.06320333 - 0.0908466
平均 (標準偏差)-0.00011589468 (±0.005056471)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 448.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_28280_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_28280_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Pseudomonas phage vB_PaeM_E217

全体名称: Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Sheath protein gp31
    • タンパク質・ペプチド: Structural protein gp33
    • タンパク質・ペプチド: Sheath initiator gp34
    • タンパク質・ペプチド: Ripcord gp36
    • タンパク質・ペプチド: Baseplate_J domain-containing protein gp44
    • タンパク質・ペプチド: Structural protein gp45

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超分子 #1: Pseudomonas phage vB_PaeM_E217

超分子名称: Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2034346 / 生物種: Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes

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分子 #1: Sheath protein gp31

分子名称: Sheath protein gp31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 (ファージ)
分子量理論値: 53.69475 KDa
配列文字列: MISQSRYIRI ISGVGAAAPV AGRKLILRVM TTNNVIPPGI VIEFDNANAV LSYFGAQSEE YQRAAAYFKF ISKSVNSPSS ISFARWVNT AIAPMVVGDN LPKTIADFAG FSAGVLTIMV GAAEQNITAI DTSAATSMDN VASIIQTEIR KNADPQLAQA T VTWNQNTN ...文字列:
MISQSRYIRI ISGVGAAAPV AGRKLILRVM TTNNVIPPGI VIEFDNANAV LSYFGAQSEE YQRAAAYFKF ISKSVNSPSS ISFARWVNT AIAPMVVGDN LPKTIADFAG FSAGVLTIMV GAAEQNITAI DTSAATSMDN VASIIQTEIR KNADPQLAQA T VTWNQNTN QFTLVGATIG TGVLAVAKSA DPQDMSTALG WSTSNVVNVA GQSADLPDAA VAKSTNVSNN FGSFLFAGAP LD NDQIKAV SAWNAAQNNQ FIYTVATSLA NLGTLFTLVN GNAGTALNVL SATAANDFVE QCPSEILAAT NYDEPGASQN YMY YQFPGR NITVSDDTVA NTVDKSRGNY IGVTQANGQQ LAFYQRGILC GGPTDAVDMN VYANEIWLKS AIAQALLDLF LNVN AVPAS STGEAMTLAV LQPVLDKATA NGTFTYGKEI SAVQQQYITQ VTGDRRAWRQ VQTLGYWINI TFSSYTNSNT GLTEW KANY TLIYSKGDAI RFVEGSDVMI

UniProtKB: Tail sheath protein

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分子 #2: Structural protein gp33

分子名称: Structural protein gp33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 (ファージ)
分子量理論値: 11.575988 KDa
配列文字列:
KIPLTAVPNQ AISFNAGSSY WKIRLYQNMD MMNADISRDG VIVCHGVRCF GGIPLLQYSH QYRPDYGNFV FDRDADWTLF GDGINLFYL DGAEFAEYQA LAT

UniProtKB: Phage protein

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分子 #3: Sheath initiator gp34

分子名称: Sheath initiator gp34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 (ファージ)
分子量理論値: 11.769064 KDa
配列文字列:
STSTIRTGTN NDILLDDNGN MVILRDVEAC AQDVRAAMLM RTGENIFDVN SGVGYFEYIF SPQKSYDDAR KSIADAILSS PDVTGIEQL DIDITGEVFG VDAKVITIH

UniProtKB: Phage protein

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分子 #4: Ripcord gp36

分子名称: Ripcord gp36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 (ファージ)
分子量理論値: 16.110277 KDa
配列文字列:
MINVSGFGTG IVIVSASSFP MGFSLSKFAD DESPISSKEL EPFGYEMLYD GGLFAFDKAA PLEVSVSVIA GSEDDINLRI LLNSKKGSF RFLPGIIPDM TTLVATLPDG GRTVLSNGTI LKGPAIDTIQ NTGRRKGNTY TFVFGSYLGA QTA

UniProtKB: Structural protein

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分子 #5: Baseplate_J domain-containing protein gp44

分子名称: Baseplate_J domain-containing protein gp44 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 (ファージ)
分子量理論値: 43.207457 KDa
配列文字列: MANYNYIVDT GVIVADTADV LSDVEAEFRA ALGANINLAA STPQGSLVAA EAIARSSVMR NEARIANTIN PNVSFGTFLD AICALMGIE RGSDLSTFGY GVQVTGRSQT RISTGSRVQT PAGAIFTVMS DVTIPAGGVA TIDIKSQEYG NIPLPVGNLI I IDGTIGWS ...文字列:
MANYNYIVDT GVIVADTADV LSDVEAEFRA ALGANINLAA STPQGSLVAA EAIARSSVMR NEARIANTIN PNVSFGTFLD AICALMGIE RGSDLSTFGY GVQVTGRSQT RISTGSRVQT PAGAIFTVMS DVTIPAGGVA TIDIKSQEYG NIPLPVGNLI I IDGTIGWS GAKVIASTRV DPGSRQMSDA ELKNARVNRL AIQGRNSTMA IKAYVSAVPN VTSVNVIENN TGAVQVVNGV SF TLPYAVW VCVAGNPDKQ AVADALWAAH NGGTPWDYGA TNNGVPVDGP NGVPVRDPAS GRKYVVKWTT PIMYDGYVNV TVQ QGSSSV APEAIQNAVV NYAQGKVEGE EGLVVGASLS AFEVAGAIAR EIPGIYIKLC QVACVAAGSP APAPGDFTSE YVMS AFGQA TISVGNVRVT FV

UniProtKB: Baseplate protein J-like domain-containing protein

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分子 #6: Structural protein gp45

分子名称: Structural protein gp45 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 (ファージ)
分子量理論値: 54.107535 KDa
配列文字列: LPAYNSDIQQ ALKWLHNQAP GITGLIQRKA QWYDRFSRQF WANWERDVFH LKTANPFGLM VWCIILGTPS KGFGLYPKNS SWAFGRLRQ NFIYSGTQVP PPADASPGGN FYGGGNAEIL NLDEIRKVLQ LRYVALISNG SIAYINRMLR YIFNDDEPWD E ATGLYFYL ...文字列:
LPAYNSDIQQ ALKWLHNQAP GITGLIQRKA QWYDRFSRQF WANWERDVFH LKTANPFGLM VWCIILGTPS KGFGLYPKNS SWAFGRLRQ NFIYSGTQVP PPADASPGGN FYGGGNAEIL NLDEIRKVLQ LRYVALISNG SIAYINRMLR YIFNDDEPWD E ATGLYFYL MDSTGENGPV ENLAVYRKDW EGMVLLSSSP RTNHVLTSTP ASDADWPGVD PAASGIPVTV ETASATAPDG SA TVCKLTK PAGSTAYVSA PIDGPLGSGS TVTFSFFAKA GSTRFIAIQS AADFPSRADA VFDLDSGNVI SDQMLDSSVV SAR MIRLEN GWWRCVLTTK TVSSSFRAAY VAPAETNFSW IDSNSSAAID VLIWGAQIEL GDTPTGYLKT TGAPVTITDY VLQN AQTGT VKFTQPLPTG VEAYWTGDWK GGTAAEPARF AVGNGTQDTF TLSDPAYIGL PTSGAFKLEY RVGPALNLSP QLINL MNDR AVGIMPTCAG CDVKVI

UniProtKB: Putative structural protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 9300
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.42 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 9300
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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