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- EMDB-2647: electron cryo-microscopy of 1358 Lactococcus phage mature empty capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2647
タイトルelectron cryo-microscopy of 1358 Lactococcus phage mature empty capsid
マップデータlactococcus phage 1358 mature empty capsid
試料
  • 試料: lactococcus phage 1358 mature empty capsid
  • ウイルス: Lactococcus phage 1358 (ファージ)
キーワードphage / capsid / cryo-EM
生物種Lactococcus phage 1358 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 14.0 Å
データ登録者Spinelli S / Bebeacua C / Orlov I / Tremblay D / Klaholz B / Moineau S / Cambillau C
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2014
タイトル: Cryo-electron microscopy structure of lactococcal siphophage 1358 virion.
著者: Silvia Spinelli / Cecilia Bebeacua / Igor Orlov / Denise Tremblay / Bruno P Klaholz / Sylvain Moineau / Christian Cambillau /
要旨: Lactococcus lactis, a Gram(+) lactic acid-producing bacterium used for the manufacture of several fermented dairy products, is subject to infection by diverse virulent tailed phages, leading to ...Lactococcus lactis, a Gram(+) lactic acid-producing bacterium used for the manufacture of several fermented dairy products, is subject to infection by diverse virulent tailed phages, leading to industrial fermentation failures. This constant viral risk has led to a sustained interest in the study of their biology, diversity, and evolution. Lactococcal phages now constitute a wide ensemble of at least 10 distinct genotypes within the Caudovirales order, many of them belonging to the Siphoviridae family. Lactococcal siphophage 1358, currently the only member of its group, displays a noticeably high genomic similarity to some Listeria phages as well as a host range limited to a few L. lactis strains. These genomic and functional characteristics stimulated our interest in this phage. Here, we report the cryo-electron microscopy structure of the complete 1358 virion. Phage 1358 exhibits noteworthy features, such as a capsid with dextro handedness and protruding decorations on its capsid and tail. Observations of the baseplate of virion particles revealed at least two conformations, a closed and an open, activated form. Functional assays uncovered that the adsorption of phage 1358 to its host is Ca(2+) independent, but this cation is necessary to complete its lytic cycle. Taken together, our results provide the complete structural picture of a unique lactococcal phage and expand our knowledge on the complex baseplate of phages of the Siphoviridae family.
IMPORTANCE: Phages of Lactococcus lactis are investigated mainly because they are sources of milk fermentation failures in the dairy industry. Despite the availability of several antiphage measures, ...IMPORTANCE: Phages of Lactococcus lactis are investigated mainly because they are sources of milk fermentation failures in the dairy industry. Despite the availability of several antiphage measures, new phages keep emerging in this ecosystem. In this study, we provide the cryo-electron microscopy reconstruction of a unique lactococcal phage that possesses genomic similarity to particular Listeria phages and has a host range restricted to only a minority of L. lactis strains. The capsid of phage 1358 displays the almost unique characteristic of being dextro handed. Its capsid and tail exhibit decorations that we assigned to nonspecific sugar binding modules. We observed the baseplate of 1358 in two conformations, a closed and an open form. We also found that the adsorption to its host, but not infection, is Ca(2+) independent. Overall, this study advances our understanding of the adhesion mechanisms of siphophages.
履歴
登録2014年5月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年5月28日-
マップ公開2014年5月28日-
更新2014年11月19日-
現状2014年11月19日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 5.25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 5.25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2647-Emp...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2647.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈lactococcus phage 1358 mature empty capsid
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.84 Å/pix.
x 256 pix.
= 983.04 Å		3.84 Å/pix.
x 256 pix.
= 983.04 Å		3.84 Å/pix.
x 256 pix.
= 983.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.84 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 5.25 / ムービー #1: 5.25
最小 - 最大-15.97627735 - 19.651067730000001
平均 (標準偏差)0.0 (±1.6559155)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-127-128-128
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 983.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.843.843.84
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z983.040983.040983.040
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ0-51-100
NX/NY/NZ82103201
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-128-127-128
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-15.97619.6510.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : lactococcus phage 1358 mature empty capsid

全体名称: lactococcus phage 1358 mature empty capsid
要素
  • 試料: lactococcus phage 1358 mature empty capsid
  • ウイルス: Lactococcus phage 1358 (ファージ)

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超分子 #1000: lactococcus phage 1358 mature empty capsid

超分子名称: lactococcus phage 1358 mature empty capsid / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Lactococcus phage 1358

超分子名称: Lactococcus phage 1358 / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 741942 / 生物種: Lactococcus phage 1358 / Sci species strain: SMQ-388 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Lactococcus lactis (乳酸菌) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 635 Å / T番号(三角分割数): 6

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液詳細: 50 mM Tris-HCl pH 7.5, 100 mM NaCl, 8 mM MgSO4
グリッド詳細: 200 mesh, quantifoil 1.2/1.3
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: blot 2 seconds, force 4

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 150,000 times magnification
日付2011年11月11日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 1.92 µm / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.0035 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.0015 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細IMAGIC software package, angular reconstitution - Euler angles determination and refinement
CTF補正詳細: each microphotograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Imagic-V / 使用した粒子像数: 1951

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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