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万見
- EMDB-2640: Negative-stain electron microscopy of the human GINS complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2640
タイトルNegative-stain electron microscopy of the human GINS complex
マップデータReconstruction of the human GINS complex
試料
  • 試料: Human GINS complex
  • タンパク質・ペプチド: GINS
キーワードDNA replication / CMG / GINS complex / Psf1 B domain
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 30.0 Å
データ登録者Carroni M / De March M / Krastanova I / Medagli B / Taylor IK / Brick P / Amenitsch H / Patwardhan A / Onesti S
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: New insights into the GINS complex explain the controversy between existing structural models.
著者: Marta Carroni / Matteo De March / Barbara Medagli / Ivet Krastanova / Ian A Taylor / Heinz Amenitsch / Hiroyuchi Araki / Francesca M Pisani / Ardan Patwardhan / Silvia Onesti /
要旨: GINS is a key component of eukaryotic replicative forks and is composed of four subunits (Sld5, Psf1, Psf2, Psf3). To explain the discrepancy between structural data from crystallography and electron ...GINS is a key component of eukaryotic replicative forks and is composed of four subunits (Sld5, Psf1, Psf2, Psf3). To explain the discrepancy between structural data from crystallography and electron microscopy (EM), we show that GINS is a compact tetramer in solution as observed in crystal structures, but also forms a double-tetrameric population, detectable by EM. This may represent an intermediate step towards the assembly of two replicative helicase complexes at origins, moving in opposite directions within the replication bubble. Reconstruction of the double-tetrameric form, combined with small-angle X-ray scattering data, allows the localisation of the B domain of the Psf1 subunit in the free GINS complex, which was not visible in previous studies and is essential for the formation of a functional replication fork.
履歴
登録2014年5月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年6月11日-
マップ公開2015年6月17日-
更新2015年7月8日-
現状2015年7月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.13
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.13
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2640.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2640.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of the human GINS complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4 Å/pix.
x 80 pix.
= 320. Å		4 Å/pix.
x 80 pix.
= 320. Å		4 Å/pix.
x 80 pix.
= 320. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.13 / ムービー #1: 0.13
最小 - 最大-0.1992006 - 0.97747266
平均 (標準偏差)0.00244183 (±0.05716141)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-39-40-40
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 320.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z444
M x/y/z808080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z320.000320.000320.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-40-39-40
NC/NR/NS808080
D min/max/mean-0.1990.9770.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human GINS complex

全体名称: Human GINS complex
要素
  • 試料: Human GINS complex
  • タンパク質・ペプチド: GINS

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超分子 #1000: Human GINS complex

超分子名称: Human GINS complex / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The sample was in equilibrium with a monomeric form (single GINS tetramer)
集合状態: dimer of human GINS tetramers / Number unique components: 1
分子量実験値: 200 KDa / 理論値: 200 KDa
手法: SEC-MALLS (size-exclusion chromatography coupled with multi angle laser light scattering)

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分子 #1: GINS

分子名称: GINS / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 集合状態: dimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 組織: all / 細胞: all / Organelle: nucleus / 細胞中の位置: nucleus
分子量実験値: 100 KDa / 理論値: 100 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: Codon Plus / 組換プラスミド: pProEX-Hta

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.05 mg/mL
緩衝液pH: 7.8 / 詳細: 20 mM TrisHCl pH 7.8, 150 mM NaCl, 0.5 mM TCEP
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Protein adsorbed on carbon coated grids, stained with potassium phospho tungstate pH 7.0 for 4 minutes.
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 150,000 times magnification
日付2009年12月20日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 50000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC

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画像解析

CTF補正詳細: entire frame
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 30.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMAGIC, Spider / 使用した粒子像数: 14390

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2eho


Chain - #0 - Chain ID: E / Chain - #1 - Chain ID: F / Chain - #2 - Chain ID: G / Chain - #3 - Chain ID: H / Chain - #4 - Chain ID: I / Chain - #5 - Chain ID: J / Chain - #6 - Chain ID: K / Chain - #7 - Chain ID: L
ソフトウェア名称: Chimera
詳細A dimer of tetramers observed in the crystal was fitted.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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