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- EMDB-2598: Cryo-EM of a termination/pre-recycling complex with eRF1 and ABCE1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2598
タイトルCryo-EM of a termination/pre-recycling complex with eRF1 and ABCE1
マップデータ"CMV-stalled" wheat germ 80S-RNC bound to eRF1 and ABCE1.
試料
  • 試料: "CMV"-stalled wheat germ 80S-RNC bound to eRF1 and ABCE1-ADPNP
  • 複合体: 80S ribosome
  • タンパク質・ペプチド: Sup45
  • タンパク質・ペプチド: Rli1
キーワードtranslation / termination / recycling / cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


Eukaryotic Translation Termination / sno(s)RNA transcription / translation release factor complex / cytoplasmic translational termination / translation release factor activity, codon specific / translation release factor activity / sequence-specific mRNA binding / ribosome disassembly / peptidyl-tRNA hydrolase activity / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) ...Eukaryotic Translation Termination / sno(s)RNA transcription / translation release factor complex / cytoplasmic translational termination / translation release factor activity, codon specific / translation release factor activity / sequence-specific mRNA binding / ribosome disassembly / peptidyl-tRNA hydrolase activity / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / ribosomal small subunit binding / ribosomal subunit export from nucleus / translational termination / translation initiation factor activity / ribosomal large subunit biogenesis / positive regulation of translation / translational initiation / DNA-templated transcription termination / cytoplasmic stress granule / rRNA processing / iron ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RLI, domain 1 / RLI1 / RNase L inhibitor RLI-like, possible metal-binding domain / Possible Fer4-like domain in RNase L inhibitor, RLI / Peptide chain release factor eRF1/aRF1 / eRF1, domain 1 / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 1/Pelota-like / eRF1 domain 3 ...RLI, domain 1 / RLI1 / RNase L inhibitor RLI-like, possible metal-binding domain / Possible Fer4-like domain in RNase L inhibitor, RLI / Peptide chain release factor eRF1/aRF1 / eRF1, domain 1 / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 1/Pelota-like / eRF1 domain 3 / eRF1, domain 2 superfamily / eRF1 domain 1 / eRF1 domain 3 / eRF1_1 / 4Fe-4S binding domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / 50S ribosomal protein L30e-like / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Eukaryotic peptide chain release factor subunit 1 / Translation initiation factor RLI1
類似検索 - 構成要素
生物種Triticum aestivum (コムギ) / Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 8.75 Å
データ登録者Preis A / Heuer A / Barrio-Garcia C / Hauser A / Eyler D / Berninghausen O / Green R / Becker T / Beckmann R
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2014
タイトル: Cryoelectron microscopic structures of eukaryotic translation termination complexes containing eRF1-eRF3 or eRF1-ABCE1.
著者: Anne Preis / Andre Heuer / Clara Barrio-Garcia / Andreas Hauser / Daniel E Eyler / Otto Berninghausen / Rachel Green / Thomas Becker / Roland Beckmann /
要旨: Termination and ribosome recycling are essential processes in translation. In eukaryotes, a stop codon in the ribosomal A site is decoded by a ternary complex consisting of release factors eRF1 and ...Termination and ribosome recycling are essential processes in translation. In eukaryotes, a stop codon in the ribosomal A site is decoded by a ternary complex consisting of release factors eRF1 and guanosine triphosphate (GTP)-bound eRF3. After GTP hydrolysis, eRF3 dissociates, and ABCE1 can bind to eRF1-loaded ribosomes to stimulate peptide release and ribosomal subunit dissociation. Here, we present cryoelectron microscopic (cryo-EM) structures of a pretermination complex containing eRF1-eRF3 and a termination/prerecycling complex containing eRF1-ABCE1. eRF1 undergoes drastic conformational changes: its central domain harboring the catalytically important GGQ loop is either packed against eRF3 or swung toward the peptidyl transferase center when bound to ABCE1. Additionally, in complex with eRF3, the N-terminal domain of eRF1 positions the conserved NIKS motif proximal to the stop codon, supporting its suggested role in decoding, yet it appears to be delocalized in the presence of ABCE1. These results suggest that stop codon decoding and peptide release can be uncoupled during termination.
履歴
登録2014年2月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年3月26日-
マップ公開2014年7月16日-
更新2014年7月23日-
現状2014年7月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.232
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  • 原子モデル: PDB-4crm
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  • 原子モデル: PDB-4crm
  • 表面レベル: 0.232
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-4crm
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2598-Rli...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2598.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 185.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈"CMV-stalled" wheat germ 80S-RNC bound to eRF1 and ABCE1.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
1.24 Å/pix.
x 368 pix.
= 455.4 Å		1.24 Å/pix.
x 368 pix.
= 455.4 Å		1.24 Å/pix.
x 368 pix.
= 455.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2375 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.232 / ムービー #1: 0.232
最小 - 最大-0.63350767 - 1.32882106
平均 (標準偏差)0.00894418 (±0.0960145)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-184-184-183
サイズ368368368
Spacing368368368
セルA=B=C: 455.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.23751.23751.2375
M x/y/z368368368
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z455.400455.400455.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS-184-184-183
NC/NR/NS368368368
D min/max/mean-0.6341.3290.009

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : "CMV"-stalled wheat germ 80S-RNC bound to eRF1 and ABCE1-ADPNP

全体名称: "CMV"-stalled wheat germ 80S-RNC bound to eRF1 and ABCE1-ADPNP
要素
  • 試料: "CMV"-stalled wheat germ 80S-RNC bound to eRF1 and ABCE1-ADPNP
  • 複合体: 80S ribosome
  • タンパク質・ペプチド: Sup45
  • タンパク質・ペプチド: Rli1

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超分子 #1000: "CMV"-stalled wheat germ 80S-RNC bound to eRF1 and ABCE1-ADPNP

超分子名称: "CMV"-stalled wheat germ 80S-RNC bound to eRF1 and ABCE1-ADPNP
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: One ribosome binds to one eRF1 and one ABCE1 / Number unique components: 3

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超分子 #1: 80S ribosome

超分子名称: 80S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ) / 別称: Bread wheat / 組織: seed

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分子 #1: Sup45

分子名称: Sup45 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: eRF1 / コピー数: 1 / 集合状態: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's Yeast / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量理論値: 49 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pTYB2

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分子 #2: Rli1

分子名称: Rli1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: ABCE1 / コピー数: 1 / 集合状態: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量理論値: 68 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 組換プラスミド: pYES2

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM HEPES pH 7.5, 200 mM KCl, 1.5 MgCl2, 2 mM DTT, 0.01 mg/ml cycloheximide, 0.05 % Nikkol, 0.03 % DBC, 0.5 mM ADPNP).
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: Cryo-EM
グリッド詳細: Sec61 was added at a five-fold molar excess to saturate the hydrophobic signal-anchor sequence and avoid orientational bias on the cryo-grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 3 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
日付2013年2月20日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15.6 µm / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 147136 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were picked with starfish_boxing version 0.2.0, which is part of the new StarFish single particle analysis program suite.
CTF補正詳細: on volumes (SPIDER)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.75 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: StarFish, SPIDER / 詳細: Data-subset resulted from computational sorting / 使用した粒子像数: 39309

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1dt9

ソフトウェア名称: Chimera, Coot, MDFF
詳細A homology model of eRF1 was created using HHPred. The domains were separately fitted by manual docking using program Coot.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-4crm:
Cryo-EM of a pre-recycling complex with eRF1 and ABCE1

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

3j16


Chain - Chain ID: B
ソフトウェア名称: Chimera, Coot, MDFF
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-4crm:
Cryo-EM of a pre-recycling complex with eRF1 and ABCE1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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