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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25905 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of W6 possum enterovirus | |||||||||
マップデータ | Enterovirus EV-F4 - isolated from Bushtail Possum | |||||||||
試料 | Enterovirus != Possum enterovirus W6 Enterovirus
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キーワード | enterovirus / icosahedral / VIRUS | |||||||||
生物種 | Possum enterovirus W6 (エンテロウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang I / Jayawardena N | |||||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Viruses / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM Structure of a Possum Enterovirus. 著者: Ivy Wang / Sandeep K Gupta / Guillaume Ems / Nadishka Jayawardena / Mike Strauss / Mihnea Bostina / 要旨: Enteroviruses (EVs) represent a substantial concern to global health. Here, we present the cryo-EM structure of a non-human enterovirus, EV-F4, isolated from the Australian brushtail possum to assess ...Enteroviruses (EVs) represent a substantial concern to global health. Here, we present the cryo-EM structure of a non-human enterovirus, EV-F4, isolated from the Australian brushtail possum to assess the structural diversity of these picornaviruses. The capsid structure, determined to ~3 Å resolution by single particle analysis, exhibits a largely smooth surface, similar to EV-F3 (formerly BEV-2). Although the cellular receptor is not known, the absence of charged residues on the outer surface of the canyon suggest a different receptor type than for EV-F3. Density for the pocket factor is clear, with the entrance to the pocket being smaller than for other enteroviruses. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_25905.map.gz | 920.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-25905-v30.xml emd-25905.xml | 14 KB 14 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_25905_fsc.xml | 22.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_25905.png | 117.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-25905.cif.gz | 5.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25905 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25905 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_25905_validation.pdf.gz | 753.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_25905_full_validation.pdf.gz | 753 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_25905_validation.xml.gz | 18.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_25905_validation.cif.gz | 25.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25905 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25905 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_25905.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1000 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Enterovirus EV-F4 - isolated from Bushtail Possum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.857 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Enterovirus
全体 | 名称: Enterovirus (エンテロウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Possum enterovirus W6
超分子 | 名称: Possum enterovirus W6 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 / NCBI-ID: 263532 / 生物種: Possum enterovirus W6 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Possum enterovirus W6 (エンテロウイルス) |
-分子 #1: Capsid protein VP1
分子 | 名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Possum enterovirus W6 (エンテロウイルス) |
分子量 | 理論値: 30.311832 KDa |
配列 | 文字列: GETGQLIKDT IKNTVENTVE STHSISTEAT PALQAAETGA TSNASDESMI ETRNVVNTHG VAETSLEGFY GRAGLVAMFT TEGGIRSWY INFGKYVQLR AKLELLTYAR FDVEFTIVAQ VVDEQAKVKD FNVDYQVMYV PPGASAPDGQ DSFQWQSSCN P SVISNTGL ...文字列: GETGQLIKDT IKNTVENTVE STHSISTEAT PALQAAETGA TSNASDESMI ETRNVVNTHG VAETSLEGFY GRAGLVAMFT TEGGIRSWY INFGKYVQLR AKLELLTYAR FDVEFTIVAQ VVDEQAKVKD FNVDYQVMYV PPGASAPDGQ DSFQWQSSCN P SVISNTGL PPARVSVPFM SSANAYSFSY DGYIQFGDTS SSSYGILPIH YLGQLVVRTC EDLDSARLRV RIYAKPKHMR GW IPRSPRM RPYVSRFTGI YTDAPSFCVN RESITTAG |
-分子 #2: Capsid protein VP2
分子 | 名称: Capsid protein VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Possum enterovirus W6 (エンテロウイルス) |
分子量 | 理論値: 26.577887 KDa |
配列 | 文字列: SAEACGYSDR VAQLTLGNST ITTQEAANIV VAYGRWPSGL RDTDATAVDK PTQPGVSAER FYTLPSVQWT TSFTGHYWKL PDALSDLGL FGQNLQFHYL YRGGWAIHVQ CNATKFHQGT LLVVAVPEHK IQAQSNPSFG RTNPGEAGAA CQFPFTFEDG T ALGNALIY ...文字列: SAEACGYSDR VAQLTLGNST ITTQEAANIV VAYGRWPSGL RDTDATAVDK PTQPGVSAER FYTLPSVQWT TSFTGHYWKL PDALSDLGL FGQNLQFHYL YRGGWAIHVQ CNATKFHQGT LLVVAVPEHK IQAQSNPSFG RTNPGEAGAA CQFPFTFEDG T ALGNALIY PHQWINLRTN NSATLVLPYV NAIPMDSGIK HNNWTLLVIP IVPLEYAVGA TTFVPITVTI APMCTEYNGL RA AVTQ |
-分子 #3: Capsid protein VP3
分子 | 名称: Capsid protein VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Possum enterovirus W6 (エンテロウイルス) |
分子量 | 理論値: 26.997758 KDa |
配列 | 文字列: GCPTLYTPGS GQFLTTDDFQ TPCMLPKFQP TPVIDIPGEV KNFLEVIQVE SLVEINNVSG VEGVARYRIP LNVQDAMDGQ IMAVRVDPG ADGPMQSTLL GVFTRYYTQW SGSLDFTFMF CGTFMTTGKV IIAYTPPGGD QPGSRQQAML GTHVVWDFGL Q SSITLVVP ...文字列: GCPTLYTPGS GQFLTTDDFQ TPCMLPKFQP TPVIDIPGEV KNFLEVIQVE SLVEINNVSG VEGVARYRIP LNVQDAMDGQ IMAVRVDPG ADGPMQSTLL GVFTRYYTQW SGSLDFTFMF CGTFMTTGKV IIAYTPPGGD QPGSRQQAML GTHVVWDFGL Q SSITLVVP WISSGHFRGT SLDNTIYKYR YYEAGYITMW YQTNMVVPPN FPTEASILMF VAAQPNFSLR ILKDRPDITQ VA SLQ |
-分子 #4: Capsid protein VP4
分子 | 名称: Capsid protein VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Possum enterovirus W6 (エンテロウイルス) |
分子量 | 理論値: 7.63234 KDa |
配列 | 文字列: MGAQLSKNTA GSHTTGTYAT GGSSIHYTNI NYYENAASNS LNKQDFTQDP DKFTRPVADI MKEAAVPLKS P |
-分子 #5: SPHINGOSINE
分子 | 名称: SPHINGOSINE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: SPH |
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分子量 | 理論値: 299.492 Da |
Chemical component information | ChemComp-SPH: |
-分子 #6: POTASSIUM ION
分子 | 名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: K |
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分子量 | 理論値: 39.098 Da |
-分子 #7: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 21 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 1.37 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.75 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |