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- EMDB-25905: Cryo-EM structure of W6 possum enterovirus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25905
タイトルCryo-EM structure of W6 possum enterovirus
マップデータEnterovirus EV-F4 - isolated from Bushtail Possum
試料Enterovirus != Possum enterovirus W6

Enterovirus

  • ウイルス: Possum enterovirus W6 (エンテロウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP2
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP3
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP4
  • リガンド: SPHINGOSINE
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: water
キーワードenterovirus / icosahedral / VIRUS
生物種Possum enterovirus W6 (エンテロウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Wang I / Jayawardena N
資金援助 カナダ, 1件
OrganizationGrant number国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPAS/00011-2020 カナダ
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM Structure of a Possum Enterovirus.
著者: Ivy Wang / Sandeep K Gupta / Guillaume Ems / Nadishka Jayawardena / Mike Strauss / Mihnea Bostina /
要旨: Enteroviruses (EVs) represent a substantial concern to global health. Here, we present the cryo-EM structure of a non-human enterovirus, EV-F4, isolated from the Australian brushtail possum to assess ...Enteroviruses (EVs) represent a substantial concern to global health. Here, we present the cryo-EM structure of a non-human enterovirus, EV-F4, isolated from the Australian brushtail possum to assess the structural diversity of these picornaviruses. The capsid structure, determined to ~3 Å resolution by single particle analysis, exhibits a largely smooth surface, similar to EV-F3 (formerly BEV-2). Although the cellular receptor is not known, the absence of charged residues on the outer surface of the canyon suggest a different receptor type than for EV-F3. Density for the pocket factor is clear, with the entrance to the pocket being smaller than for other enteroviruses.
履歴
登録2022年1月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月9日-
マップ公開2022年3月9日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0126
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0126
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7thx
  • 表面レベル: 0.0126
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7thx
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_25905.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25905.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1000 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Enterovirus EV-F4 - isolated from Bushtail Possum
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 640 pix.
= 548.48 Å		0.86 Å/pix.
x 640 pix.
= 548.48 Å		0.86 Å/pix.
x 640 pix.
= 548.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.857 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0126 / ムービー #1: 0.0126
最小 - 最大-0.041131806 - 0.0651316
平均 (標準偏差)-0.0001894789 (±0.0037278403)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-320-320-320
サイズ640640640
Spacing640640640
セルA=B=C: 548.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8570.8570.857
M x/y/z640640640
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z548.480548.480548.480
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-320-320-320
NC/NR/NS640640640
D min/max/mean-0.0410.065-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Enterovirus

全体名称: Enterovirus (エンテロウイルス)
要素
  • ウイルス: Possum enterovirus W6 (エンテロウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP2
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP3
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP4
  • リガンド: SPHINGOSINE
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: Possum enterovirus W6

超分子名称: Possum enterovirus W6 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 / NCBI-ID: 263532 / 生物種: Possum enterovirus W6 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Possum enterovirus W6 (エンテロウイルス)

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分子 #1: Capsid protein VP1

分子名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Possum enterovirus W6 (エンテロウイルス)
分子量理論値: 30.311832 KDa
配列文字列: GETGQLIKDT IKNTVENTVE STHSISTEAT PALQAAETGA TSNASDESMI ETRNVVNTHG VAETSLEGFY GRAGLVAMFT TEGGIRSWY INFGKYVQLR AKLELLTYAR FDVEFTIVAQ VVDEQAKVKD FNVDYQVMYV PPGASAPDGQ DSFQWQSSCN P SVISNTGL ...文字列:
GETGQLIKDT IKNTVENTVE STHSISTEAT PALQAAETGA TSNASDESMI ETRNVVNTHG VAETSLEGFY GRAGLVAMFT TEGGIRSWY INFGKYVQLR AKLELLTYAR FDVEFTIVAQ VVDEQAKVKD FNVDYQVMYV PPGASAPDGQ DSFQWQSSCN P SVISNTGL PPARVSVPFM SSANAYSFSY DGYIQFGDTS SSSYGILPIH YLGQLVVRTC EDLDSARLRV RIYAKPKHMR GW IPRSPRM RPYVSRFTGI YTDAPSFCVN RESITTAG

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分子 #2: Capsid protein VP2

分子名称: Capsid protein VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Possum enterovirus W6 (エンテロウイルス)
分子量理論値: 26.577887 KDa
配列文字列: SAEACGYSDR VAQLTLGNST ITTQEAANIV VAYGRWPSGL RDTDATAVDK PTQPGVSAER FYTLPSVQWT TSFTGHYWKL PDALSDLGL FGQNLQFHYL YRGGWAIHVQ CNATKFHQGT LLVVAVPEHK IQAQSNPSFG RTNPGEAGAA CQFPFTFEDG T ALGNALIY ...文字列:
SAEACGYSDR VAQLTLGNST ITTQEAANIV VAYGRWPSGL RDTDATAVDK PTQPGVSAER FYTLPSVQWT TSFTGHYWKL PDALSDLGL FGQNLQFHYL YRGGWAIHVQ CNATKFHQGT LLVVAVPEHK IQAQSNPSFG RTNPGEAGAA CQFPFTFEDG T ALGNALIY PHQWINLRTN NSATLVLPYV NAIPMDSGIK HNNWTLLVIP IVPLEYAVGA TTFVPITVTI APMCTEYNGL RA AVTQ

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分子 #3: Capsid protein VP3

分子名称: Capsid protein VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Possum enterovirus W6 (エンテロウイルス)
分子量理論値: 26.997758 KDa
配列文字列: GCPTLYTPGS GQFLTTDDFQ TPCMLPKFQP TPVIDIPGEV KNFLEVIQVE SLVEINNVSG VEGVARYRIP LNVQDAMDGQ IMAVRVDPG ADGPMQSTLL GVFTRYYTQW SGSLDFTFMF CGTFMTTGKV IIAYTPPGGD QPGSRQQAML GTHVVWDFGL Q SSITLVVP ...文字列:
GCPTLYTPGS GQFLTTDDFQ TPCMLPKFQP TPVIDIPGEV KNFLEVIQVE SLVEINNVSG VEGVARYRIP LNVQDAMDGQ IMAVRVDPG ADGPMQSTLL GVFTRYYTQW SGSLDFTFMF CGTFMTTGKV IIAYTPPGGD QPGSRQQAML GTHVVWDFGL Q SSITLVVP WISSGHFRGT SLDNTIYKYR YYEAGYITMW YQTNMVVPPN FPTEASILMF VAAQPNFSLR ILKDRPDITQ VA SLQ

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分子 #4: Capsid protein VP4

分子名称: Capsid protein VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Possum enterovirus W6 (エンテロウイルス)
分子量理論値: 7.63234 KDa
配列文字列:
MGAQLSKNTA GSHTTGTYAT GGSSIHYTNI NYYENAASNS LNKQDFTQDP DKFTRPVADI MKEAAVPLKS P

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分子 #5: SPHINGOSINE

分子名称: SPHINGOSINE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: SPH
分子量理論値: 299.492 Da
Chemical component information

ChemComp-SPH:
SPHINGOSINE

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分子 #6: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

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分子 #7: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 21 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 1.37 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

1hxs


詳細: filtered to 6nm
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 詳細: relion 3.1 / 使用した粒子像数: 9687
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5osn


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7thx:
Cryo-EM structure of W6 possum enterovirus

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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