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万見
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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2546
タイトルHelical reconstruction of ACAP1(BAR-PH domain) decorated membrane tubules by cryo-electron microscopy
マップデータReconstruction of the first class of BarPH with diameter of 43.2nm
試料
  • 試料: BARPH domain of ACAP1
  • タンパク質・ペプチド: BAR-PH domain of ArfGAP with coiled coil, ANK repeat and PH domain
キーワードACAP1 / BAR-PH domain / Electron microscopy / Membrane remodeling.
機能・相同性
機能・相同性情報


GTPase activator activity / recycling endosome membrane / protein transport / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
ArfGAP ACAP1/2/3-like / BAR domain of APPL family / Arf GTPase activating protein / ArfGAP domain superfamily / Putative GTPase activating protein for Arf / ARF GTPase-activating proteins domain profile. / Putative GTP-ase activating proteins for the small GTPase, ARF / ARFGAP/RecO-like zinc finger / BAR domain / AH/BAR domain superfamily ...ArfGAP ACAP1/2/3-like / BAR domain of APPL family / Arf GTPase activating protein / ArfGAP domain superfamily / Putative GTPase activating protein for Arf / ARF GTPase-activating proteins domain profile. / Putative GTP-ase activating proteins for the small GTPase, ARF / ARFGAP/RecO-like zinc finger / BAR domain / AH/BAR domain superfamily / AH/BAR domain superfamily / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Pleckstrin homology domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Arf-GAP with coiled-coil, ANK repeat and PH domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15.0 Å
データ登録者Pang XY / Fan J / Zhang Y / Zhang K / Gao BQ / Ma J / Li J / Deng YC / Zhou QJ / Hsu V / Sun F
引用ジャーナル: Dev Cell / 年: 2014
タイトル: A PH domain in ACAP1 possesses key features of the BAR domain in promoting membrane curvature.
著者: Xiaoyun Pang / Jun Fan / Yan Zhang / Kai Zhang / Bingquan Gao / Jun Ma / Jian Li / Yuchen Deng / Qiangjun Zhou / Edward H Egelman / Victor W Hsu / Fei Sun /
要旨: The BAR (Bin-Amphiphysin-Rvs) domain undergoes dimerization to produce a curved protein structure, which superimposes onto membrane through electrostatic interactions to sense and impart membrane ...The BAR (Bin-Amphiphysin-Rvs) domain undergoes dimerization to produce a curved protein structure, which superimposes onto membrane through electrostatic interactions to sense and impart membrane curvature. In some cases, a BAR domain also possesses an amphipathic helix that inserts into the membrane to induce curvature. ACAP1 (Arfgap with Coil coil, Ankyrin repeat, and PH domain protein 1) contains a BAR domain. Here, we show that this BAR domain can neither bind membrane nor impart curvature, but instead requires a neighboring PH (Pleckstrin Homology) domain to achieve these functions. Specific residues within the PH domain are responsible for both membrane binding and curvature generation. The BAR domain adjacent to the PH domain instead interacts with the BAR domains of neighboring ACAP1 proteins to enable clustering at the membrane. Thus, we have uncovered the molecular basis for an unexpected and unconventional collaboration between PH and BAR domains in membrane bending.
履歴
登録2014年1月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年1月15日-
マップ公開2014年10月15日-
更新2018年4月18日-
現状2018年4月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.002
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.002
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4ckg
  • 表面レベル: 0.002
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5h3d
  • 表面レベル: 0.002
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-4ckg
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5h3d
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2546-cls...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2546.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 29.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of the first class of BarPH with diameter of 43.2nm
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.6 Å/pix.
x 200 pix.
= 720. Å		3.6 Å/pix.
x 200 pix.
= 720. Å		3.6 Å/pix.
x 200 pix.
= 720. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.6 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00157 / ムービー #1: 0.002
最小 - 最大-0.07147177 - 0.070062
平均 (標準偏差)0.00068746 (±0.01151327)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-100-100-100
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 720.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.63.63.6
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z720.000720.000720.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-100-100-100
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0710.0700.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : BARPH domain of ACAP1

全体名称: BARPH domain of ACAP1
要素
  • 試料: BARPH domain of ACAP1
  • タンパク質・ペプチド: BAR-PH domain of ArfGAP with coiled coil, ANK repeat and PH domain

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超分子 #1000: BARPH domain of ACAP1

超分子名称: BARPH domain of ACAP1 / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: 4 mg/ml ACAP1(BAR-PH) protein was incubated with 2 mg/ml liposome of 200nm at room temperature for 60min.
集合状態: tetramer / Number unique components: 1
分子量実験値: 15.98 MDa / 理論値: 15.98 MDa / 手法: Theoretical computation

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分子 #1: BAR-PH domain of ArfGAP with coiled coil, ANK repeat and PH domain

分子名称: BAR-PH domain of ArfGAP with coiled coil, ANK repeat and PH domain
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: BAR-PH domain of ACAP1 / コピー数: 107 / 集合状態: dimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / Organelle: endosome / 細胞中の位置: Endosomal membrane
分子量実験値: 9.2 MDa / 理論値: 9.2 MDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3) / 組換プラスミド: PGEX-6P-1
配列UniProtKB: Arf-GAP with coiled-coil, ANK repeat and PH domain-containing protein 1
GO: recycling endosome membrane
InterPro: AH/BAR domain superfamily, Pleckstrin homology domain

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

濃度4 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 50mM HEPES, pH7.4, 100mM NaCl
グリッド詳細: 300-mesh GiG holy carbon grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 98 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
手法: The grid was blotted 3.0 s with a blot force 2 before plunging.
詳細4 mg/ml BARPH protein was incubated with 2mg/ml liposome of 200nm at room temperature for 60min.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 93 K / 最高: 103 K / 平均: 98 K
日付2012年7月16日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 259 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 32
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 125418 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダー: Liquid nitrogen
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were aligned using IHRSR
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 23.2 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 93 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C3 (3回回転対称)
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IHRSR
詳細: The particles were shrunk 4 times to improve the alignment accuracy. Final maps were calculated from the datasets generated by 6 filaments with diameter of 43.2nm.
CTF補正詳細: CTFFIND3
最終 角度割当詳細: The Euler angles were determined by the projection angle.

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4nsw


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B
ソフトウェア名称: Chimera plus manual docking
詳細The ACAP1 dimer was separately fitted by manual docking and optimized using Chimera. Other dimers were generated by applying helical symmetry to the fitted one.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: cross correlation
得られたモデル

PDB-4ckg:
Helical reconstruction of ACAP1(BAR-PH domain) decorated membrane tubules by cryo-electron microscopy

PDB-5h3d:
Helical structure of membrane tubules decorated by ACAP1 (BARPH doamin) protein by cryo-electron microscopy and MD simulation

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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