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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2491 | |||||||||
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タイトル | Recruitment Pathways in the Yeast Exosome by Electron Microscopy | |||||||||
![]() | Exosome with short ssRNA | |||||||||
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![]() | exosome / RNA degradation route | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å | |||||||||
![]() | Liu J-J / Bratkowski MA / Liu XQ / Niu C-Y / Ke AL / Wang H-W | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Visualization of distinct substrate-recruitment pathways in the yeast exosome by EM. 著者: Jun-Jie Liu / Matthew A Bratkowski / Xueqi Liu / Chu-Ya Niu / Ailong Ke / Hong-Wei Wang / ![]() ![]() 要旨: The eukaryotic exosome is a multisubunit complex typically composed of a catalytically inactive core and the Rrp44 protein, which contains 3'-to-5' exo- and endo-RNase activities. RNA substrates have ...The eukaryotic exosome is a multisubunit complex typically composed of a catalytically inactive core and the Rrp44 protein, which contains 3'-to-5' exo- and endo-RNase activities. RNA substrates have been shown to be recruited through the core to reach Rrp44's exo-RNase (EXO) site. Using single-particle EM and biochemical analysis, we provide visual evidence that two distinct substrate-recruitment pathways exist. In the through-core route, channeling of the single-stranded substrates from the core to Rrp44 induces a characteristic conformational change in Rrp44. In the alternative direct-access route, this conformational change does not take place, and the RNA substrate is visualized to avoid the core and enter Rrp44's EXO site directly. Our results provide mechanistic explanations for several RNA processing scenarios by the eukaryotic exosome and indicate substrate-specific modes of degradation by this complex. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 1.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.2 KB 16.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 64.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 219.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 218.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Exosome with short ssRNA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
+全体 : Rrp44-Exosome incubated with RNA08
+超分子 #1000: Rrp44-Exosome incubated with RNA08
+分子 #1: Rrp44
+分子 #2: Rrp43
+分子 #3: Rrp4
+分子 #4: Csl4
+分子 #5: Rrp45
+分子 #6: Rrp46-TAP
+分子 #7: Rrp41
+分子 #8: Rrp42
+分子 #9: Mtr3
+分子 #10: Rrp40
+分子 #11: RNA08
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.01 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 150mM NaCl, 50mM Tris-HCL,1mM DTT |
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: All samples were diluted at a final concentration of ~80 nM of the exosome in the non-digestive buffer and negatively stained in 2% (w/v) uranyl acetate solution following the standard deep ...詳細: All samples were diluted at a final concentration of ~80 nM of the exosome in the non-digestive buffer and negatively stained in 2% (w/v) uranyl acetate solution following the standard deep stain procedure on holey-carbon coated EM copper grids covered with a thin layer of continuous carbon |
グリッド | 詳細: 300 mesh continuous carbon |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: FEI |
日付 | 2012年9月10日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN (4k x 4k) 実像数: 300 / 平均電子線量: 30 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
詳細 | Briefly, we performed iterative multi-variant statistical analysis (MSA) and multi-reference alignment (MRA) cycles on the particle stacks using IMAGIC-4D to obtain 2D class averages as described previously36. We performed 3D reconstruction of all the samples using projection-matching refinement of particle stacks against the same initial model of apo-RE (EMD1439) low-pass filtered to 70 A in SPIDER39 as described previously36. The resolution of final reconstruction was estimated using Fourier Shell Correlation (FSC) algorithm at a criteria of 0.5 |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 30000 |
最終 角度割当 | 詳細: SPIDER: theta 90 degrees, phi 359.9 degrees |
最終 2次元分類 | クラス数: 600 |