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- EMDB-23640: Cryo-EM structure of the HCMV pentamer bound by antibodies 1-103,... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23640
タイトルCryo-EM structure of the HCMV pentamer bound by antibodies 1-103, 1-32 and 2-25
マップデータFocused refinement calculated in cryoSPARC and sharpened using DeepEMhancer.
試料
  • 複合体: Quaternary complex of the HCMV pentamer bound by Fabs 1-103, 1-32, and 2-25
    • 複合体: HCMV pentamer
      • タンパク質・ペプチド: x 4種
    • 複合体: 2-25 Fab
      • タンパク質・ペプチド: x 2種
    • 複合体: 1-32 Fab
      • タンパク質・ペプチド: x 2種
    • 複合体: 1-103 Fab
      • タンパク質・ペプチド: x 2種
  • リガンド: x 1種
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi apparatus / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus UL130, cytomegalovirus / HCMV glycoprotein pUL130 / Cytomegalovirus glycoprotein L / Cytomegalovirus glycoprotein L
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein UL130 / UL128 / Envelope glycoprotein L / UL131A
類似検索 - 構成要素
生物種Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス) / Homo sapiens (ヒト) / Human cytomegalovirus (ヘルペスウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.81 Å
データ登録者Wrapp D / McLellan JS
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Structural basis for HCMV Pentamer recognition by neuropilin 2 and neutralizing antibodies.
著者: Daniel Wrapp / Xiaohua Ye / Zhiqiang Ku / Hang Su / Harrison G Jones / Nianshuang Wang / Akaash K Mishra / Daniel C Freed / Fengsheng Li / Aimin Tang / Leike Li / Dabbu Kumar Jaijyan / Hua ...著者: Daniel Wrapp / Xiaohua Ye / Zhiqiang Ku / Hang Su / Harrison G Jones / Nianshuang Wang / Akaash K Mishra / Daniel C Freed / Fengsheng Li / Aimin Tang / Leike Li / Dabbu Kumar Jaijyan / Hua Zhu / Dai Wang / Tong-Ming Fu / Ningyan Zhang / Zhiqiang An / Jason S McLellan /
要旨: Human cytomegalovirus (HCMV) encodes multiple surface glycoprotein complexes to infect a variety of cell types. The HCMV Pentamer, composed of gH, gL, UL128, UL130, and UL131A, enhances entry into ...Human cytomegalovirus (HCMV) encodes multiple surface glycoprotein complexes to infect a variety of cell types. The HCMV Pentamer, composed of gH, gL, UL128, UL130, and UL131A, enhances entry into epithelial, endothelial, and myeloid cells by interacting with the cell surface receptor neuropilin 2 (NRP2). Despite the critical nature of this interaction, the molecular determinants that govern NRP2 recognition remain unclear. Here, we describe the cryo-EM structure of NRP2 bound to Pentamer. The high-affinity interaction between these proteins is calcium dependent and differs from the canonical carboxyl-terminal arginine (CendR) binding that NRP2 typically uses. We also determine the structures of four neutralizing human antibodies bound to the HCMV Pentamer to define susceptible epitopes. Two of these antibodies compete with NRP2 binding, but the two most potent antibodies recognize a previously unidentified epitope that does not overlap the NRP2-binding site. Collectively, these findings provide a structural basis for HCMV tropism and antibody-mediated neutralization.
履歴
登録2021年3月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年8月11日-
マップ公開2021年8月11日-
更新2022年3月23日-
現状2022年3月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.476
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.476
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7m30
  • 表面レベル: 0.476
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7m30
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23640.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23640.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Focused refinement calculated in cryoSPARC and sharpened using DeepEMhancer.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.075 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.476 / ムービー #1: 0.476
最小 - 最大-0.0007849878 - 3.054172
平均 (標準偏差)0.0007653058 (±0.021013975)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ432432432
Spacing432432432
セルA=B=C: 464.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0751.0751.075
M x/y/z432432432
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z464.400464.400464.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS432432432
D min/max/mean-0.0013.0540.001

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添付データ

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追加マップ: Full map that was later subjected to focused...

ファイルemd_23640_additional_1.map
注釈Full map that was later subjected to focused refinement to calculate the primary map. Calculated in cryoSPARC and sharpened using DeepEMhancer.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A.

ファイルemd_23640_half_map_1.map
注釈Half map A.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B.

ファイルemd_23640_half_map_2.map
注釈Half map B.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Quaternary complex of the HCMV pentamer bound by Fabs 1-103, 1-32...

全体名称: Quaternary complex of the HCMV pentamer bound by Fabs 1-103, 1-32, and 2-25
要素
  • 複合体: Quaternary complex of the HCMV pentamer bound by Fabs 1-103, 1-32, and 2-25
    • 複合体: HCMV pentamer
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein L
      • タンパク質・ペプチド: Envelope protein UL128
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein UL130
      • タンパク質・ペプチド: UL131A
    • 複合体: 2-25 Fab
      • タンパク質・ペプチド: 2-25 Fab Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: 2-25 Fab Light Chain
    • 複合体: 1-32 Fab
      • タンパク質・ペプチド: 1-32 Fab Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: 1-32 Fab Light Chain
    • 複合体: 1-103 Fab
      • タンパク質・ペプチド: 1-103 Fab Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: 1-103 Fab Light Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Quaternary complex of the HCMV pentamer bound by Fabs 1-103, 1-32...

超分子名称: Quaternary complex of the HCMV pentamer bound by Fabs 1-103, 1-32, and 2-25
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10
分子量実験値: 310 KDa

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超分子 #2: HCMV pentamer

超分子名称: HCMV pentamer / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: 2-25 Fab

超分子名称: 2-25 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #4: 1-32 Fab

超分子名称: 1-32 Fab / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #7-#8
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #5: 1-103 Fab

超分子名称: 1-103 Fab / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #9-#10
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Envelope glycoprotein L

分子名称: Envelope glycoprotein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human cytomegalovirus (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 27.664645 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: VAVSVAPTAA EKVPAECPEL TRRCLLGEVF QGDKYESWLR PLVNVTRRDG PLSQLIRYRP VTPEAANSVL LDDAFLDTLA LLYNNPDQL RALLTLLSSD TAPRWMTVMR GYSECGDGSP AVYTCVDDLC RGYDLTRLSY GRSIFTEHVL GFELVPPSLF N VVVAIRNE ...文字列:
VAVSVAPTAA EKVPAECPEL TRRCLLGEVF QGDKYESWLR PLVNVTRRDG PLSQLIRYRP VTPEAANSVL LDDAFLDTLA LLYNNPDQL RALLTLLSSD TAPRWMTVMR GYSECGDGSP AVYTCVDDLC RGYDLTRLSY GRSIFTEHVL GFELVPPSLF N VVVAIRNE ATRTNRAVRL PVSTAAAPEG ITLFYGLYNA VKEFCLRHQL DPPLLRHLDK YYAGLPPELK QTRVNLPAHS RY GPQAVDA R

+
分子 #2: Envelope protein UL128

分子名称: Envelope protein UL128 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human cytomegalovirus (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 16.684299 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EECCEFINVN HPPERCYDFK MCNRFTVALR CPDGEVCYSP EKTAEIRGIV TTMTHSLTRQ VVHNKLTSCN YNPLYLEADG RIRCGKVND KAQYLLGAAG SVPYRWINLE YDKITRIVGL DQYLESVKKH KRLDVCRAKM GYMLQ

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分子 #3: Envelope glycoprotein UL130

分子名称: Envelope glycoprotein UL130 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human cytomegalovirus (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 21.761678 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SPWSTLTANQ NPSPPWSKLT YSKPHDAATF YCPFLYPSPP RSPLQFSGFQ QVSTGPECRN ETLYLLYNRE GQTLVERSST WVKKVIWYL SGRNQTILQR MPQTASKPSD GNVQISVEDA KIFGAHMVPK QTKLLRFVVN DGTRYQMCVM KLESWAHVFR D YSVSFQVR ...文字列:
SPWSTLTANQ NPSPPWSKLT YSKPHDAATF YCPFLYPSPP RSPLQFSGFQ QVSTGPECRN ETLYLLYNRE GQTLVERSST WVKKVIWYL SGRNQTILQR MPQTASKPSD GNVQISVEDA KIFGAHMVPK QTKLLRFVVN DGTRYQMCVM KLESWAHVFR D YSVSFQVR LTFTEANNQT YTFCTHPNLI V

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分子 #4: UL131A

分子名称: UL131A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human cytomegalovirus (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 13.005457 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QCQRETAEKN DYYRVPHYWD ACSRALPDQT RYKYVEQLVD LTLNYHYDAS HGLDNFDVLK RINVTEVSLL ISDFRRQNRR GGTNKRTTF NAAGSLAPHA RSLEFSVRLF AN

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分子 #5: 2-25 Fab Heavy Chain

分子名称: 2-25 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.206262 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVESGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT NYAIHWVRQA PGQRLEWMGW INAGRGNTKY SQKFQGRVTI TRDTSASTAY MELSSLRSE DAAVYFCARD ESTGDYYYYM DVWGKGTTVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL ...文字列:
QVQLVESGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT NYAIHWVRQA PGQRLEWMGW INAGRGNTKY SQKFQGRVTI TRDTSASTAY MELSSLRSE DAAVYFCARD ESTGDYYYYM DVWGKGTTVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK KVEPKSCDKG LEVLFQ

+
分子 #6: 2-25 Fab Light Chain

分子名称: 2-25 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.723951 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SYELTQPPSV SVSPGQTASI TCSGDRLDDK YASWYQQKAG QSPVLVIYQD NKRPSGIPER FSGSNSGNTA TLTISGTQAM DEADYYCQA WDSDTYVFGT GTKVTVLGQP KAAPSVTLFP PSSEELQANK ATLVCLISDF YPGAVTVAWK ADSSPVKAGV E TTTPSKQS ...文字列:
SYELTQPPSV SVSPGQTASI TCSGDRLDDK YASWYQQKAG QSPVLVIYQD NKRPSGIPER FSGSNSGNTA TLTISGTQAM DEADYYCQA WDSDTYVFGT GTKVTVLGQP KAAPSVTLFP PSSEELQANK ATLVCLISDF YPGAVTVAWK ADSSPVKAGV E TTTPSKQS NNKYAASSYL SLTPEQWKSH KSYSCQVTHE GSTVEKTVAP TECS

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分子 #7: 1-32 Fab Heavy Chain

分子名称: 1-32 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.082371 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVKLVESGGG VVQPGRSLRL SCAGSGFAFD NYAMHWVRQA PGKGLEWVAV ISLEGRNKYY AGPAKGRFSI SRDNSRNTVH LQMNSLRPE DTAVYFCARD MRYYYDSNGH YRNRYGMDVW GQGTTVIVSS ASTKGPSVFP LAPSSKSTSG GTAALGCLVK D YFPEPVTV ...文字列:
QVKLVESGGG VVQPGRSLRL SCAGSGFAFD NYAMHWVRQA PGKGLEWVAV ISLEGRNKYY AGPAKGRFSI SRDNSRNTVH LQMNSLRPE DTAVYFCARD MRYYYDSNGH YRNRYGMDVW GQGTTVIVSS ASTKGPSVFP LAPSSKSTSG GTAALGCLVK D YFPEPVTV SWNSGALTSG VHTFPAVLQS SGLYSLSSVV TVPSSSLGTQ TYICNVNHKP SNTKVDKKVE PKSCDKGLEV LF Q

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分子 #8: 1-32 Fab Light Chain

分子名称: 1-32 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.319729 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDSVT ITCQASQDIN QFVSWYQQKP GKPPKLLIYD ASNLESGVPS RFSGSGSGTH FTFTISSLQP DDIATYYCQ QYENLFTFGP GTKVDIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK ...文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDSVT ITCQASQDIN QFVSWYQQKP GKPPKLLIYD ASNLESGVPS RFSGSGSGTH FTFTISSLQP DDIATYYCQ QYENLFTFGP GTKVDIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK DSTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLSSPVTKSF NRGEC

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分子 #9: 1-103 Fab Heavy Chain

分子名称: 1-103 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.679629 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QLQLQESGPG LVKPSETLSL TCSVSGDAIS GSNYYWGWIR QPPGKGLQWI GSIYHTGSTF YNPSFSSRVT LSVDTSKNQF SLKLISVNA ADTAVYYCAR RIRGYSGTYD WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS ...文字列:
QLQLQESGPG LVKPSETLSL TCSVSGDAIS GSNYYWGWIR QPPGKGLQWI GSIYHTGSTF YNPSFSSRVT LSVDTSKNQF SLKLISVNA ADTAVYYCAR RIRGYSGTYD WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKKV EPKSCDKGLE VLFQ

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分子 #10: 1-103 Fab Light Chain

分子名称: 1-103 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.839244 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQLTQSPSF LSASVGDRVT ITCRASQDIS SYVAWYQQKP GNAPKLLISS ASTLPSGVPS RFSGSRSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QLNNFGPGTT VDIKRTVAAP SVFIFPPSDE QLKSGTASVV CLLNNFYPRE AKVQWKVDNA LQSGNSQESV T EQDSKDST ...文字列:
DIQLTQSPSF LSASVGDRVT ITCRASQDIS SYVAWYQQKP GNAPKLLISS ASTLPSGVPS RFSGSRSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QLNNFGPGTT VDIKRTVAAP SVFIFPPSDE QLKSGTASVV CLLNNFYPRE AKVQWKVDNA LQSGNSQESV T EQDSKDST YSLSSTLTLS KADYEKHKVY ACEVTHQGLS SPVTKSFNRG EC

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分子 #11: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
2.0 mMC4H11NO3Tris
200.0 mMNaClsodium chloride
0.02 %NaN3sodium azide
0.01 %(C6.2H10.3O1.35N0.65)35amphipol A8-35
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Blotted for six seconds with a force of "1" before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 36.0 e/Å2
詳細: Collected from a single grid at a mixture of 0 degrees tilt and -30 degrees tilt
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 834092
CTF補正ソフトウェア - 名称: Warp
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.81 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 198946
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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