PDB-5kor: Arabidopsis thaliana fucosyltransferase 1 (FUT1) in complex with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5kor

タイトル

Arabidopsis thaliana fucosyltransferase 1 (FUT1) in complex with GDP and a xylo-oligossacharide

要素

Galactoside 2-alpha-L-fucosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / fucosyltransferase / complex / XLLG

機能・相同性

機能・相同性情報

galactoside 2-alpha-L-fucosyltransferase activity / xyloglucan biosynthetic process / fucosyltransferase activity / cell wall biogenesis / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / Golgi medial cisterna / Golgi cisterna membrane / cell wall organization / Golgi membrane / Golgi apparatus / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Rocha, J. / de Sanctis, D. / Breton, C.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Plant Cell / 年: 2016
タイトル: Structure of Arabidopsis thaliana FUT1 Reveals a Variant of the GT-B Class Fold and Provides Insight into Xyloglucan Fucosylation.
著者: Rocha, J. / Ciceron, F. / de Sanctis, D. / Lelimousin, M. / Chazalet, V. / Lerouxel, O. / Breton, C.

履歴

登録	2016年7月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月23日	Group: Database references
改定 1.2	2018年10月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: citation_author / entity / entity_src_gen Item: _citation_author.identifier_ORCID / _entity.formula_weight ..._citation_author.identifier_ORCID / _entity.formula_weight / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb5kor.ent.gz	620.1 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5kor_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5kor_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	5kor_validation.xml.gz	71 KB	表示
CIF形式データ	5kor_validation.cif.gz	99.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ko/5kor ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ko/5kor	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5kopSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5kx6-3 6i04-1 5wnh-1 2783 3g7w-2 6gv1-d 5koe-5 6csf-1 5wnf-2 3tku-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Galactoside 2-alpha-L-fucosyltransferase

B: Galactoside 2-alpha-L-fucosyltransferase

C: Galactoside 2-alpha-L-fucosyltransferase

D: Galactoside 2-alpha-L-fucosyltransferase

ヘテロ分子

243 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Galactoside 2-alpha-L-fucosyltransferase

B: Galactoside 2-alpha-L-fucosyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
121 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Galactoside 2-alpha-L-fucosyltransferase

D: Galactoside 2-alpha-L-fucosyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
122 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.975, 85.806, 150.723
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.19, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 ABCD

#1: タンパク質

Galactoside 2-alpha-L-fucosyltransferase / Xyloglucan alpha-(1 / 2)-fucosyltransferase / AtFUT1

分子量: 59390.199 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP Residues 69-558 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: FUT1, FT1, MUR2, At2g03220, T18E12.11 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9SWH5, EC: 2.4.1.69

#2: 多糖

alpha-D-xylopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-D-galactopyranose-(1-2)-alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1387.204 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DXylpa1-6DGlcpb1-4[DGalpb1-2DXylpa1-6]DGlcpb1-4[DGalpb1-2DXylpa1-6]DGlcpb1-4DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,9,8/[a2122h-1b_1-5][a212h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-1-1-1-2-2-3-2-3/a4-b1_b4-c1_b6-h1_c4-d1_c6-f1_d6-e1_f2-g1_h2-i1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Xylp]{}}[(6+1)][a-D-Xylp]{[(2+1)][b-D-Galp]{}}}[(6+1)][a-D-Xylp]{[(2+1)][b-D-Galp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 627分子

#3: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 606 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: HEPES, PEG 8000, sodium chloride / PH範囲: 7.2-7.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87257 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87257 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→49.28 Å / Num. obs: 113138 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.4 % / R_sym value: 0.106 / Net I/σ(I): 8.3
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / R_sym value: 0.554 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5KOP

5kop

解像度: 2.2→39.678 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 22.73

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2149	11116	5.01 %
R_work	0.179	-	-
obs	0.1807	113088	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→39.678 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14476	0	359	606	15441

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	15379
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.097	20900
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.908	9094
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.171	2261
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	2598

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.225	0.2896	408	0.2722	6855	X-RAY DIFFRACTION	100
2.225-2.2512	0.2987	355	0.2651	7126	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2512-2.2786	0.3294	405	0.2535	6966	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2786-2.3075	0.2894	390	0.2544	7017	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3075-2.3378	0.3129	375	0.2543	6943	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3378-2.3699	0.278	376	0.2461	7097	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3699-2.4037	0.2788	427	0.239	6986	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4037-2.4396	0.2797	370	0.2378	7041	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4396-2.4777	0.2881	366	0.2296	6998	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4777-2.5183	0.2513	332	0.2253	7122	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5183-2.5617	0.2398	375	0.2158	6961	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5617-2.6083	0.2586	393	0.2144	7075	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6083-2.6585	0.2418	349	0.2163	7014	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6585-2.7127	0.2438	396	0.2121	6967	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7127-2.7717	0.2438	406	0.209	7041	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7717-2.8361	0.2507	369	0.2057	7095	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8361-2.907	0.2497	421	0.2039	6889	X-RAY DIFFRACTION	100
2.907-2.9856	0.2243	380	0.1887	7054	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9856-3.0734	0.2232	327	0.1874	7130	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0734-3.1726	0.2064	347	0.1806	7034	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1726-3.2859	0.2214	352	0.1801	7021	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2859-3.4174	0.2269	376	0.1685	7071	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4174-3.5729	0.1962	356	0.1585	7022	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5729-3.7611	0.2034	315	0.1539	7070	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7611-3.9965	0.154	397	0.1379	7028	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9965-4.3048	0.1691	331	0.1297	7078	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3048-4.7374	0.1578	365	0.1309	7035	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7374-5.4214	0.1652	368	0.1388	7040	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4214-6.8247	0.1963	360	0.1605	7041	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8247-39.6841	0.1714	329	0.158	7040	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2245	-0.0444	-0.3109	0.9136	0.2297	3.0926	0.0339	-0.2152	0.1469	0.0343	0.0265	-0.066	-0.0065	0.4086	0.0037	0.2635	0.0437	0.0172	0.2442	-0.0118	0.2275	5.4786	-22.9601	78.281
2	2.8465	-0.4607	0.7459	0.3212	-0.0349	1.795	0.0779	0.2937	0.134	-0.093	-0.0695	0.0272	0.0756	0.1192	-0.0019	0.2818	0.034	0.0224	0.1864	-0.0146	0.2692	-7.5069	-25.6012	54.6166
3	2.5599	0.2849	0.7911	1.7224	0.0209	1.9314	-0.0231	0.374	0.0338	-0.2075	0.0199	0.0323	0.0561	-0.0968	0.0036	0.2522	-0.0803	0.0162	0.2435	-0.0372	0.2447	-57.5172	-21.9559	28.7778
4	2.8566	0.0555	1.1303	0.3889	0.0075	1.7242	0.0006	-0.3517	0.1774	0.0536	-0.0362	-0.0401	-0.0236	-0.0904	-0.0094	0.2575	-0.0621	0.0121	0.2209	-0.0369	0.25	-44.1375	-18.8691	52.7633
5	1.8576	0.685	-0.1221	1.305	0.0731	1.6564	0.1689	-0.1626	-0.0794	0.2298	-0.0794	-0.0918	-0.0363	0.1214	0.0046	0.2494	-0.0318	-0.0175	0.1665	0.025	0.2121	4.9732	26.9749	47.0062
6	2.5395	0.5989	0.7746	0.4807	0.2868	1.0208	-0.0022	0.3822	0.0323	-0.0532	0.0652	0.0053	-0.0527	0.0239	0.0008	0.2264	-0.0131	0.0172	0.2261	-0.014	0.2197	-7.9132	24.3209	22.963
7	2.6543	0.4207	0.0665	1.1746	0.131	2.6387	0.0664	0.6514	0.0699	-0.1555	-0.0011	0.0704	-0.0892	-0.2442	0.0001	0.251	-0.0056	-0.0025	0.3891	-0.039	0.2512	-57.7148	14.7996	-1.6079
8	3.2249	0.437	0.8286	0.4779	0.1101	1.4638	0.0877	-0.3293	0.1263	0.0807	-0.109	0.0166	-0.059	-0.1111	0.0007	0.2421	-0.0504	0.0124	0.2251	-0.0314	0.2428	-44.6624	17.2809	22.587

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 92 through 323 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 324 through 558 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 95 through 323 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 324 through 558 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 94 through 323 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 324 through 558 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 94 through 323 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 324 through 558 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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