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- EMDB-23543: cryoEM structure DrdV-DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23543
タイトルcryoEM structure DrdV-DNA complex
マップデータDrdVDNA complex dimer map from Glacios
試料
  • 複合体: DrdVDNA complex
    • タンパク質・ペプチド: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
    • DNA: DNA (28-MER)
    • DNA: DNA (27-MER)
  • リガンド: S-ADENOSYLMETHIONINE
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードinhibitor / Complex / endonuclease / methyl transferase / TypeIIL RM system / HYDROLASE / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


N-methyltransferase activity / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / endonuclease activity / methylation / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Type ISP restriction-modification enzyme LLaBIII, C-terminal specificity domain / : / Type ISP C-terminal specificity domain / Type ISP restriction-modification enzyme, coupler domain / N-6 DNA Methylase / DNA methylase, adenine-specific / : / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus wulumuqiensis (バクテリア) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Shen BW / Stoddard BL
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM105691 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: Coordination of phage genome degradation versus host genome protection by a bifunctional restriction-modification enzyme visualized by CryoEM.
著者: Betty W Shen / Joel D Quispe / Yvette Luyten / Benjamin E McGough / Richard D Morgan / Barry L Stoddard /
要旨: Restriction enzymes that combine methylation and cleavage into a single assemblage and modify one DNA strand are capable of efficient adaptation toward novel targets. However, they must reliably ...Restriction enzymes that combine methylation and cleavage into a single assemblage and modify one DNA strand are capable of efficient adaptation toward novel targets. However, they must reliably cleave invasive DNA and methylate newly replicated unmodified host sites. One possible solution is to enforce a competition between slow methylation at a single unmodified host target, versus faster cleavage that requires multiple unmodified target sites in foreign DNA to be brought together in a reaction synapse. To examine this model, we have determined the catalytic behavior of a bifunctional type IIL restriction-modification enzyme and determined its structure, via cryoelectron microscopy, at several different stages of assembly and coordination with bound DNA targets. The structures demonstrate a mechanism in which an initial dimer is formed between two DNA-bound enzyme molecules, positioning the endonuclease domain from each enzyme against the other's DNA and requiring further additional DNA-bound enzyme molecules to enable cleavage.
履歴
登録2021年2月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月17日-
マップ公開2021年3月17日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.375
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.375
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7lvv
  • 表面レベル: 0.375
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23543.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23543.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈DrdVDNA complex dimer map from Glacios
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.16 Å/pix.
x 400 pix.
= 464. Å		1.16 Å/pix.
x 400 pix.
= 464. Å		1.16 Å/pix.
x 400 pix.
= 464. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.16 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.375 / ムービー #1: 0.375
最小 - 最大-0.7445625 - 2.2025354
平均 (標準偏差)0.00035449766 (±0.05004532)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 464.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.161.161.16
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z464.000464.000464.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.7452.2030.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : DrdVDNA complex

全体名称: DrdVDNA complex
要素
  • 複合体: DrdVDNA complex
    • タンパク質・ペプチド: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
    • DNA: DNA (28-MER)
    • DNA: DNA (27-MER)
  • リガンド: S-ADENOSYLMETHIONINE
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: DrdVDNA complex

超分子名称: DrdVDNA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 / 詳細: dimer of DrdVDNA complex
由来(天然)生物種: Deinococcus wulumuqiensis (バクテリア)
分子量理論値: 0.24 kDa/nm

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分子 #1: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

分子名称: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
EC番号: site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
由来(天然)生物種: Deinococcus wulumuqiensis (バクテリア)
分子量理論値: 118.256859 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSLQLVKKFQ KRLEDIVAYG GTRNESSVRA AFQQLLSDWA EGSGLRLITE VTQKAVAGNN VRPDGTLKDS LQQSRGYWES KDEADTLDD EIQKKLAKGY PRDNIIFEDS RLAVLMQNGE EVQRVDMGDA GALAGLLKLF FEFEPPQVLE FRKAVDHFKD E MPHLLKIL ...文字列:
MSLQLVKKFQ KRLEDIVAYG GTRNESSVRA AFQQLLSDWA EGSGLRLITE VTQKAVAGNN VRPDGTLKDS LQQSRGYWES KDEADTLDD EIQKKLAKGY PRDNIIFEDS RLAVLMQNGE EVQRVDMGDA GALAGLLKLF FEFEPPQVLE FRKAVDHFKD E MPHLLKIL REAADAAEQK ADYRGERDHF VEIAKEAINP DFSPRDAREM LIQHILTGDL FTSVFDNAQY HEDNNIAQQL QQ LAATFYK GPVKRDIAER TKRYYGAIQA AAAQIADHHE KQRFLKALYE NFYRAYNPAG AERLGIFYTP GEIVRFMIEA TDT LLEKHF QKELADKGVE ILDPATGTGT FITELIDFLP KAKLEQKYRE ELHCNELALL PYYIANLNIE ATYAQKMGRY EEFR NIVLV DTLDNTGFGV HGQQSGLFGS VTAENLERAK RQNARPVRVI IGNPPYRANQ ANENDNNKNR EYKEIDRRIK ATYVA ASTA QKTKLYDMYS RFLRWATDRL KEDGIVAFVS NSSFIDSRTF DGFRKEVVKD FDHIYILDMK GNANTSGERR KREGGN VFN DQIKVGVAVY FLVRSAAGKR KSKDTKIWYH AVPDFWRARE KLEWLKTTKF EDIEFDHIRP DAKHNWLGQV DEENDWN EF LPVADKDTKQ AKGLGQERAI FKLYSLGVVT NRDEWVYSRA EDELADKVRY FIGRYNEIIK LPLGDLMSRN WEGDIKMT R ATIADAQSRK SYSLEKNSIV PSLYRPFDVL KMYFSKNLNE MQYQMPSIFP KGVGENVVIA LSGSPAAKPF QVLATDILP SLDLLEKTQC LPFYRYTMNG ERLNNITDYA LKAFQTHYAD TSISREDIFH YVYAVLHHPA YREKYALNLR QEFPRIPFYP EFGRWAAWG RELMALHIGF ESVAPYPLKR TDEPPKNDTP EALALAKKAR LKVQRDAAKQ PTGAVELDGL TTLAGIPAAA W AYKLGNRS ALEWVLERHK ETTPKDATIR EKFNTYRFAD HKERVIDLLA RVTTVSVETV RIVGEMPAET M

UniProtKB: site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

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分子 #2: DNA (28-MER)

分子名称: DNA (28-MER) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 8.748646 KDa
配列文字列:
(DC)(DA)(DG)(DC)(DC)(DC)(DA)(DT)(DG)(DG) (DA)(DC)(DC)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DC)(DC) (DA)(DC)(DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DC)(DG)

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分子 #3: DNA (27-MER)

分子名称: DNA (27-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 9.085788 KDa
配列文字列:
(DG)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG) (DT)(DT)(DC)(DT)(DG)(DG)(DG)(DT)(DC)(DC) (DA)(DT)(DG)(DG)(DG)(DC)(DT)(DG)(DC)

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分子 #4: S-ADENOSYLMETHIONINE

分子名称: S-ADENOSYLMETHIONINE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: SAM
分子量理論値: 398.437 Da
Chemical component information

ChemComp-SAM:
S-ADENOSYLMETHIONINE

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分子 #5: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.25 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 構成要素:
濃度式
20.0 mMHEPES
150.0 mMNaCL
/ 詳細: 20 nM HEPES pH7.5 150 NaCl, 2 mM CaCl2
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 気圧: 0.015 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
温度最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 1200 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
詳細: images were collected in movie-mode at 5 frames per second
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 37000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 224095
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Phyre2 model of MTase-TRD domain was used as template.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1.0) / 使用した粒子像数: 34554
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1.0) / ソフトウェア - 詳細: ab-initio 3D reconstruction
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1.0)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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