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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23152 | |||||||||
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タイトル | Cryo-electron microscopy reconstruction of antibody DH898.1 Fab-dimer bound to glycans 332, 392, and 396 of HIV Env CH848 10.17 SOSIP trimer | |||||||||
![]() | Final sharpened, locally filtered, map of antibody DH898.1 Fab-dimer bound to glycans 332, 392, and 396 of HIV Env CH848 10.17 SOSIP trimer | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.1 Å | |||||||||
![]() | Edwards RJ / Acharya P | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Fab-dimerized glycan-reactive antibodies are a structural category of natural antibodies. 著者: Wilton B Williams / R Ryan Meyerhoff / R J Edwards / Hui Li / Kartik Manne / Nathan I Nicely / Rory Henderson / Ye Zhou / Katarzyna Janowska / Katayoun Mansouri / Sophie Gobeil / Tyler ...著者: Wilton B Williams / R Ryan Meyerhoff / R J Edwards / Hui Li / Kartik Manne / Nathan I Nicely / Rory Henderson / Ye Zhou / Katarzyna Janowska / Katayoun Mansouri / Sophie Gobeil / Tyler Evangelous / Bhavna Hora / Madison Berry / A Yousef Abuahmad / Jordan Sprenz / Margaret Deyton / Victoria Stalls / Megan Kopp / Allen L Hsu / Mario J Borgnia / Guillaume B E Stewart-Jones / Matthew S Lee / Naomi Bronkema / M Anthony Moody / Kevin Wiehe / Todd Bradley / S Munir Alam / Robert J Parks / Andrew Foulger / Thomas Oguin / Gregory D Sempowski / Mattia Bonsignori / Celia C LaBranche / David C Montefiori / Michael Seaman / Sampa Santra / John Perfect / Joseph R Francica / Geoffrey M Lynn / Baptiste Aussedat / William E Walkowicz / Richard Laga / Garnett Kelsoe / Kevin O Saunders / Daniela Fera / Peter D Kwong / Robert A Seder / Alberto Bartesaghi / George M Shaw / Priyamvada Acharya / Barton F Haynes / ![]() ![]() 要旨: Natural antibodies (Abs) can target host glycans on the surface of pathogens. We studied the evolution of glycan-reactive B cells of rhesus macaques and humans using glycosylated HIV-1 envelope (Env) ...Natural antibodies (Abs) can target host glycans on the surface of pathogens. We studied the evolution of glycan-reactive B cells of rhesus macaques and humans using glycosylated HIV-1 envelope (Env) as a model antigen. 2G12 is a broadly neutralizing Ab (bnAb) that targets a conserved glycan patch on Env of geographically diverse HIV-1 strains using a unique heavy-chain (V) domain-swapped architecture that results in fragment antigen-binding (Fab) dimerization. Here, we describe HIV-1 Env Fab-dimerized glycan (FDG)-reactive bnAbs without V-swapped domains from simian-human immunodeficiency virus (SHIV)-infected macaques. FDG Abs also recognized cell-surface glycans on diverse pathogens, including yeast and severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) spike. FDG precursors were expanded by glycan-bearing immunogens in macaques and were abundant in HIV-1-naive humans. Moreover, FDG precursors were predominately mutated IgMIgDCD27, thus suggesting that they originated from a pool of antigen-experienced IgM or marginal zone B cells. #1: ![]() タイトル: Fab-dimerized glycan-reactive antibodies neutralize HIV and are prevalent in humans and rhesus macaques 著者: Williams WB / Meyerhoff RR / Edwards RJ / Li H / Nicely NI / Henderson R / Zhou Y / Janowska K / Mansouri K / Manne K / Stalls V / Hsu AL / Borgnia MJ / Stewart-Jones G / Lee MS / Bronkema N ...著者: Williams WB / Meyerhoff RR / Edwards RJ / Li H / Nicely NI / Henderson R / Zhou Y / Janowska K / Mansouri K / Manne K / Stalls V / Hsu AL / Borgnia MJ / Stewart-Jones G / Lee MS / Bronkema N / Perfect J / Moody MA / Wiehe K / Bradley T / Kepler TB / Alam SM / Foulger A / Bonsignori M / LaBranche CC / Montefiori DC / Seaman M / Santra S / Francica JR / Lynn GM / Aussedat B / Walkowicz WE / Laga R / Kelso G / Saunders KO / Fera D / Kwong PD / Seder RA / Bartesaghi A / Shaw GM / Acharya P / Haynes BF | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 6.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 33.1 KB 33.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 11.2 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 158.7 KB | ||
マスクデータ | ![]() ![]() | 125 MB 125 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() | 61.4 MB 6.1 MB 116 MB 116 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | Final sharpened, locally filtered, map of antibody DH898.1 Fab-dimer bound to glycans 332, 392, and 396 of HIV Env CH848 10.17 SOSIP trimer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0665 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-マスク #2
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unmodified final map of antibody DH898.1 Fab-dimer bound...
ファイル | emd_23152_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unmodified final map of antibody DH898.1 Fab-dimer bound to glycans 332, 392, and 396 of HIV Env CH848 10.17 SOSIP trimer | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Local resolution of final map of antibody DH898.1...
ファイル | emd_23152_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Local resolution of final map of antibody DH898.1 Fab-dimer bound to glycans 332, 392, and 396 of HIV Env CH848 10.17 SOSIP trimer | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map A of antibody DH898.1 Fab-dimer bound to...
ファイル | emd_23152_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map A of antibody DH898.1 Fab-dimer bound to glycans 332, 392, and 396 of HIV Env CH848 10.17 SOSIP trimer | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map B of antibody DH898.1 Fab-dimer bound to...
ファイル | emd_23152_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map B of antibody DH898.1 Fab-dimer bound to glycans 332, 392, and 396 of HIV Env CH848 10.17 SOSIP trimer | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Antibody DH898.1 Fab-dimer bound to glycans 332, 392, and 396 of ...
全体 | 名称: Antibody DH898.1 Fab-dimer bound to glycans 332, 392, and 396 of HIV Env CH848.3.D0949.10.17chim.6R.DS.SOSIP.664 trimer |
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要素 |
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-超分子 #1: Antibody DH898.1 Fab-dimer bound to glycans 332, 392, and 396 of ...
超分子 | 名称: Antibody DH898.1 Fab-dimer bound to glycans 332, 392, and 396 of HIV Env CH848.3.D0949.10.17chim.6R.DS.SOSIP.664 trimer タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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分子量 | 理論値: 94 KDa |
-超分子 #2: HIV Env CH848.3.D0949.10.17chim.6R.DS.SOSIP.664 trimer
超分子 | 名称: HIV Env CH848.3.D0949.10.17chim.6R.DS.SOSIP.664 trimer タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: CH848 10.17 |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-超分子 #3: Antibody DH898.1 Fragment antigen binding (Fab) dimer
超分子 | 名称: Antibody DH898.1 Fragment antigen binding (Fab) dimer タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 / 詳細: Composed of two heavy chains and two light chains |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-分子 #1: HIV Env CH848.3.D0949.10.17chim.6R.DS.SOSIP.664
分子 | 名称: HIV Env CH848.3.D0949.10.17chim.6R.DS.SOSIP.664 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: CH848.3.D0949.10.17 |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: AENLWVTVYY GVPVWKEAKT TLFCASDARA YEKEVHNVWA THACVPTDPS PQELVLGNVT ENFNMWKNDM VDQMHEDIIS LWDQSLKPCV KLTPLCVTLI CSNATVKNGT VEEMKNCSFN TTTEIRDKEK KEYALFYKPD IVPLSETNNT SEYRLINCNT SACTQACPKV ...文字列: AENLWVTVYY GVPVWKEAKT TLFCASDARA YEKEVHNVWA THACVPTDPS PQELVLGNVT ENFNMWKNDM VDQMHEDIIS LWDQSLKPCV KLTPLCVTLI CSNATVKNGT VEEMKNCSFN TTTEIRDKEK KEYALFYKPD IVPLSETNNT SEYRLINCNT SACTQACPKV TFEPIPIHYC APAGYAILKC NDETFNGTGP CSNVSTVQCT HGIRPVVSTQ LLLNGSLAEK EIVIRSENLT NNAKIIIVHL HTPVEIVCTR PNNNTRKSVR IGPGQTFYAT GDIIGDIKQA HCNISEEKWN DTLQKVGIEL QKHFPNKTIK YNQSAGGDME ITTHSFNCGG EFFYCNTSNL FNGTYNGTYI STNSSANSTS TITLQCRIKQ IINMWQGVGR CMYAPPIAGN ITCRSNITGL LLTRDGGTNS NETETFRPAG GDMRDNWRSE LYKYKVVKIE PLGVAPTRCK RRVVGRRRRR RAVGIGAVFL GFLGAAGSTM GAASMTLTVQ ARNLLSGIVQ QQSNLLRAPE AQQHLLKLTV WGIKQLQARV LAVERYLRDQ QLLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNRNLS EIWDNMTWLQ WDKEISNYTQ IIYGLLEESQ NQQEKNEQDL LALD |
-分子 #2: DH898.1 Fab heavy chain
分子 | 名称: DH898.1 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: QDLLLQSGAE VREPGASVTV SCQASNYTFP DYYIHWVRLV PGQGLEWLGE MKPKVGVTNV SKKIRDRLFM TADTSTDTAY MVLSALTPGD TAIYYCTRLE PDFLSGWAHW GKGVLVTVSP ASTKGPSVFP LAPSSRSTSE STAALGCLVK DYFPEPVTVS WNSGSLTSGV ...文字列: QDLLLQSGAE VREPGASVTV SCQASNYTFP DYYIHWVRLV PGQGLEWLGE MKPKVGVTNV SKKIRDRLFM TADTSTDTAY MVLSALTPGD TAIYYCTRLE PDFLSGWAHW GKGVLVTVSP ASTKGPSVFP LAPSSRSTSE STAALGCLVK DYFPEPVTVS WNSGSLTSGV HTFPAVLQSS GLYSLSSVVT VPSSSLGTQT YVCNVNHKPS NTKVDKRVE |
-分子 #3: DH898.1 Fab light chain
分子 | 名称: DH898.1 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: EIVMTQTPLS LSVTPGEPAS LSCRSSASLL HGNGNTYLHW YLRKAGQSPQ LLIFGGSKRV PGISDRFIGS GAGTNFTLKI SSVEADDVGF YYCAQGVAFP WTFGQGTKVE IKRAVAAPSV FIFPPSEDQV KSGTVSVVCL LNNFYPREAS VKWKVDGVLK TGNSQESVTE ...文字列: EIVMTQTPLS LSVTPGEPAS LSCRSSASLL HGNGNTYLHW YLRKAGQSPQ LLIFGGSKRV PGISDRFIGS GAGTNFTLKI SSVEADDVGF YYCAQGVAFP WTFGQGTKVE IKRAVAAPSV FIFPPSEDQV KSGTVSVVCL LNNFYPREAS VKWKVDGVLK TGNSQESVTE QDSKDNTYSL SSTLTLSNTD YQSHNVYACE VTHQGLSSPV TKSFNRGE |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1.5 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 支持フィルム - Film thickness: 12.0 nm | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: LEICA EM GP 詳細: 2.5 microliters of sample applied to grid and incubated for 30 seconds in chamber, blotted for 2.5 seconds, and plunge frozen in liquid ethane. | |||||||||
詳細 | For the DH898.1-bound complex, purified HIV-1 Env was mixed with 6-fold molar excess of recombinantly expressed and purified DH898.1 Fab to obtain a final Env concentration of 1.5 mg/ml, and incubated for 2 hours at room temperature. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 3230 / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 22500 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |