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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22852 | |||||||||
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タイトル | Ebola virus GP (mucin deleted, Makona strain) bound to antibody Fab EBOV-237 and EBOV-515 | |||||||||
![]() | Ebola virus GP (mucin deleted, Makona strain) bound to antibody Fab EBOV-237 and EBOV-515 | |||||||||
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機能・相同性 | Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein / membrane => GO:0016020 / viral envelope / extracellular region / membrane / Spike glycoprotein / Envelope glycoprotein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.9 Å | |||||||||
![]() | Murin CD / Ward AB | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Convergence of a common solution for broad ebolavirus neutralization by glycan cap-directed human antibodies. 著者: Charles D Murin / Pavlo Gilchuk / Philipp A Ilinykh / Kai Huang / Natalia Kuzmina / Xiaoli Shen / Jessica F Bruhn / Aubrey L Bryan / Edgar Davidson / Benjamin J Doranz / Lauren E Williamson / ...著者: Charles D Murin / Pavlo Gilchuk / Philipp A Ilinykh / Kai Huang / Natalia Kuzmina / Xiaoli Shen / Jessica F Bruhn / Aubrey L Bryan / Edgar Davidson / Benjamin J Doranz / Lauren E Williamson / Jeffrey Copps / Tanwee Alkutkar / Andrew I Flyak / Alexander Bukreyev / James E Crowe / Andrew B Ward / ![]() 要旨: Antibodies that target the glycan cap epitope on the ebolavirus glycoprotein (GP) are common in the adaptive response of survivors. A subset is known to be broadly neutralizing, but the details of ...Antibodies that target the glycan cap epitope on the ebolavirus glycoprotein (GP) are common in the adaptive response of survivors. A subset is known to be broadly neutralizing, but the details of their epitopes and basis for neutralization are not well understood. Here, we present cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of diverse glycan cap antibodies that variably synergize with GP base-binding antibodies. These structures describe a conserved site of vulnerability that anchors the mucin-like domains (MLDs) to the glycan cap, which we call the MLD anchor and cradle. Antibodies that bind to the MLD cradle share common features, including use of IGHV1-69 and IGHJ6 germline genes, which exploit hydrophobic residues and form β-hairpin structures to mimic the MLD anchor, disrupt MLD attachment, destabilize GP quaternary structure, and block cleavage events required for receptor binding. Our results provide a molecular basis for ebolavirus neutralization by broadly reactive glycan cap antibodies. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 5.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.2 KB 14.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 10.4 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 46.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 326.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 325.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | Ebola virus GP (mucin deleted, Makona strain) bound to antibody Fab EBOV-237 and EBOV-515 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Ebola virus GP (mucin deleted, Makona strain) bound to antibody F...
全体 | 名称: Ebola virus GP (mucin deleted, Makona strain) bound to antibody Fab EBOV-237 and EBOV-515 |
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要素 |
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-超分子 #1: Ebola virus GP (mucin deleted, Makona strain) bound to antibody F...
超分子 | 名称: Ebola virus GP (mucin deleted, Makona strain) bound to antibody Fab EBOV-237 and EBOV-515 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Parts of complex expressed and purified recombinantly, complexed and purified by gel filtration |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-超分子 #2: Antibody Fab EBOV-237
超分子 | 名称: Antibody Fab EBOV-237 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-超分子 #3: Ebola virus GP (mucin deleted, Makona strain)
超分子 | 名称: Ebola virus GP (mucin deleted, Makona strain) / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Ebola virus GP1 (mucin deleted, Makona strain)
分子 | 名称: Ebola virus GP1 (mucin deleted, Makona strain) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARSIPLG VIHNSTLQVS DVDKLVCRDK LSSTNQLRSV GLNLEGNGVA TDVPSVTKRW GFRSGVPPKV VNYEAGEWAE NCYNLEIKKP DGSECLPAAP DGIRGFPRCR YVHKVSGTGP CAGDFAFHKE GAFFLYDRLA ...文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARSIPLG VIHNSTLQVS DVDKLVCRDK LSSTNQLRSV GLNLEGNGVA TDVPSVTKRW GFRSGVPPKV VNYEAGEWAE NCYNLEIKKP DGSECLPAAP DGIRGFPRCR YVHKVSGTGP CAGDFAFHKE GAFFLYDRLA STVIYRGTTF AEGVVAFLIL PQAKKDFFSS HPLREPVNAT EDPSSGYYST TIRYQATGFG TNETEYLFEV DNLTYVQLES RFTPQFLLQL NETIYASGKR SNTTGKLIWK VNPEIDTTIG EWAFWETKKN LTRKIRSEEL SFT |
-分子 #2: Ebola virus GP2 (Makona strain)
分子 | 名称: Ebola virus GP2 (Makona strain) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: NNNTHHQDTG EESASSGKLG LITNTIAGVA GLITGGRRTR REVIVNAQPK CNPNLHYWTT QDEGAAIGLA WIPYFGPAAE GIYTEGLMHN QDGLICGLRQ LANETTQALQ LFLRATTELR TFSILNRKAI DFLLQRWGGT CHILGPDCCI EPHDWTKNIT DKIDQIIHDD ...文字列: NNNTHHQDTG EESASSGKLG LITNTIAGVA GLITGGRRTR REVIVNAQPK CNPNLHYWTT QDEGAAIGLA WIPYFGPAAE GIYTEGLMHN QDGLICGLRQ LANETTQALQ LFLRATTELR TFSILNRKAI DFLLQRWGGT CHILGPDCCI EPHDWTKNIT DKIDQIIHDD DDKAGWSHPQ FEKGGGSGGG SGGGSWSHPQ FEK |
-分子 #3: Antibody Fab EBOV-237 heavy chain
分子 | 名称: Antibody Fab EBOV-237 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: QVQLQESGPG LVKPSGTLSL TCAVSGGSIS NGIWWSWVRQ PPGKGLEWIG EIYHSGSTNY SPSLKSRVTI SLDKSKNQFS LKLNSVTAAD TAVYYCARAP SQFDFSDWLV PQGAMFRGHY IDYWGQGTLV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP ...文字列: QVQLQESGPG LVKPSGTLSL TCAVSGGSIS NGIWWSWVRQ PPGKGLEWIG EIYHSGSTNY SPSLKSRVTI SLDKSKNQFS LKLNSVTAAD TAVYYCARAP SQFDFSDWLV PQGAMFRGHY IDYWGQGTLV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP VTVSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK RVEPKSCD |
-分子 #4: Antibody Fab EBOV-237 light chain
分子 | 名称: Antibody Fab EBOV-237 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: DIVMTQSPDS LAVSLGERAT INCKSSQSVL YNSNNKNYLA WYQQKPGQPP KLLIYWASTR ESGVPDRFSG SGSGTDFTLA ISSLRAEDVA VYYCQQYYSA PYTFGQGTKM EIKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL QSGNSQESVT ...文字列: DIVMTQSPDS LAVSLGERAT INCKSSQSVL YNSNNKNYLA WYQQKPGQPP KLLIYWASTR ESGVPDRFSG SGSGTDFTLA ISSLRAEDVA VYYCQQYYSA PYTFGQGTKM EIKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL QSGNSQESVT EQDSKDSTYS LSSTLTLSKA DYEKHKVYAC EVTHQGLSSP VTKSFNRGEC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |