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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22699 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of TyTx1 Fab in Complex with Typhoid Toxin | ||||||||||||
マップデータ | Full map | ||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌) / Mus musculus (ハツカネズミ) / Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 (サルモネラ菌) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Nguyen T / Feathers JR / Fromme JC / Song J | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021 タイトル: The structural basis of Salmonella AB toxin neutralization by antibodies targeting the glycan-receptor binding subunits. 著者: Tri Nguyen / Angelene F Richards / Durga P Neupane / J Ryan Feathers / Yi-An Yang / Ji Hyun Sim / Haewon Byun / Sohyoung Lee / Changhwan Ahn / Greta Van Slyke / J Christopher Fromme / ...著者: Tri Nguyen / Angelene F Richards / Durga P Neupane / J Ryan Feathers / Yi-An Yang / Ji Hyun Sim / Haewon Byun / Sohyoung Lee / Changhwan Ahn / Greta Van Slyke / J Christopher Fromme / Nicholas J Mantis / Jeongmin Song / 要旨: Many bacterial pathogens secrete AB toxins comprising two functionally distinct yet complementary "A" and "B" subunits to benefit the pathogens during infection. The lectin-like pentameric B subunits ...Many bacterial pathogens secrete AB toxins comprising two functionally distinct yet complementary "A" and "B" subunits to benefit the pathogens during infection. The lectin-like pentameric B subunits recognize specific sets of host glycans to deliver the toxin into target host cells. Here, we offer the molecular mechanism by which neutralizing antibodies, which have the potential to bind to all glycan-receptor binding sites and thus completely inhibit toxin binding to host cells, are inhibited from exerting this action. Cryogenic electron microscopy (cryo-EM)-based analyses indicate that the skewed positioning of the toxin A subunit(s) toward one side of the toxin B pentamer inhibited neutralizing antibody binding to the laterally located epitopes, rendering some glycan-receptor binding sites that remained available for the toxin binding and endocytosis process, which is strikingly different from the counterpart antibodies recognizing the far side-located epitopes. These results highlight additional features of the toxin-antibody interactions and offer important insights into anti-toxin strategies. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22699.map.gz | 80.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22699-v30.xml emd-22699.xml | 27.2 KB 27.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_22699_fsc.xml | 10.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_22699.png | 53.7 KB | ||
その他 | emd_22699_additional_1.map.gz emd_22699_additional_2.map.gz emd_22699_half_map_1.map.gz emd_22699_half_map_2.map.gz | 96.4 MB 7.3 MB 80.8 MB 80.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22699 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22699 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22699_validation.pdf.gz | 729.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22699_full_validation.pdf.gz | 728.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22699_validation.xml.gz | 17.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_22699_validation.cif.gz | 22.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22699 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22699 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22699.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Full map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Post-processed map
ファイル | emd_22699_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Post-processed map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Post-processed Masked Map
ファイル | emd_22699_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Post-processed Masked Map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map 1
ファイル | emd_22699_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map 2
ファイル | emd_22699_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Complex of TyTx1 Fab with Typhoid toxin
全体 | 名称: Complex of TyTx1 Fab with Typhoid toxin |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of TyTx1 Fab with Typhoid toxin
超分子 | 名称: Complex of TyTx1 Fab with Typhoid toxin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Fab fragment generated by proteolytic cleavage of IgG antibody in complex with purified Typhoid toxin |
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-超分子 #2: Typhoid toxin
超分子 | 名称: Typhoid toxin / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #4 詳細: S. Typhi A2B5 toxin pltA-E133A cdtB-H160Q double mutant (catalytically inactivated toxin) |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
-超分子 #3: TyTx1 Fab
超分子 | 名称: TyTx1 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 詳細: Fab fragment generated by proteolytic cleavage of IgG antibody TyTx1 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
組換発現 | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 組換細胞: Hybridoma |
-分子 #1: Pertussis like toxin subunit B
分子 | 名称: Pertussis like toxin subunit B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 (サルモネラ菌) |
分子量 | 理論値: 12.563042 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: EWTGDNTNAY YSDEVISELH VGQIDTSPYF CIKTVKANGS GTPVVACAVS KQSIWAPSFK ELLDQARYFY STGQSVRIHV QKNIWTYPL FVNTFSANAL VGLSSCSATQ CFGPK |
-分子 #2: Fab Light Chain Variable Domain
分子 | 名称: Fab Light Chain Variable Domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 12.679397 KDa |
組換発現 | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
配列 | 文字列: DIVMSQSPSS LAVSAGEKVN MSCKSSQSLF NSRTRKNHLA WYQQKPGQSP KLMIYWASTG ECVVRDRFTG SGCGTDFTLT ISSVQDEDR AVYLCKQSHN RALTFGCGTK LEMKR |
-分子 #3: Fab Heavy Chain Variable Domain
分子 | 名称: Fab Heavy Chain Variable Domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 12.802131 KDa |
組換発現 | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
配列 | 文字列: EIQSQQCGPE LVKPGSSVKV SCKASGYAFT NYKALGSKQS HGKSLEWIGY IDPYNSDSSY NQQFKDKATL TVDKSSSTAY MYLNSLTSE DSAVYYCAGL ELTGTLPYWG QGTLVTVSA |
-分子 #4: Pertussis toxin-like subunit ArtA
分子 | 名称: Pertussis toxin-like subunit ArtA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 (サルモネラ菌) |
分子量 | 理論値: 1.66597 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: FYDARPVIEL ILSK |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 2.5 second before plunging. | |||||||||
詳細 | Freshly prepared size-exclusion-chromatography purified complex of TyTx1 Fab and Typhoid toxin catalytically inactivated toxin double mutant. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 53.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 49000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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詳細 | Initial local fitting was done using Chimera and then Coot was used for rebuilding Fab variable domains into correct sequences. Refinement was performed using Real Space Refine in PHENIX and was iterated with manual building in Coot. | ||||||||
得られたモデル | PDB-7k7h: |