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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22090 | |||||||||
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タイトル | Vigna radiata mitochondrial complex I* | |||||||||
![]() | Composite map of Vigna radiata mitochondrial complex I* from the combination of locally refined maps of the membrane arm and peripheral arm. Composite map was generated using PHENIX. | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / : / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / catalytic activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / respiratory electron transport chain ...oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / : / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / catalytic activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / respiratory electron transport chain / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mitochondrial inner membrane / membrane => GO:0016020 / oxidoreductase activity / mitochondrion / RNA binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
![]() | Letts JA / Maldonado M / Padavannil A / Zhou L / Guo F | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Atomic structure of a mitochondrial complex I intermediate from vascular plants. 著者: Maria Maldonado / Abhilash Padavannil / Long Zhou / Fei Guo / James A Letts / ![]() 要旨: Respiration, an essential metabolic process, provides cells with chemical energy. In eukaryotes, respiration occurs via the mitochondrial electron transport chain (mETC) composed of several large ...Respiration, an essential metabolic process, provides cells with chemical energy. In eukaryotes, respiration occurs via the mitochondrial electron transport chain (mETC) composed of several large membrane-protein complexes. Complex I (CI) is the main entry point for electrons into the mETC. For plants, limited availability of mitochondrial material has curbed detailed biochemical and structural studies of their mETC. Here, we present the cryoEM structure of the known CI assembly intermediate CI* from at 3.9 Å resolution. CI* contains CI's NADH-binding and CoQ-binding modules, the proximal-pumping module and the plant-specific γ-carbonic-anhydrase domain (γCA). Our structure reveals significant differences in core and accessory subunits of the plant complex compared to yeast, mammals and bacteria, as well as the details of the γCA domain subunit composition and membrane anchoring. The structure sheds light on differences in CI assembly across lineages and suggests potential physiological roles for CI* beyond assembly. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 479.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 47 KB 47 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 64.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 533.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 533.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6x89MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 6.7 TB Data #1: Raw movies of mixed sample used for determination of mung bean respiratory CI*, CIII2, CIV and SC III2+IV [micrographs - multiframe]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Composite map of Vigna radiata mitochondrial complex I* from the combination of locally refined maps of the membrane arm and peripheral arm. Composite map was generated using PHENIX. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8332 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
+全体 : Vigna radiata complex I*
+超分子 #1: Vigna radiata complex I*
+分子 #1: Unknown Peptide
+分子 #2: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2
+分子 #3: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5, mit...
+分子 #4: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6
+分子 #5: NDUA7
+分子 #6: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mit...
+分子 #7: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
+分子 #8: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 1, mitochondrial
+分子 #9: NDUS2
+分子 #10: NDUS3
+分子 #11: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
+分子 #12: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
+分子 #13: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial
+分子 #14: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial
+分子 #15: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
+分子 #16: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial
+分子 #17: NU1M
+分子 #18: NU2M
+分子 #19: NU3M
+分子 #20: NU4L
+分子 #21: NU6M
+分子 #22: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1
+分子 #23: uncharacterized protein LOC106754061
+分子 #24: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8-B
+分子 #25: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13-A
+分子 #26: Unknown Peptide
+分子 #27: Unknown Peptide
+分子 #28: NDUC2
+分子 #29: Protein At2g27730, mitochondrial
+分子 #30: serine/arginine-rich-splicing factor SR34 isoform X2
+分子 #31: NDUX1
+分子 #32: gamma carbonic anhydrase 1, mitochondrial
+分子 #33: gamma carbonic anhydrase 1, mitochondrial-like
+分子 #34: gamma carbonic anhydrase-like 2, mitochondrial
+分子 #35: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
+分子 #36: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
+分子 #37: IRON/SULFUR CLUSTER
+分子 #38: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
+分子 #39: ZINC ION
+分子 #40: FLAVIN MONONUCLEOTIDE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 6 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: 30 mA | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK III 詳細: Blotted for 9 seconds at 100% humidity, 15 degrees C.. | |||||||||||||||
詳細 | Extracted from V. radiata mitochondrial membranes with digitonin, exchanged into amphipole A8-35, purified on sucrose gradient. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9816 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 86.4 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER |
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得られたモデル | ![]() PDB-6x89: |