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万見
- EMDB-21844: The Vo region of human V-ATPase in state 1 (focused refinement) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21844
タイトルThe Vo region of human V-ATPase in state 1 (focused refinement)
マップデータThe Vo region of human V-ATPase in state 1 (focused refinement)
試料
  • 複合体: Human V-ATPase with SidK
    • タンパク質・ペプチド: x 8種
  • リガンド: x 7種
キーワードV-ATPase / proton pump / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


proton-transporting two-sector ATPase complex / Ion channel transport / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in lysosome biogenesis and autophagy / intracellular pH reduction / eye pigmentation / central nervous system maturation / ATPase-coupled ion transmembrane transporter activity / transporter activator activity / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex / rostrocaudal neural tube patterning ...proton-transporting two-sector ATPase complex / Ion channel transport / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in lysosome biogenesis and autophagy / intracellular pH reduction / eye pigmentation / central nervous system maturation / ATPase-coupled ion transmembrane transporter activity / transporter activator activity / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex / rostrocaudal neural tube patterning / positive regulation of transforming growth factor beta1 production / cellular response to increased oxygen levels / Golgi lumen acidification / proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / synaptic vesicle lumen acidification / Transferrin endocytosis and recycling / endosome to plasma membrane protein transport / lysosomal lumen acidification / clathrin-coated vesicle membrane / vacuolar transport / endosomal lumen acidification / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / XBP1(S) activates chaperone genes / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / Amino acids regulate mTORC1 / proton-transporting V-type ATPase complex / head morphogenesis / vacuolar acidification / ROS and RNS production in phagocytes / osteoclast development / dendritic spine membrane / regulation of cellular pH / azurophil granule membrane / regulation of MAPK cascade / tertiary granule membrane / ATPase activator activity / autophagosome membrane / positive regulation of Wnt signaling pathway / ficolin-1-rich granule membrane / cilium assembly / RHOA GTPase cycle / regulation of macroautophagy / angiotensin maturation / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / axon terminus / Insulin receptor recycling / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / RNA endonuclease activity / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / receptor-mediated endocytosis / proton transmembrane transport / secretory granule membrane / transmembrane transport / small GTPase binding / synaptic vesicle membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / melanosome / signaling receptor activity / ATPase binding / postsynaptic membrane / intracellular iron ion homeostasis / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / lysosome / early endosome / endosome membrane / nuclear speck / apical plasma membrane / lysosomal membrane / Golgi membrane / axon / external side of plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / focal adhesion / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
ATPase, V0 complex, subunit e1/e2, metazoa / V0 complex accessory subunit Ac45 / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / Renin receptor-like / Renin receptor-like protein / Ribonuclease kappa / V-type proton ATPase subunit S1/VOA1, transmembrane domain / V0 complex accessory subunit Ac45/VOA1 transmembrane domain / ATPase, V0 complex, subunit e1/e2 ...ATPase, V0 complex, subunit e1/e2, metazoa / V0 complex accessory subunit Ac45 / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / Renin receptor-like / Renin receptor-like protein / Ribonuclease kappa / V-type proton ATPase subunit S1/VOA1, transmembrane domain / V0 complex accessory subunit Ac45/VOA1 transmembrane domain / ATPase, V0 complex, subunit e1/e2 / ATP synthase subunit H / ATPase, V0 complex, subunit d / V-ATPase proteolipid subunit C, eukaryotic / ATPase, V0 complex, subunit 116kDa, eukaryotic / ATPase, V0 complex, c/d subunit / V-type ATPase subunit C/d / V-type ATP synthase subunit c/d subunit superfamily / V-type ATP synthase c/d subunit, domain 3 superfamily / ATP synthase (C/AC39) subunit / V-ATPase proteolipid subunit / V-type ATPase, V0 complex, 116kDa subunit family / V-type ATPase 116kDa subunit family / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C
類似検索 - ドメイン・相同性
V-type proton ATPase subunit e 1 / Renin receptor / V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c / V-type proton ATPase subunit d 1 / V-type proton ATPase subunit S1 / Ribonuclease kappa / V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 1 / V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit c''
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Wang L / Wu H
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020
タイトル: Structures of a Complete Human V-ATPase Reveal Mechanisms of Its Assembly.
著者: Longfei Wang / Di Wu / Carol V Robinson / Hao Wu / Tian-Min Fu /
要旨: Vesicular- or vacuolar-type adenosine triphosphatases (V-ATPases) are ATP-driven proton pumps comprised of a cytoplasmic V complex for ATP hydrolysis and a membrane-embedded V complex for proton ...Vesicular- or vacuolar-type adenosine triphosphatases (V-ATPases) are ATP-driven proton pumps comprised of a cytoplasmic V complex for ATP hydrolysis and a membrane-embedded V complex for proton transfer. They play important roles in acidification of intracellular vesicles, organelles, and the extracellular milieu in eukaryotes. Here, we report cryoelectron microscopy structures of human V-ATPase in three rotational states at up to 2.9-Å resolution. Aided by mass spectrometry, we build all known protein subunits with associated N-linked glycans and identify glycolipids and phospholipids in the V complex. We define ATP6AP1 as a structural hub for V complex assembly because it connects to multiple V subunits and phospholipids in the c-ring. The glycolipids and the glycosylated V subunits form a luminal glycan coat critical for V-ATPase folding, localization, and stability. This study identifies mechanisms of V-ATPase assembly and biogenesis that rely on the integrated roles of ATP6AP1, glycans, and lipids.
履歴
登録2020年4月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年11月11日-
マップ公開2020年11月11日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.6
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  • 原子モデル: PDB-6wlw
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21844.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21844.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The Vo region of human V-ATPase in state 1 (focused refinement)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 360 pix.
= 388.8 Å		1.08 Å/pix.
x 360 pix.
= 388.8 Å		1.08 Å/pix.
x 360 pix.
= 388.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.6 / ムービー #1: 0.6
最小 - 最大-1.6245896 - 3.4699976
平均 (標準偏差)0.0033026803 (±0.068116285)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 388.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.081.081.08
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z388.800388.800388.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-1.6253.4700.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human V-ATPase with SidK

全体名称: Human V-ATPase with SidK
要素
  • 複合体: Human V-ATPase with SidK
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit d 1
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase 116 kDa subunit a isoform 1
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit e 1
    • タンパク質・ペプチド: Ribonuclease kappa
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit S1
    • タンパク質・ペプチド: Renin receptor
  • リガンド: tri(methyl)-[2-[[(2~{R})-2-[(~{Z})-octadec-9-enoyl]oxy-3-[(~{E})-1-oxidanylideneoctadec-9-enoxy]propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxyethyl]azanium
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
  • リガンド: (2~{S})-2-$l^{4}-azanyl-3-[[(2~{R})-3-octadecanoyloxy-2-oxidanyl-propoxy]-oxidanyl-oxidanylidene-$l^{6}-phosphanyl]oxy-propanoic acid
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: 1,2-DICAPROYL-SN-PHOSPHATIDYL-L-SERINE
  • リガンド: methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Human V-ATPase with SidK

超分子名称: Human V-ATPase with SidK / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit

分子名称: V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 21.418213 KDa
配列文字列: MTGLALLYSG VFVAFWACAL AVGVCYTIFD LGFRFDVAWF LTETSPFMWS NLGIGLAISL SVVGAAWGIY ITGSSIIGGG VKAPRIKTK NLVSIIFCEA VAIYGIIMAI VISNMAEPFS ATDPKAIGHR NYHAGYSMFG AGLTVGLSNL FCGVCVGIVG S GAALADAQ ...文字列:
MTGLALLYSG VFVAFWACAL AVGVCYTIFD LGFRFDVAWF LTETSPFMWS NLGIGLAISL SVVGAAWGIY ITGSSIIGGG VKAPRIKTK NLVSIIFCEA VAIYGIIMAI VISNMAEPFS ATDPKAIGHR NYHAGYSMFG AGLTVGLSNL FCGVCVGIVG S GAALADAQ NPSLFVKILI VEIFGSAIGL FGVIVAILQT SRVKMGD

UniProtKB: V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit c''

+
分子 #2: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit

分子名称: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.743655 KDa
配列文字列:
MSESKSGPEY ASFFAVMGAS AAMVFSALGA AYGTAKSGTG IAAMSVMRPE QIMKSIIPVV MAGIIAIYGL VVAVLIANSL NDDISLYKS FLQLGAGLSV GLSGLAAGFA IGIVGDAGVR GTAQQPRLFV GMILILIFAE VLGLYGLIVA LILSTK

UniProtKB: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c

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分子 #3: V-type proton ATPase subunit d 1

分子名称: V-type proton ATPase subunit d 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.369949 KDa
配列文字列: MSFFPELYFN VDNGYLEGLV RGLKAGVLSQ ADYLNLVQCE TLEDLKLHLQ STDYGNFLAN EASPLTVSVI DDRLKEKMVV EFRHMRNHA YEPLASFLDF ITYSYMIDNV ILLITGTLHQ RSIAELVPKC HPLGSFEQME AVNIAQTPAE LYNAILVDTP L AAFFQDCI ...文字列:
MSFFPELYFN VDNGYLEGLV RGLKAGVLSQ ADYLNLVQCE TLEDLKLHLQ STDYGNFLAN EASPLTVSVI DDRLKEKMVV EFRHMRNHA YEPLASFLDF ITYSYMIDNV ILLITGTLHQ RSIAELVPKC HPLGSFEQME AVNIAQTPAE LYNAILVDTP L AAFFQDCI SEQDLDEMNI EIIRNTLYKA YLESFYKFCT LLGGTTADAM CPILEFEADR RAFIITINSF GTELSKEDRA KL FPHCGRL YPEGLAQLAR ADDYEQVKNV ADYYPEYKLL FEGAGSNPGD KTLEDRFFEH EVKLNKLAFL NQFHFGVFYA FVK LKEQEC RNIVWIAECI AQRHRAKIDN YIPIF

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit d 1

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分子 #4: V-type proton ATPase 116 kDa subunit a isoform 1

分子名称: V-type proton ATPase 116 kDa subunit a isoform 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 96.512414 KDa
配列文字列: MGELFRSEEM TLAQLFLQSE AAYCCVSELG ELGKVQFRDL NPDVNVFQRK FVNEVRRCEE MDRKLRFVEK EIRKANIPIM DTGENPEVP FPRDMIDLEA NFEKIENELK EINTNQEALK RNFLELTELK FILRKTQQFF DEMADPDLLE ESSSLLEPSE M GRGTPLRL ...文字列:
MGELFRSEEM TLAQLFLQSE AAYCCVSELG ELGKVQFRDL NPDVNVFQRK FVNEVRRCEE MDRKLRFVEK EIRKANIPIM DTGENPEVP FPRDMIDLEA NFEKIENELK EINTNQEALK RNFLELTELK FILRKTQQFF DEMADPDLLE ESSSLLEPSE M GRGTPLRL GFVAGVINRE RIPTFERMLW RVCRGNVFLR QAEIENPLED PVTGDYVHKS VFIIFFQGDQ LKNRVKKICE GF RASLYPC PETPQERKEM ASGVNTRIDD LQMVLNQTED HRQRVLQAAA KNIRVWFIKV RKMKAIYHTL NLCNIDVTQK CLI AEVWCP VTDLDSIQFA LRRGTEHSGS TVPSILNRMQ TNQTPPTYNK TNKFTYGFQN IVDAYGIGTY REINPAPYTI ITFP FLFAV MFGDFGHGIL MTLFAVWMVL RESRILSQKN ENEMFSTVFS GRYIILLMGV FSMYTGLIYN DCFSKSLNIF GSSWS VRPM FTYNWTEETL RGNPVLQLNP ALPGVFGGPY PFGIDPIWNI ATNKLTFLNS FKMKMSVILG IIHMLFGVSL SLFNHI YFK KPLNIYFGFI PEIIFMTSLF GYLVILIFYK WTAYDAHTSE NAPSLLIHFI NMFLFSYPES GYSMLYSGQK GIQCFLV VV ALLCVPWMLL FKPLVLRRQY LRRKHLGTLN FGGIRVGNGP TEEDAEIIQH DQLSTHSEDA DEPSEDEVFD FGDTMVHQ A IHTIEYCLGC ISNTASYLRL WALSLAHAQL SEVLWTMVIH IGLSVKSLAG GLVLFFFFTA FATLTVAILL IMEGLSAFL HALRLHWVEF QNKFYSGTGF KFLPFSFEHI REGKFEE

UniProtKB: V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 1

+
分子 #5: V-type proton ATPase subunit e 1

分子名称: V-type proton ATPase subunit e 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.380329 KDa
配列文字列:
MAYHGLTVPL IVMSVFWGFV GFLVPWFIPK GPNRGVIITM LVTCSVCCYL FWLIAILAQL NPLFGPQLKN ETIWYLKYHW P

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit e 1

+
分子 #6: Ribonuclease kappa

分子名称: Ribonuclease kappa / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.43522 KDa
配列文字列:
MGWLRPGPRP LCPPARASWA FSHRFPSPLA PRRSPTPFFM ASLLCCGPKL AACGIVLSAW GVIMLIMLGI FFNVHSAVLI EDVPFTEKD FENGPQNIYN LYEQVSYNCF IAAGLYLLLG GFSFCQVRLN KRKEYMVR

UniProtKB: Ribonuclease kappa

+
分子 #7: V-type proton ATPase subunit S1

分子名称: V-type proton ATPase subunit S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 52.06748 KDa
配列文字列: MMAAMATARV RMGPRCAQAL WRMPWLPVFL SLAAAAAAAA AEQQVPLVLW SSDRDLWAPA ADTHEGHITS DLQLSTYLDP ALELGPRNV LLFLQDKLSI EDFTAYGGVF GNKQDSAFSN LENALDLAPS SLVLPAVDWY AVSTLTTYLQ EKLGASPLHV D LATLRELK ...文字列:
MMAAMATARV RMGPRCAQAL WRMPWLPVFL SLAAAAAAAA AEQQVPLVLW SSDRDLWAPA ADTHEGHITS DLQLSTYLDP ALELGPRNV LLFLQDKLSI EDFTAYGGVF GNKQDSAFSN LENALDLAPS SLVLPAVDWY AVSTLTTYLQ EKLGASPLHV D LATLRELK LNASLPALLL IRLPYTASSG LMAPREVLTG NDEVIGQVLS TLKSEDVPYT AALTAVRPSR VARDVAVVAG GL GRQLLQK QPVSPVIHPP VSYNDTAPRI LFWAQNFSVA YKDQWEDLTP LTFGVQELNL TGSFWNDSFA RLSLTYERLF GTT VTFKFI LANRLYPVSA RHWFTMERLE VHSNGSVAYF NASQVTGPSI YSFHCEYVSS LSKKGSLLVA RTQPSPWQMM LQDF QIQAF NVMGEQFSYA SDCASFFSPG IWMGLLTSLF MLFIFTYGLH MILSLKTMDR FDDHKGPTIS LTQIV

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit S1

+
分子 #8: Renin receptor

分子名称: Renin receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.045855 KDa
配列文字列: MAVFVVLLAL VAGVLGNEFS ILKSPGSVVF RNGNWPIPGE RIPDVAALSM GFSVKEDLSW PGLAVGNLFH RPRATVMVMV KGVNKLALP PGSVISYPLE NAVPFSLDSV ANSIHSLFSE ETPVVLQLAP SEERVYMVGK ANSVFEDLSV TLRQLRNRLF Q ENSVLSSL ...文字列:
MAVFVVLLAL VAGVLGNEFS ILKSPGSVVF RNGNWPIPGE RIPDVAALSM GFSVKEDLSW PGLAVGNLFH RPRATVMVMV KGVNKLALP PGSVISYPLE NAVPFSLDSV ANSIHSLFSE ETPVVLQLAP SEERVYMVGK ANSVFEDLSV TLRQLRNRLF Q ENSVLSSL PLNSLSRNNE VDLLFLSELQ VLHDISSLLS RHKHLAKDHS PDLYSLELAG LDEIGKRYGE DSEQFRDASK IL VDALQKF ADDMYSLYGG NAVVELVTVK SFDTSLIRKT RTILEAKQAK NPASPYNLAY KYNFEYSVVF NMVLWIMIAL ALA VIITSY NIWNMDPGYD SIIYRMTNQK IRMD

UniProtKB: Renin receptor

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分子 #13: tri(methyl)-[2-[[(2~{R})-2-[(~{Z})-octadec-9-enoyl]oxy-3-[(~{E})-...

分子名称: tri(methyl)-[2-[[(2~{R})-2-[(~{Z})-octadec-9-enoyl]oxy-3-[(~{E})-1-oxidanylideneoctadec-9-enoxy]propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxyethyl]azanium
タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 10 / 式: WSS
分子量理論値: 787.121 Da
Chemical component information

ChemComp-WSS:
tri(methyl)-[2-[[(2~{R})-2-[(~{Z})-octadec-9-enoyl]oxy-3-[(~{E})-1-oxidanylideneoctadec-9-enoxy]propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxyethyl]azanium

+
分子 #14: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 13 / 式: PTY
分子量理論値: 734.039 Da
Chemical component information

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM

+
分子 #15: (2~{S})-2-$l^{4}-azanyl-3-[[(2~{R})-3-octadecanoyloxy-2-oxidanyl-...

分子名称: (2~{S})-2-$l^{4}-azanyl-3-[[(2~{R})-3-octadecanoyloxy-2-oxidanyl-propoxy]-oxidanyl-oxidanylidene-$l^{6}-phosphanyl]oxy-propanoic acid
タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 1 / 式: WJS
分子量理論値: 497.391 Da
Chemical component information

ChemComp-WJS:
(2~{S})-2-$l^{4}-azanyl-3-[[(2~{R})-3-octadecanoyloxy-2-oxidanyl-propoxy]-oxidanyl-oxidanylidene-$l^{6}-phosphanyl]oxy-propanoic acid

+
分子 #16: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 4 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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分子 #17: 1,2-DICAPROYL-SN-PHOSPHATIDYL-L-SERINE

分子名称: 1,2-DICAPROYL-SN-PHOSPHATIDYL-L-SERINE / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 1 / 式: PSF
分子量理論値: 455.437 Da
Chemical component information

ChemComp-PSF:
1,2-DICAPROYL-SN-PHOSPHATIDYL-L-SERINE / 1,2-ジカプロイル-sn-ホスファチジル-L-セリン

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分子 #18: methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-t...

分子名称: methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate
タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 1 / 式: WJP
分子量理論値: 534.603 Da
Chemical component information

ChemComp-WJP:
methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate

+
分子 #19: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1000000
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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