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- EMDB-2168: Cryo-EM structure of the 60S-Rei1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2168
タイトルCryo-EM structure of the 60S-Rei1 complex
マップデータCryo-EM reconstruction of the 60S-Rei1 complex
試料
  • 試料: 60S ribosomal subunit in complex with Rei1
  • 複合体: 60S ribosomal subunit
  • タンパク質・ペプチド: Rei1
キーワードlarge ribosomal subunit / ribosome biogenesis / ribosome maturation factor
機能・相同性: / :
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 14.6 Å
データ登録者Greber BJ / Boehringer D / Montellese C / Ban N
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2012
タイトル: Cryo-EM structures of Arx1 and maturation factors Rei1 and Jjj1 bound to the 60S ribosomal subunit.
著者: Basil J Greber / Daniel Boehringer / Christian Montellese / Nenad Ban /
要旨: Eukaryotic ribosome biogenesis requires many protein factors that facilitate the assembly, nuclear export and final maturation of 40S and 60S particles. We have biochemically characterized ribosomal ...Eukaryotic ribosome biogenesis requires many protein factors that facilitate the assembly, nuclear export and final maturation of 40S and 60S particles. We have biochemically characterized ribosomal complexes of the yeast 60S-biogenesis factor Arx1 and late-maturation factors Rei1 and Jjj1 and determined their cryo-EM structures. Arx1 was visualized bound to the 60S subunit together with Rei1, at 8.1-Å resolution, to reveal the molecular details of Arx1 binding whereby Arx1 arrests the eukaryotic-specific rRNA expansion segment 27 near the polypeptide tunnel exit. Rei1 and Jjj1, which have been implicated in Arx1 recycling, bind in the vicinity of Arx1 and form a network of interactions. We suggest that, in addition to the role of Arx1 during pre-60S nuclear export, the binding of Arx1 conformationally locks the pre-60S subunit and inhibits the premature association of nascent chain-processing factors to the polypeptide tunnel exit.
履歴
登録2012年8月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年8月29日-
マップ公開2012年10月31日-
更新2012年12月12日-
現状2012年12月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 27
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 27
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2168.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2168.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM reconstruction of the 60S-Rei1 complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.17 Å/pix.
x 128 pix.
= 405.76 Å		3.17 Å/pix.
x 128 pix.
= 405.76 Å		3.17 Å/pix.
x 128 pix.
= 405.76 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.17 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 27.0 / ムービー #1: 27
最小 - 最大-168.913574219999987 - 317.856719969999972
平均 (標準偏差)-10.618214610000001 (±24.744146350000001)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 405.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.173.173.17
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z405.760405.760405.760
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-32-32-32
NX/NY/NZ646464
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-168.914317.857-10.618

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 60S ribosomal subunit in complex with Rei1

全体名称: 60S ribosomal subunit in complex with Rei1
要素
  • 試料: 60S ribosomal subunit in complex with Rei1
  • 複合体: 60S ribosomal subunit
  • タンパク質・ペプチド: Rei1

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超分子 #1000: 60S ribosomal subunit in complex with Rei1

超分子名称: 60S ribosomal subunit in complex with Rei1 / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: One monomer each of 60S and Rei1 / Number unique components: 2
分子量理論値: 2.4 MDa

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超分子 #1: 60S ribosomal subunit

超分子名称: 60S ribosomal subunit / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 60S / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: LSU 60S
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: yeast / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量理論値: 2.2 MDa

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分子 #1: Rei1

分子名称: Rei1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: C-terminal His-tag / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量理論値: 46 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pET24a
配列InterPro: INTERPRO: IPR007087, INTERPRO: IPR015880

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8.3
詳細: 20 mM Hepes-NaOH pH 8.3, 50 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 5 mM beta-mercaptoethanol
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: cryo
グリッド詳細: Quantifoil holey carbon grid R2/1
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 80 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: manual plunger / 手法: manual blotting

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
温度平均: 87 K
日付2012年2月8日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 平均電子線量: 20 e/Å2
詳細: images were acquired using a 2 x 2 frame spot scan (per hole) using a serial EM script
ビット/ピクセル: 16
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.3 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm / 倍率（公称値）: 83000
試料ステージ試料ホルダー: eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: per frame
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER
詳細: Fourier amplitudes of the reconstruction were enhanced using the SAXS curve from ribosomes; subsequently, the map was filtered in SPIDER using a butterworth low-pass filter with a filter midpoint of 0.22.
使用した粒子像数: 17415

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3u5h
PDB 未公開エントリ

ソフトウェア名称: Chimera
詳細Protocol: rigid body
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

3u5i
PDB 未公開エントリ

ソフトウェア名称: Chimera
詳細Protocol: rigid body
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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