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- EMDB-21451: CON-S ch.DS.SOSIP HIV trimer bound to DH846 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21451
タイトルCON-S ch.DS.SOSIP HIV trimer bound to DH846 Fab
マップデータCON-S ch.DS.SOSIP HIV Trimer bound to DH846 Fab
試料
  • 複合体: CON-S ch.DS.SOSIP in complex with DH846 Fab
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Cai F / Chen WH / Wu W / Jones J / Misook C / Gohain N / Shen X / LaBranche C / Eaton A / Sutherland L ...Cai F / Chen WH / Wu W / Jones J / Misook C / Gohain N / Shen X / LaBranche C / Eaton A / Sutherland L / Hernandez G / Nelson RW / Scearce R / Seaman M / Moody MA / Santra S / Wiehe KJ / Tomaras GD / Wagh K / Korber B / Bonsignori M / Montefiori DC / Haynes BF / de Val N / Joyce GM / Saunders KO
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI120801 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI100645 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)HHSN261200800001 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: HIV-1 vaccination elicits structurally and genetically-convergent neutralizing antibodies in non-human primates
著者: Cai F / Chen WH / Wu W / Jones J / Misook C / Gohain N / Shen X / LaBranche C / Eaton A / Sutherland L / Hernandez G / Nelson RW / Scearce R / Seaman M / Moody MA / Santra S / Wiehe KJ / ...著者: Cai F / Chen WH / Wu W / Jones J / Misook C / Gohain N / Shen X / LaBranche C / Eaton A / Sutherland L / Hernandez G / Nelson RW / Scearce R / Seaman M / Moody MA / Santra S / Wiehe KJ / Tomaras GD / Wagh K / Korber B / Bonsignori M / Montefiori DC / Haynes BF / de Val N / Joyce GM / Saunders KO
履歴
登録2020年2月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年3月4日-
マップ公開2021年3月3日-
更新2021年3月3日-
現状2021年3月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.017
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.017
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21451.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21451.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CON-S ch.DS.SOSIP HIV Trimer bound to DH846 Fab
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.19 Å/pix.
x 160 pix.
= 350.4 Å		2.19 Å/pix.
x 160 pix.
= 350.4 Å		2.19 Å/pix.
x 160 pix.
= 350.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.19 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.017 / ムービー #1: 0.017
最小 - 最大-0.07590652 - 0.10004606
平均 (標準偏差)-0.00086888776 (±0.006556597)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 350.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.192.192.19
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z350.400350.400350.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-0.0760.100-0.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : CON-S ch.DS.SOSIP in complex with DH846 Fab

全体名称: CON-S ch.DS.SOSIP in complex with DH846 Fab
要素
  • 複合体: CON-S ch.DS.SOSIP in complex with DH846 Fab

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超分子 #1: CON-S ch.DS.SOSIP in complex with DH846 Fab

超分子名称: CON-S ch.DS.SOSIP in complex with DH846 Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK 293F cells
分子量実験値: 50 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMTRIStris
500.0 mMNaClsodium Chloride
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate
詳細: grids were glow discharged and using 0.7% UF they were stained.
グリッドモデル: C-flat / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (2k x 2k) / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm / 倍率（公称値）: 100000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER

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画像解析

粒子像選択選択した数: 8286
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 4599
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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