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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2133 | |||||||||
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タイトル | The Structure of Lactococcal Phage TP901-1 by electron microscopy: the capsid | |||||||||
マップデータ | Icosahedral reconstruction of the capsid of the phage TP901-1 | |||||||||
試料 |
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キーワード | EM / capsid / icosahedral / tp901 / lactococcal phage | |||||||||
生物種 | Lactococcus phage TP901-1 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Bebeacua C / Lai L / Skovgaard Vegge C / Brondsted L / van Heel M / Veesler D / Cambillau C | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2013 タイトル: Visualizing a complete Siphoviridae member by single-particle electron microscopy: the structure of lactococcal phage TP901-1. 著者: Cecilia Bebeacua / Livia Lai / Christina Skovgaard Vegge / Lone Brøndsted / Marin van Heel / David Veesler / Christian Cambillau / 要旨: Tailed phages are genome delivery machines exhibiting unequaled efficiency acquired over more than 3 billion years of evolution. Siphophages from the P335 and 936 families infect the Gram-positive ...Tailed phages are genome delivery machines exhibiting unequaled efficiency acquired over more than 3 billion years of evolution. Siphophages from the P335 and 936 families infect the Gram-positive bacterium Lactococcus lactis using receptor-binding proteins anchored to the host adsorption apparatus (baseplate). Crystallographic and electron microscopy (EM) studies have shed light on the distinct adsorption strategies used by phages of these two families, suggesting that they might also rely on different infection mechanisms. Here, we report electron microscopy reconstructions of the whole phage TP901-1 (P335 species) and propose a composite EM model of this gigantic molecular machine. Our results suggest conservation of structural proteins among tailed phages and add to the growing body of evidence pointing to a common evolutionary origin for these virions. Finally, we propose that host adsorption apparatus architectures have evolved in correlation with the nature of the receptors used during infection. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2133.map.gz | 8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2133-v30.xml emd-2133.xml | 10.5 KB 10.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_2133.tif | 732.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2133 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2133 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2133.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Icosahedral reconstruction of the capsid of the phage TP901-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Icosahedral capsid of the lactococcal phage TP901-1
全体 | 名称: Icosahedral capsid of the lactococcal phage TP901-1 |
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要素 |
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-超分子 #1000: Icosahedral capsid of the lactococcal phage TP901-1
超分子 | 名称: Icosahedral capsid of the lactococcal phage TP901-1 / タイプ: sample / ID: 1000 詳細: The sample corresponded to the full phage but only the capsid particles were selected. 集合状態: Icosahedral / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 13 MDa / 理論値: 13 MDa |
-超分子 #1: Lactococcus phage TP901-1
超分子 | 名称: Lactococcus phage TP901-1 / タイプ: virus / ID: 1 詳細: The sample contained the full phages with tail and baseplate. Only the capsids were selected. NCBI-ID: 35345 / 生物種: Lactococcus phage TP901-1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Lactococcus lactis (乳酸菌) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA) |
分子量 | 実験値: 13 MDa / 理論値: 13 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 600 Å / T番号(三角分割数): 7 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: SM buffer (100 mM sodium chloride, 10 mM magnesium sulfate, 50 mM Tris [pH 7.5], and 0.01% [wt/vol] gelatin) |
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グリッド | 詳細: Quantifoil grids were glow discharged for 20 seconds |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I / 手法: Blot for 2 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI/PHILIPS CM200FEG |
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温度 | 最低: 80 K / 最高: 105 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 130,000 times magnification. |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: FEI |
日付 | 2008年6月1日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GENERIC TVIPS (4k x 4k) 実像数: 200 / 平均電子線量: 10 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
-画像解析
詳細 | The particles were submitted to single-particle analysis with icosahedral symmetry using IMAGIC-V |
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CTF補正 | 詳細: Images |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMAGIC / 使用した粒子像数: 1500 |
最終 角度割当 | 詳細: ICOSAHEDRAL |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: Chimera |
詳細 | Protocol: Rigid body. Manually fitted 60 copies of the hexamer of HK97. Every hexamer was refined using Chimera. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 10 |