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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21307 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human NatB complex | |||||||||
マップデータ | NatB complex | |||||||||
試料 |
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キーワード | NatB / NAA20 / NAA25 / TRANSFERASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 N-terminal peptidyl-glutamine acetylation / N-terminal methionine Nalpha-acetyltransferase NatB / N-terminal peptidyl-aspartic acid acetylation / N-terminal peptidyl-glutamic acid acetylation / NatB complex / N-terminal protein amino acid acetylation / peptide alpha-N-acetyltransferase activity / Golgi apparatus / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli K-12 (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å | |||||||||
データ登録者 | Deng S / Marmorstein R | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: Molecular basis for N-terminal alpha-synuclein acetylation by human NatB. 著者: Sunbin Deng / Buyan Pan / Leah Gottlieb / E James Petersson / Ronen Marmorstein / 要旨: NatB is one of three major N-terminal acetyltransferase (NAT) complexes (NatA-NatC), which co-translationally acetylate the N-termini of eukaryotic proteins. Its substrates account for about 21% of ...NatB is one of three major N-terminal acetyltransferase (NAT) complexes (NatA-NatC), which co-translationally acetylate the N-termini of eukaryotic proteins. Its substrates account for about 21% of the human proteome, including well known proteins such as actin, tropomyosin, CDK2, and α-synuclein (αSyn). Human NatB (hNatB) mediated N-terminal acetylation of αSyn has been demonstrated to play key roles in the pathogenesis of Parkinson's disease and as a potential therapeutic target for hepatocellular carcinoma. Here we report the cryo-EM structure of hNatB bound to a CoA-αSyn conjugate, together with structure-guided analysis of mutational effects on catalysis. This analysis reveals functionally important differences with human NatA and NatB, resolves key hNatB protein determinants for αSyn N-terminal acetylation, and identifies important residues for substrate-specific recognition and acetylation by NatB enzymes. These studies have implications for developing small molecule NatB probes and for understanding the mode of substrate selection by NAT enzymes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21307.map.gz | 7.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21307-v30.xml emd-21307.xml | 15.2 KB 15.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_21307.png | 106 KB | ||
Filedesc metadata | emd-21307.cif.gz | 6.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21307 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21307 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21307_validation.pdf.gz | 395.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_21307_full_validation.pdf.gz | 395.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21307_validation.xml.gz | 5.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_21307_validation.cif.gz | 6.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21307 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21307 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6vp9MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10477 (タイトル: Cryo-EM structure of Human NatB with an Alpha-Synuclein peptide and CoA conjugate Data size: 2.0 TB Data #1: unaligned raw movies of hNatB with an Alpha-Synuclein peptide and CoA conjugate [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21307.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | NatB complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : human NatB complex
全体 | 名称: human NatB complex |
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要素 |
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-超分子 #1: human NatB complex
超分子 | 名称: human NatB complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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-超分子 #2: N-alpha-acetyltransferase 20, N-alpha-acetyltransferase 25, NatB ...
超分子 | 名称: N-alpha-acetyltransferase 20, N-alpha-acetyltransferase 25, NatB auxiliary subunit タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: MDVFM peptide
超分子 | 名称: MDVFM peptide / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: N-alpha-acetyltransferase 20
分子 | 名称: N-alpha-acetyltransferase 20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: N-terminal methionine Nalpha-acetyltransferase NatB |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 18.694168 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MTTLRAFTCD DLFRFNNINL DPLTETYGIP FYLQYLAHWP EYFIVAEAPG GELMGYIMGK AEGSVAREEW HGHVTALSVA PEFRRLGLA AKLMELLEEI SERKGGFFVD LFVRVSNQVA VNMYKQLGYS VYRTVIEYYS ASNGEPDEDA YDMRKALSRD T EKK UniProtKB: N-alpha-acetyltransferase 20 |
-分子 #2: N-alpha-acetyltransferase 25, NatB auxiliary subunit
分子 | 名称: N-alpha-acetyltransferase 25, NatB auxiliary subunit タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 112.444258 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MATRGHVQDP NDRRLRPIYD YLDNGNNKMA IQQADKLLKK HKDLHCAKVL KAIGLQRTGK QEEAFTLAQE VAALEPTDDN SLQALTILY REMHRPELVT KLYEAAVKKV PNSEEYHSHL FMAYARVGEY KKMQQAGMAL YKIVPKNPYY FWSVMSLIMQ S ISAQDENL ...文字列: MATRGHVQDP NDRRLRPIYD YLDNGNNKMA IQQADKLLKK HKDLHCAKVL KAIGLQRTGK QEEAFTLAQE VAALEPTDDN SLQALTILY REMHRPELVT KLYEAAVKKV PNSEEYHSHL FMAYARVGEY KKMQQAGMAL YKIVPKNPYY FWSVMSLIMQ S ISAQDENL SKTMFLPLAE RMVEKMVKED KIEAEAEVEL YYMILERLGK YQEALDVIRG KLGEKLTSEI QSRENKCMAM YK KLSRWPE CNALSRRLLL KNSDDWQFYL TYFDSVFRLI EEAWSPPAEG EHSLEGEVHY SAEKAVKFIE DRITEESKSS RHL RGPHLA KLELIRRLRS QGCNDEYKLG DPEELMFQYF KKFGDKPCCF TDLKVFVDLL PATQCTKFIN QLLGVVPLST PTED KLALP ADIRALQQHL CVVQLTRLLG LYHTMDKNQK LSVVRELMLR YQHGLEFGKT CLKTELQFSD YYCLLAVHAL IDVWR ETGD ETTVWQALTL LEEGLTHSPS NAQFKLLLVR IYCMLGAFEP VVDLYSSLDA KHIQHDTIGY LLTRYAESLG QYAAAS QSC NFALRFFHSN QKDTSEYIIQ AYKYGAFEKI PEFIAFRNRL NNSLHFAQVR TERMLLDLLL EANISTSLAE SIKSMNL RP EEDDIPWEDL RDNRDLNVFF SWDPKDRDVS EEHKKLSLEE ETLWLRIRSL TLRLISGLPS LNHPVEPKNS EKTAENGV S SRIDILRLLL QQLEATLETG KRFIEKDIQY PFLGPVPTRM GGFFNSGCSQ CQISSFYLVN DIYELDTSGL EDTMEIQER IENSFKSLLD QLKDVFSKCK GDLLEVKDGN LKTHPTLLEN LVFFVETISV ILWVSSYCES VLRPYKLNLQ KKKKKKKETS IIMPPVFTS FQDYVTGLQT LISNVVDHIK GLETHLIALK LEELILEDTS LSPEERKFSK TVQGKVQSSY LHSLLEMGEL L KKRLETTK KLKI UniProtKB: N-alpha-acetyltransferase 25, NatB auxiliary subunit |
-分子 #3: MDVFM peptide
分子 | 名称: MDVFM peptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 641.799 Da |
配列 | 文字列: MDVFM |
-分子 #4: CARBOXYMETHYL COENZYME *A
分子 | 名称: CARBOXYMETHYL COENZYME *A / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: CMC |
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分子量 | 理論値: 825.57 Da |
Chemical component information | ChemComp-CMC: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.0 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 289 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | #0 - Image recording ID: 1 #0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) #0 - 平均電子線量: 1.6 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2 #1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) #1 - 平均電子線量: 1.3 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-6vp9: |