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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21169 | |||||||||
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タイトル | De novo designed tetrahedral nanoparticle T33_dn2 presenting BG505-SOSIP | |||||||||
マップデータ | Tetrahedral nanoparticle T33_dn2 presenting BG505-SOSIP, Negative stain EM map | |||||||||
試料 |
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生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 34.17 Å | |||||||||
データ登録者 | Ward AB / Antanasijevic A | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: Tailored design of protein nanoparticle scaffolds for multivalent presentation of viral glycoprotein antigens. 著者: George Ueda / Aleksandar Antanasijevic / Jorge A Fallas / William Sheffler / Jeffrey Copps / Daniel Ellis / Geoffrey B Hutchinson / Adam Moyer / Anila Yasmeen / Yaroslav Tsybovsky / Young-Jun ...著者: George Ueda / Aleksandar Antanasijevic / Jorge A Fallas / William Sheffler / Jeffrey Copps / Daniel Ellis / Geoffrey B Hutchinson / Adam Moyer / Anila Yasmeen / Yaroslav Tsybovsky / Young-Jun Park / Matthew J Bick / Banumathi Sankaran / Rebecca A Gillespie / Philip Jm Brouwer / Peter H Zwart / David Veesler / Masaru Kanekiyo / Barney S Graham / Rogier W Sanders / John P Moore / Per Johan Klasse / Andrew B Ward / Neil P King / David Baker / 要旨: Multivalent presentation of viral glycoproteins can substantially increase the elicitation of antigen-specific antibodies. To enable a new generation of anti-viral vaccines, we designed self- ...Multivalent presentation of viral glycoproteins can substantially increase the elicitation of antigen-specific antibodies. To enable a new generation of anti-viral vaccines, we designed self-assembling protein nanoparticles with geometries tailored to present the ectodomains of influenza, HIV, and RSV viral glycoprotein trimers. We first designed trimers tailored for antigen fusion, featuring N-terminal helices positioned to match the C termini of the viral glycoproteins. Trimers that experimentally adopted their designed configurations were incorporated as components of tetrahedral, octahedral, and icosahedral nanoparticles, which were characterized by cryo-electron microscopy and assessed for their ability to present viral glycoproteins. Electron microscopy and antibody binding experiments demonstrated that the designed nanoparticles presented antigenically intact prefusion HIV-1 Env, influenza hemagglutinin, and RSV F trimers in the predicted geometries. This work demonstrates that antigen-displaying protein nanoparticles can be designed from scratch, and provides a systematic way to investigate the influence of antigen presentation geometry on the immune response to vaccination. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21169.map.gz | 9.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21169-v30.xml emd-21169.xml | 14.3 KB 14.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_21169.png | 134.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21169 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21169 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21169_validation.pdf.gz | 77.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_21169_full_validation.pdf.gz | 76.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21169_validation.xml.gz | 495 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21169 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21169 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21169.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Tetrahedral nanoparticle T33_dn2 presenting BG505-SOSIP, Negative stain EM map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Tetrahedral nanoparticle, T33_dn2, presenting BG505-SOSIP
全体 | 名称: Tetrahedral nanoparticle, T33_dn2, presenting BG505-SOSIP |
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要素 |
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-超分子 #1: Tetrahedral nanoparticle, T33_dn2, presenting BG505-SOSIP
超分子 | 名称: Tetrahedral nanoparticle, T33_dn2, presenting BG505-SOSIP タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: 4 copies of BG505-SOSIP presented |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換株: HEK293F / 組換プラスミド: pPPI4 |
-分子 #1: BG505-SOSIP-T33_dn2A
分子 | 名称: BG505-SOSIP-T33_dn2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MKRGLCCVLL LCGAVFVSPS QEIHARFRRG ARAENLWVTV YYGVPVWKDA ETTLFCASDA KAYETKKHNV WATHCCVPTD PNPQEIHLEN VTEEFNMWKN NMVEQMHTDI ISLWDQSLKP CVKLTPLCVT LQCTNVTNNI TDDMRGELKN CSFNMTTELR DKKQKVYSLF ...文字列: MKRGLCCVLL LCGAVFVSPS QEIHARFRRG ARAENLWVTV YYGVPVWKDA ETTLFCASDA KAYETKKHNV WATHCCVPTD PNPQEIHLEN VTEEFNMWKN NMVEQMHTDI ISLWDQSLKP CVKLTPLCVT LQCTNVTNNI TDDMRGELKN CSFNMTTELR DKKQKVYSLF YRLDVVQINE NQGNRSNNSN KEYRLINCNT SAITQACPKV SFEPIPIHYC APAGFAILKC KDKKFNGTGP CTNVSTVQCT HGIKPVVSTQ LLLNGSLAEE EVIIRSENIT NNAKNILVQL NESVQINCTR PNNNTVKSIR IGPGQWFYYT GDIIGDIRQA HCNVSKATWN ETLGKVVKQL RKHFGNNTII RFANSSGGDL EVTTHSFNCG GEFFYCNTSG LFNSTWISNT SVQGSNSTGS NDSITLPCRI KQIINMWQRI GQAMYAPPIQ GVIRCVSNIT GLILTRDGGS TNSTTETFRP GGGDMRDNWR SELYKYKVVK IEPLGVAPTR CKRRVVGRRR RRRAVGIGAV SLGFLGAAGS TMGAASMTLT VQARNLLSGI VQQQSNLLRA PECQQHLLKD THWGIKQLQA RVLAVEHYLR DQQLLGIWGC SGKLICCTNV PWNSSWSNRN LSEIWDNMTW LQWDKEISNY TQIIYGLLEE SQNQQEKNEQ DLLELDKWAS LWGSMGNLAE KMYKAGNAMY RKGQYTIAII AYTLALLKDP NNAEAWYNLG NAAYKKGEYD EAIEAYQKAL ELDPNNAEAW YNLGNAYYKQ GDYDEAIEYY KKALRLDPRN VDAIENLIEA EEKQGAS |
-分子 #2: T33_dn2B
分子 | 名称: T33_dn2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MEEAELAYLL GELAYKLGEY RIAIRAYRIA LKRDPNNAEA WYNLGNAYYK QGDYREAIRY YLRALKLDPE NAEAWYNLGN ALYKQGKYDL AIIAYQAALE EDPNNAEAKQ NLGNAKQKQG LEHHHHHH |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.05 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: TBS buffer, pH 7.4 | |||||||||
染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate 詳細: Sample diluted to 0.05 mg/mL. 3 uL was applied onto the grid, blotted off, and then stained with 2% uranyl formate for 60 seconds. | |||||||||
グリッド | 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS | |||||||||
詳細 | BG505-SOSIP-T33_dn2 nanoparticle was purified by SEC, diluted to 0.05mg/ml and loaded onto a grid. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI SPIRIT |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) 平均電子線量: 25.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company |