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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20837 | |||||||||
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タイトル | Equine spleen apoferritin prepared with the Shake-it-off device | |||||||||
![]() | apoferritin prepared by the shake-it-off device | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() : / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / iron ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
![]() | Rubinstein JL / Guo H / Ripstein ZA / Benlekbir S | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Shake-it-off: a simple ultrasonic cryo-EM specimen-preparation device. 著者: John L Rubinstein / Hui Guo / Zev A Ripstein / Ali Haydaroglu / Aaron Au / Christopher M Yip / Justin M Di Trani / Samir Benlekbir / Timothy Kwok / ![]() 要旨: Although microscopes and image-analysis software for electron cryomicroscopy (cryo-EM) have improved dramatically in recent years, specimen-preparation methods have lagged behind. Most strategies ...Although microscopes and image-analysis software for electron cryomicroscopy (cryo-EM) have improved dramatically in recent years, specimen-preparation methods have lagged behind. Most strategies still rely on blotting microscope grids with paper to produce a thin film of solution suitable for vitrification. This approach loses more than 99.9% of the applied sample and requires several seconds, leading to problematic air-water interface interactions for macromolecules in the resulting thin film of solution and complicating time-resolved studies. Recently developed self-wicking EM grids allow the use of small volumes of sample, with nanowires on the grid bars removing excess solution to produce a thin film within tens of milliseconds from sample application to freezing. Here, a simple cryo-EM specimen-preparation device that uses components from an ultrasonic humidifier to transfer protein solution onto a self-wicking EM grid is presented. The device is controlled by a Raspberry Pi single-board computer and all components are either widely available or can be manufactured by online services, allowing the device to be constructed in laboratories that specialize in cryo-EM rather than instrument design. The simple open-source design permits the straightforward customization of the instrument for specialized experiments. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 20.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.7 KB 15.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 83.4 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 22.2 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() | 20.3 MB 20.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 79.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 78.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 496 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | apoferritin prepared by the shake-it-off device | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B - from cryoSPARC
ファイル | emd_20837_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B - from cryoSPARC | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A - from cryoSPARC
ファイル | emd_20837_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A - from cryoSPARC | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : apoferritin
全体 | 名称: apoferritin |
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要素 |
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-超分子 #1: apoferritin
超分子 | 名称: apoferritin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: purified from equine spleen, commercially available |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 480 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 5 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 支持フィルム - Film thickness: 35.0 nm / 前処理 - 雰囲気: AIR 詳細: 5 msec spray onto homemade self-wicking copper nanowire grids grown on Cu/Rh 400 mesh grid with 2 micrometer holes spaced 4 micrometer centre-to-centre in sputtered gold. | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 40 % / チャンバー内温度: 295 K / 詳細: Experimental Shake-it-off grid freezing device. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 324 / 平均露光時間: 30.0 sec. / 平均電子線量: 21.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |