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- EMDB-20553: Cryo-EM structure of DDB1dB-DCAF15-DDA1 bound to E7820 and RBM39 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20553
タイトルCryo-EM structure of DDB1dB-DCAF15-DDA1 bound to E7820 and RBM39
マップデータFinal refinement map
試料
  • 複合体: Complex of DDB1-DCAF15-DDA1 bound to E7820 and the second RRM of RBM39
    • タンパク質・ペプチド: DNA damage-binding protein 1
    • タンパク質・ペプチド: DDB1 and CUL4 associated factor 15
    • タンパク質・ペプチド: RNA binding motif protein 39
    • タンパク質・ペプチド: DET1 And DDB1 Associated 1
機能・相同性
機能・相同性情報


RS domain binding / regulation of natural killer cell activation / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / spindle assembly involved in female meiosis / U1 snRNP binding / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / biological process involved in interaction with symbiont ...RS domain binding / regulation of natural killer cell activation / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / spindle assembly involved in female meiosis / U1 snRNP binding / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / biological process involved in interaction with symbiont / WD40-repeat domain binding / regulation of mitotic cell cycle phase transition / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / immune system process / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / cullin family protein binding / viral release from host cell / centriolar satellite / ectopic germ cell programmed cell death / small molecule binding / proteasomal protein catabolic process / positive regulation of viral genome replication / RNA processing / positive regulation of gluconeogenesis / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / nucleotide-excision repair / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / DNA Damage Recognition in GG-NER / regulation of circadian rhythm / Dual Incision in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / mRNA processing / Wnt signaling pathway / Formation of Incision Complex in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / protein polyubiquitination / positive regulation of protein catabolic process / cellular response to UV / microtubule cytoskeleton / rhythmic process / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / Neddylation / site of double-strand break / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / chromosome, telomeric region / damaged DNA binding / protein ubiquitination / nuclear speck / DNA repair / apoptotic process / DNA damage response / protein-containing complex binding / nucleolus / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DDB1- and CUL4-associated factor 15, WD40 repeat-containing domain / DDB1- and CUL4-associated factor 15 / : / DDB1-and CUL4-substrate receptor 15, WD repeat / DET1- and DDB1-associated protein 1, N-terminal / DET1- and DDB1-associated protein 1 / Det1 complexing ubiquitin ligase / Splicing factor, RBM39-like / Splicing factor RBM39, linker / linker between RRM2 and RRM3 domains in RBM39 protein ...DDB1- and CUL4-associated factor 15, WD40 repeat-containing domain / DDB1- and CUL4-associated factor 15 / : / DDB1-and CUL4-substrate receptor 15, WD repeat / DET1- and DDB1-associated protein 1, N-terminal / DET1- and DDB1-associated protein 1 / Det1 complexing ubiquitin ligase / Splicing factor, RBM39-like / Splicing factor RBM39, linker / linker between RRM2 and RRM3 domains in RBM39 protein / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / Mono-functional DNA-alkylating methyl methanesulfonate N-term / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / CPSF A subunit region / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-binding protein 39 / DNA damage-binding protein 1 / DDB1- and CUL4-associated factor 15 / DET1- and DDB1-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Faust T / Yoon H / Nowak RP / Donovan KA / Li Z / Cai Q / Eleuteri NA / Zhang T / Gray NS / Fischer ES
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer InstituteR01CA214608 米国
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2020
タイトル: Structural complementarity facilitates E7820-mediated degradation of RBM39 by DCAF15.
著者: Tyler B Faust / Hojong Yoon / Radosław P Nowak / Katherine A Donovan / Zhengnian Li / Quan Cai / Nicholas A Eleuteri / Tinghu Zhang / Nathanael S Gray / Eric S Fischer /
要旨: The investigational drugs E7820, indisulam and tasisulam (aryl-sulfonamides) promote the degradation of the splicing factor RBM39 in a proteasome-dependent mechanism. While the activity critically ...The investigational drugs E7820, indisulam and tasisulam (aryl-sulfonamides) promote the degradation of the splicing factor RBM39 in a proteasome-dependent mechanism. While the activity critically depends on the cullin RING ligase substrate receptor DCAF15, the molecular details remain elusive. Here we present the cryo-EM structure of the DDB1-DCAF15-DDA1 core ligase complex bound to RBM39 and E7820 at a resolution of 4.4 Å, together with crystal structures of engineered subcomplexes. We show that DCAF15 adopts a new fold stabilized by DDA1, and that extensive protein-protein contacts between the ligase and substrate mitigate low affinity interactions between aryl-sulfonamides and DCAF15. Our data demonstrate how aryl-sulfonamides neo-functionalize a shallow, non-conserved pocket on DCAF15 to selectively bind and degrade RBM39 and the closely related splicing factor RBM23 without the requirement for a high-affinity ligand, which has broad implications for the de novo discovery of molecular glue degraders.
履歴
登録2019年8月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年8月14日-
マップ公開2019年11月20日-
更新2020年11月25日-
現状2020年11月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0119
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0119
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20553.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20553.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 50.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Final refinement map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.059 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0119 / ムービー #1: 0.0119
最小 - 最大-0.033653937 - 0.04070471
平均 (標準偏差)0.00002029801 (±0.0015149929)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ236236236
Spacing236236236
セルA=B=C: 249.92401 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0591.0591.059
M x/y/z236236236
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z249.924249.924249.924
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ172172172
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS236236236
D min/max/mean-0.0340.0410.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_20553_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Sharpened refinement map

ファイルemd_20553_additional.map
注釈Sharpened refinement map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Sharpened refinement map

ファイルemd_20553_additional_1.map
注釈Sharpened refinement map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_20553_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_20553_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of DDB1-DCAF15-DDA1 bound to E7820 and the second RRM of RBM39

全体名称: Complex of DDB1-DCAF15-DDA1 bound to E7820 and the second RRM of RBM39
要素
  • 複合体: Complex of DDB1-DCAF15-DDA1 bound to E7820 and the second RRM of RBM39
    • タンパク質・ペプチド: DNA damage-binding protein 1
    • タンパク質・ペプチド: DDB1 and CUL4 associated factor 15
    • タンパク質・ペプチド: RNA binding motif protein 39
    • タンパク質・ペプチド: DET1 And DDB1 Associated 1

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超分子 #1: Complex of DDB1-DCAF15-DDA1 bound to E7820 and the second RRM of RBM39

超分子名称: Complex of DDB1-DCAF15-DDA1 bound to E7820 and the second RRM of RBM39
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Compound: E7820; Chemical Name: 3-Cyano-N-(3-cyano-4-methyl-1H-indol-7-yl)benzenesulfonamide
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
分子量理論値: 193 KDa

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分子 #1: DNA damage-binding protein 1

分子名称: DNA damage-binding protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGSSHHHHHH SAAHIVMVDA YKPTKGGRMS YNYVVTAQKP TAVNGCVTGH FTSAEDLNLL IAKNTRLEIY VVTAEGLRPV KEVGMYGKIA VMELFRPKGE SKDLLFILTA KYNACILEYK QSGESIDIIT RAHGNVQDRI GRPSETGIIG IIDPECRMIG LRLYDGLFKV ...文字列:
MGSSHHHHHH SAAHIVMVDA YKPTKGGRMS YNYVVTAQKP TAVNGCVTGH FTSAEDLNLL IAKNTRLEIY VVTAEGLRPV KEVGMYGKIA VMELFRPKGE SKDLLFILTA KYNACILEYK QSGESIDIIT RAHGNVQDRI GRPSETGIIG IIDPECRMIG LRLYDGLFKV IPLDRDNKEL KAFNIRLEEL HVIDVKFLYG CQAPTICFVY QDPQGRHVKT YEVSLREKEF NKGPWKQENV EAEASMVIAV PEPFGGAIII GQESITYHNG DKYLAIAPPI IKQSTIVCHN RVDPNGSRYL LGDMEGRLFM LLLEKEEQMD GTVTLKDLRV ELLGETSIAE CLTYLDNGVV FVGSRLGDSQ LVKLNVDSNE QGSYVVAMET FTNLGPIVDM CVVDLERQGQ GQLVTCSGAF KEGSLRIIRN GIGGNGNSGE IQKLHIRTVP LYESPRKICY QEVSQCFGVL SSRIEVQDTS GGTTALRPSA STQALSSSVS SSKLFSSSTA PHETSFGEEV EVHNLLIIDQ HTFEVLHAHQ FLQNEYALSL VSCKLGKDPN TYFIVGTAMV YPEEAEPKQG RIVVFQYSDG KLQTVAEKEV KGAVYSMVEF NGKLLASINS TVRLYEWTTE KELRTECNHY NNIMALYLKT KGDFILVGDL MRSVLLLAYK PMEGNFEEIA RDFNPNWMSA VEILDDDNFL GAENAFNLFV CQKDSAATTD EERQHLQEVG LFHLGEFVNV FCHGSLVMQN LGETSTPTQG SVLFGTVNGM IGLVTSLSES WYNLLLDMQN RLNKVIKSVG KIEHSFWRSF HTERKTEPAT GFIDGDLIES FLDISRPKMQ EVVANLQYDD GSGMKREATA DDLIKVVEEL TRIH

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分子 #2: DDB1 and CUL4 associated factor 15

分子名称: DDB1 and CUL4 associated factor 15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDWSHPQFEK SAVDENLYFQ GGGRMAPSSK SERNSGAGSG GGGPGGAGGK RAAGRRREHV LKQLERVKIS GQLSPRLFRK LPPRVCVSLK NIVDEDFLYA GHIFLGFSKC GRYVLSYTSS SGDDDFSFYI YHLYWWEFNV HSKLKLVRQV RLFQDEEIYS DLYLTVCEWP ...文字列:
MDWSHPQFEK SAVDENLYFQ GGGRMAPSSK SERNSGAGSG GGGPGGAGGK RAAGRRREHV LKQLERVKIS GQLSPRLFRK LPPRVCVSLK NIVDEDFLYA GHIFLGFSKC GRYVLSYTSS SGDDDFSFYI YHLYWWEFNV HSKLKLVRQV RLFQDEEIYS DLYLTVCEWP SDASKVIVFG FNTRSANGML MNMMMMSDEN HRDIYVSTVA VPPPGRCAAC QDASRAHPGD PNAQCLRHGF MLHTKYQVVY PFPTFQPAFQ LKKDQVVLLN TSYSLVACAV SVHSAGDRSF CQILYDHSTC PLAPASPPEP QSPELPPALP SFCPEAAPAR SSGSPEPSPA IAKAKEFVAD IFRRAKEAKG GVPEEARPAL CPGPSGSRCR AHSEPLALCG ETAPRDSPPA SEAPASEPGY VNYTKLYYVL ESGEGTEPED ELEDDKISLP FVVTDLRGRN LRPMRERTAV QGQYLTVEQL TLDFEYVINE VIRHDATWGH QFCSFSDYDI VILEVCPETN QVLINIGLLL LAFPSPTEEG QLRPKTYHTS LKVAWDLNTG IFETVSVGDL TEVKGQTSGS VWSSYRKSCV DMVMKWLVPE SSGRYVNRMT NEALHKGCSL KVLADSERYT WIVL

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分子 #4: RNA binding motif protein 39

分子名称: RNA binding motif protein 39 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MGSSHHHHHH SAVDENLYFQ GGCGRGSAGP MRLYVGSLHF NITEDMLRGI FEPFGRIESI QLMMDSETGR SKGYGFITFS DSECAKKALE QLNGFELAGR PMKVGHVTER TDA

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分子 #5: DET1 And DDB1 Associated 1

分子名称: DET1 And DDB1 Associated 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MGSSHHHHHH SAVDENLYFQ GGGRMADFLK GLPVYNKSNF SRFHADSVCK ASNRRPSVYL PTREYPSEQI IVTEKTNILL RYLHQQWDKK NAAKKRDQEQ VELEGESSAP PRKVARTDSP DMHEDT

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.048 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMHEPES4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
150.0 mMNaClsodium chloride
2.0 mMTCEPtris(2-carboxyethyl)phosphine
20.0 uME7820N-(3-cyano-4-methyl-1H-indol-7-yl)-3-cyanobenzene-sulfonamide

詳細: Gel filtration buffer was made fresh the day of the purification
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 99 % / チャンバー内温度: 286 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: Blotted for 3 seconds before plunging..
詳細This sample was monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 9393 / 平均電子線量: 54.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 923678
詳細: Initial 2D and 3D classification resulted in 923,678 particles
CTF補正ソフトウェア: (名称: CTFFIND (ver. 4.1), RELION (ver. 3.0.4))
詳細: Standard CTF correction inside Relion
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Relion 3.0.4 was used to generate an initial model from the data.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.4) / 使用した粒子像数: 75529
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.4)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.4)
最終 3次元分類クラス数: 8 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.4)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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