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万見
- EMDB-20551: Structure of a MAPK pathway complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20551
タイトルStructure of a MAPK pathway complex
マップデータStructure of a MAPK pathway complex
試料
  • 複合体: ERK pathway complex
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase B-raf
    • タンパク質・ペプチド: 14-3-3 protein zeta/delta
キーワードTRANSFERASE / SIGNALING PROTEIN-Transferase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


synaptic target recognition / Golgi reassembly / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of axon regeneration / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / establishment of Golgi localization / Signalling to p38 via RIT and RIN / respiratory system process ...synaptic target recognition / Golgi reassembly / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of axon regeneration / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / establishment of Golgi localization / Signalling to p38 via RIT and RIN / respiratory system process / head morphogenesis / ARMS-mediated activation / tube formation / myeloid progenitor cell differentiation / endothelial cell apoptotic process / regulation of synapse maturation / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / Rap1 signalling / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / negative regulation of fibroblast migration / establishment of protein localization to membrane / positive regulation of axonogenesis / negative regulation of protein localization to nucleus / regulation of T cell differentiation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / GP1b-IX-V activation signalling / Frs2-mediated activation / stress fiber assembly / face development / MAP kinase kinase activity / thyroid gland development / synaptic vesicle exocytosis / Regulation of localization of FOXO transcription factors / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / somatic stem cell population maintenance / phosphoserine residue binding / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / MAP kinase kinase kinase activity / Activation of BAD and translocation to mitochondria / protein targeting / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / cellular response to glucose starvation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of stress fiber assembly / negative regulation of TORC1 signaling / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / substrate adhesion-dependent cell spreading / cellular response to calcium ion / lung development / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / protein sequestering activity / negative regulation of innate immune response / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / thymus development / animal organ morphogenesis / Spry regulation of FGF signaling / Negative regulation of NOTCH4 signaling / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / RAF activation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / visual learning / regulation of protein stability / Negative regulation of MAPK pathway / centriolar satellite / long-term synaptic potentiation / cellular response to xenobiotic stimulus / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / melanosome / intracellular protein localization / T cell differentiation in thymus / MAPK cascade / presynapse / T cell receptor signaling pathway / regulation of cell population proliferation / cell body / scaffold protein binding / blood microparticle / vesicle / angiogenesis / protein phosphatase binding / DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of neuron apoptotic process / transmembrane transporter binding / neuron projection
類似検索 - 分子機能
Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) ...Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ubiquitin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase B-raf / 14-3-3 protein zeta/delta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.8 Å
データ登録者Park E / Rawson S
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)P50CA165962 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R50CA221830 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Architecture of autoinhibited and active BRAF-MEK1-14-3-3 complexes.
著者: Eunyoung Park / Shaun Rawson / Kunhua Li / Byeong-Won Kim / Scott B Ficarro / Gonzalo Gonzalez-Del Pino / Humayun Sharif / Jarrod A Marto / Hyesung Jeon / Michael J Eck /
要旨: RAF family kinases are RAS-activated switches that initiate signalling through the MAP kinase cascade to control cellular proliferation, differentiation and survival. RAF activity is tightly ...RAF family kinases are RAS-activated switches that initiate signalling through the MAP kinase cascade to control cellular proliferation, differentiation and survival. RAF activity is tightly regulated and inappropriate activation is a frequent cause of cancer; however, the structural basis for RAF regulation is poorly understood at present. Here we use cryo-electron microscopy to determine autoinhibited and active-state structures of full-length BRAF in complexes with MEK1 and a 14-3-3 dimer. The reconstruction reveals an inactive BRAF-MEK1 complex restrained in a cradle formed by the 14-3-3 dimer, which binds the phosphorylated S365 and S729 sites that flank the BRAF kinase domain. The BRAF cysteine-rich domain occupies a central position that stabilizes this assembly, but the adjacent RAS-binding domain is poorly ordered and peripheral. The 14-3-3 cradle maintains autoinhibition by sequestering the membrane-binding cysteine-rich domain and blocking dimerization of the BRAF kinase domain. In the active state, these inhibitory interactions are released and a single 14-3-3 dimer rearranges to bridge the C-terminal pS729 binding sites of two BRAFs, which drives the formation of an active, back-to-back BRAF dimer. Our structural snapshots provide a foundation for understanding normal RAF regulation and its mutational disruption in cancer and developmental syndromes.
履歴
登録2019年8月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年10月2日-
マップ公開2019年10月9日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.021
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.021
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6q0k
  • 表面レベル: 0.021
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20551.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20551.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of a MAPK pathway complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å		0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å		0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.021 / ムービー #1: 0.021
最小 - 最大-0.037883114 - 0.12774667
平均 (標準偏差)0.00048250504 (±0.004253514)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 217.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.850.850.85
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z217.600217.600217.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0380.1280.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : ERK pathway complex

全体名称: ERK pathway complex
要素
  • 複合体: ERK pathway complex
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase B-raf
    • タンパク質・ペプチド: 14-3-3 protein zeta/delta

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超分子 #1: ERK pathway complex

超分子名称: ERK pathway complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 233 kDa/nm

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分子 #1: Serine/threonine-protein kinase B-raf

分子名称: Serine/threonine-protein kinase B-raf / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 89.322812 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSYYHHHHHH HHDIPTTENL YFQGAMDMAA LSGGGGGGAE PGQALFNGDM EPEAGAGAGA AASSAADPAI PEEVWNIKQM IKLTQEHIE ALLDKFGGEH NPPSIYLEAY EEYTSKLDAL QQREQQLLES LGNGTDFSVS SSASMDTVTS SSSSSLSVLP S SLSVFQNP ...文字列:
MSYYHHHHHH HHDIPTTENL YFQGAMDMAA LSGGGGGGAE PGQALFNGDM EPEAGAGAGA AASSAADPAI PEEVWNIKQM IKLTQEHIE ALLDKFGGEH NPPSIYLEAY EEYTSKLDAL QQREQQLLES LGNGTDFSVS SSASMDTVTS SSSSSLSVLP S SLSVFQNP TDVARSNPKS PQKPIVRVFL PNKQRTVVPA RCGVTVRDSL KKALMMRGLI PECCAVYRIQ DGEKKPIGWD TD ISWLTGE ELHVEVLENV PLTTHNFVRK TFFTLAFCDF CRKLLFQGFR CQTCGYKFHQ RCSTEVPLMC VNYDQLDLLF VSK FFEHHP IPQEEASLAE TALTSGSSPS APASDSIGPQ ILTSPSPSKS IPIPQPFRPA DEDHRNQFGQ RDRSSSAPNV HINT IEPVN IDDLIRDQGF RGDGGSTTGL SATPPASLPG SLTNVKALQK SPGPQRERKS SSSSEDRNRM KTLGRRDSSD DWEIP DGQI TVGQRIGSGS FGTVYKGKWH GDVAVKMLNV TAPTPQQLQA FKNEVGVLRK TRHVNILLFM GYSTKPQLAI VTQWCE GSS LYHHLHIIET KFEMIKLIDI ARQTAQGMDY LHAKSIIHRD LKSNNIFLHE DLTVKIGDFG LATVKSRWSG SHQFEQL SG SILWMAPEVI RMQDKNPYSF QSDVYAFGIV LYELMTGQLP YSNINNRDQI IFMVGRGYLS PDLSKVRSNC PKAMKRLM A ECLKKKRDER PLFPQILASI ELLARSLPKI HRSA(SEP)EPSLN RAGFQTEDFS LYACASPKTP IQAGGYGAFP VHGTS AWSH PQFEK

UniProtKB: Serine/threonine-protein kinase B-raf

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分子 #2: 14-3-3 protein zeta/delta

分子名称: 14-3-3 protein zeta/delta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.777092 KDa
配列文字列: MDKNELVQKA KLAEQAERYD DMAACMKSVT EQGAELSNEE RNLLSVAYKN VVGARRSSWR VVSSIEQKTE GAEKKQQMAR EYREKIETE LRDICNDVLS LLEKFLIPNA SQAESKVFYL KMKGDYYRYL AEVAAGDDKK GIVDQSQQAY QEAFEISKKE M QPTHPIRL ...文字列:
MDKNELVQKA KLAEQAERYD DMAACMKSVT EQGAELSNEE RNLLSVAYKN VVGARRSSWR VVSSIEQKTE GAEKKQQMAR EYREKIETE LRDICNDVLS LLEKFLIPNA SQAESKVFYL KMKGDYYRYL AEVAAGDDKK GIVDQSQQAY QEAFEISKKE M QPTHPIRL GLALNFSVFY YEILNSPEKA CSLAKTAFDE AIAELDTLSE ESYKDSTLIM QLLRDNLTLW TSDTQGDEAE AG EGGEN

UniProtKB: 14-3-3 protein zeta/delta

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 66215
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

4mne

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

4mne

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3nkx

chain_id: X, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3nkx

chain_id: Y, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6q0k:
Structure of a MAPK pathway complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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