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- EMDB-20217: Structure of SIVsmm Nef and SMM tetherin bound to the clathrin ad... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20217
タイトルStructure of SIVsmm Nef and SMM tetherin bound to the clathrin adaptor AP-2 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Structure of SIVsmm Nef and SMM tetherin bound to the clathrin adaptor AP-2 complex
    • タンパク質・ペプチド: AP-2 complex subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: AP-2 complex subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Adaptor protein complex AP-2, mu1
    • タンパク質・ペプチド: Tetherin,Protein Nef
    • タンパク質・ペプチド: AP-2 complex subunit sigma
キーワードAP / HIV / Nef / trafficking / Protein transport / viral restriction factor
機能・相同性
機能・相同性情報


AP-type membrane coat adaptor complex / Formation of annular gap junctions / Gap junction degradation / LDL clearance / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / clathrin coat / postsynaptic endocytic zone / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / LDL clearance ...AP-type membrane coat adaptor complex / Formation of annular gap junctions / Gap junction degradation / LDL clearance / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / clathrin coat / postsynaptic endocytic zone / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / LDL clearance / Retrograde neurotrophin signalling / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / VLDLR internalisation and degradation / Retrograde neurotrophin signalling / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / VLDLR internalisation and degradation / extrinsic component of presynaptic endocytic zone membrane / clathrin adaptor complex / cardiac septum development / metalloendopeptidase inhibitor activity / Recycling pathway of L1 / MHC class II antigen presentation / AP-2 adaptor complex / regulation of vesicle size / postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / clathrin coat assembly / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Recycling pathway of L1 / Clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of synaptic vesicle endocytosis / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / clathrin adaptor activity / Clathrin-mediated endocytosis / membrane coat / vesicle budding from membrane / positive regulation of protein localization to membrane / clathrin-dependent endocytosis / MHC class II antigen presentation / signal sequence binding / coronary vasculature development / aorta development / ventricular septum development / Neutrophil degranulation / clathrin binding / low-density lipoprotein particle receptor binding / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / positive regulation of endocytosis / positive regulation of receptor internalization / synaptic vesicle endocytosis / negative regulation of protein localization to plasma membrane / vesicle-mediated transport / protein serine/threonine kinase binding / phosphatidylinositol binding / secretory granule / kidney development / intracellular protein transport / cytoplasmic side of plasma membrane / kinase binding / disordered domain specific binding / synaptic vesicle / heart development / protein-containing complex assembly / cytoplasmic vesicle / defense response to virus / transmembrane transporter binding / postsynapse / protein domain specific binding / innate immune response / intracellular membrane-bounded organelle / synapse / lipid binding / protein-containing complex binding / protein kinase binding / GTP binding / host cell plasma membrane / glutamatergic synapse / cell surface / Golgi apparatus / mitochondrion / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bone marrow stromal antigen 2 / Bone marrow stromal antigen 2 / AP-2 complex subunit sigma / Clathrin adaptor, alpha-adaptin, appendage, C-terminal subdomain / Adaptor protein complex AP-2, alpha subunit / Alpha adaptin AP2, C-terminal domain / Mu2, C-terminal domain / AP-2 complex subunit mu, N-terminal / Clathrin adaptor, beta-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Beta2-adaptin appendage, C-terminal sub-domain ...Bone marrow stromal antigen 2 / Bone marrow stromal antigen 2 / AP-2 complex subunit sigma / Clathrin adaptor, alpha-adaptin, appendage, C-terminal subdomain / Adaptor protein complex AP-2, alpha subunit / Alpha adaptin AP2, C-terminal domain / Mu2, C-terminal domain / AP-2 complex subunit mu, N-terminal / Clathrin adaptor, beta-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Beta2-adaptin appendage, C-terminal sub-domain / HIV negative factor Nef / AP-1/2/4 complex subunit beta / Adaptor protein complex, sigma subunit / HIV-1 Nef protein, core domain superfamily / Negative factor, (F-Protein) or Nef / : / Beta-adaptin appendage, C-terminal subdomain / Beta2-adaptin appendage, C-terminal sub-domain / AP complex subunit beta / Clathrin adaptor complex, small chain / Clathrin adaptor complexes small chain signature. / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 1. / Clathrin adaptor, mu subunit / Clathrin adaptor, mu subunit, conserved site / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 2. / : / Coatomer/calthrin adaptor appendage, C-terminal subdomain / Clathrin adaptor, alpha/beta/gamma-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Adaptin C-terminal domain / Adaptin C-terminal domain / AP complex, mu/sigma subunit / Clathrin adaptor complex small chain / Adaptor complexes medium subunit family / AP-2 complex subunit mu, C-terminal superfamily / Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal / Adaptin N terminal region / Mu homology domain / Mu homology domain (MHD) profile. / Clathrin adaptor, appendage, Ig-like subdomain superfamily / Longin-like domain superfamily / TBP domain superfamily / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Tetherin variant Sm2 / AP-2 complex subunit alpha-2 / AP-2 complex subunit sigma / AP-2 complex subunit beta / AP-2 complex subunit mu / Protein Nef / AP-2 complex subunit mu / AP-2 complex subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Mus musculus (ハツカネズミ) / Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Buffalo CZ / Ren X
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)F32 GM125209 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI120691 米国
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2019
タイトル: Structural Basis for Tetherin Antagonism as a Barrier to Zoonotic Lentiviral Transmission.
著者: Cosmo Z Buffalo / Christina M Stürzel / Elena Heusinger / Dorota Kmiec / Frank Kirchhoff / James H Hurley / Xuefeng Ren /
要旨: Tetherin is a host defense factor that physically prevents virion release from the plasma membrane. The Nef accessory protein of simian immunodeficiency virus (SIV) engages the clathrin adaptor AP-2 ...Tetherin is a host defense factor that physically prevents virion release from the plasma membrane. The Nef accessory protein of simian immunodeficiency virus (SIV) engages the clathrin adaptor AP-2 to downregulate tetherin via its DIWK motif. As human tetherin lacks DIWK, antagonism of tetherin by Nef is a barrier to simian-human transmission of non-human primate lentiviruses. To determine the molecular basis for tetherin counteraction, we reconstituted the AP-2 complex with a simian tetherin and SIV Nef and determined its structure by cryoelectron microscopy (cryo-EM). Nef refolds the first α-helix of the β2 subunit of AP-2 to a β hairpin, creating a binding site for the DIWK sequence. The tetherin binding site in Nef is distinct from those of most other Nef substrates, including MHC class I, CD3, and CD4 but overlaps with the site for the restriction factor SERINC5. This structure explains the dependence of SIVs on tetherin DIWK and consequent barrier to human transmission.
履歴
登録2019年5月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年8月21日-
マップ公開2019年9月25日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.485
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.485
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6owt
  • 表面レベル: 0.485
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20217.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20217.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.15 Å/pix.
x 256 pix.
= 294.144 Å		1.15 Å/pix.
x 256 pix.
= 294.144 Å		1.15 Å/pix.
x 256 pix.
= 294.144 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.149 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.485 / ムービー #1: 0.485
最小 - 最大-2.185999 - 3.475225
平均 (標準偏差)0.0033728944 (±0.06059342)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 294.144 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.1491.1491.149
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z294.144294.144294.144
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ1548552
NX/NY/NZ198170217
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-2.1863.4750.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Structure of SIVsmm Nef and SMM tetherin bound to the clathrin ad...

全体名称: Structure of SIVsmm Nef and SMM tetherin bound to the clathrin adaptor AP-2 complex
要素
  • 複合体: Structure of SIVsmm Nef and SMM tetherin bound to the clathrin adaptor AP-2 complex
    • タンパク質・ペプチド: AP-2 complex subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: AP-2 complex subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Adaptor protein complex AP-2, mu1
    • タンパク質・ペプチド: Tetherin,Protein Nef
    • タンパク質・ペプチド: AP-2 complex subunit sigma

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超分子 #1: Structure of SIVsmm Nef and SMM tetherin bound to the clathrin ad...

超分子名称: Structure of SIVsmm Nef and SMM tetherin bound to the clathrin adaptor AP-2 complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 203.6 KDa

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分子 #1: AP-2 complex subunit alpha

分子名称: AP-2 complex subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 104.286391 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MPAVSKGEGM RGLAVFISDI RNCKSKEAEI KRINKELANI RSKFKGDKAL DGYSKKKYVC KLLFIFLLGH DIDFGHMEAV NLLSSNRYT EKQIGYLFIS VLVNSNSELI RLINNAIKND LASRNPTFMG LALHCIANVG SREMAEAFAG EIPKILVAGD T MDSVKQSA ...文字列:
MPAVSKGEGM RGLAVFISDI RNCKSKEAEI KRINKELANI RSKFKGDKAL DGYSKKKYVC KLLFIFLLGH DIDFGHMEAV NLLSSNRYT EKQIGYLFIS VLVNSNSELI RLINNAIKND LASRNPTFMG LALHCIANVG SREMAEAFAG EIPKILVAGD T MDSVKQSA ALCLLRLYRT SPDLVPMGDW TSRVVHLLND QHLGVVTAAT SLITTLAQKN PEEFKTSVSL AVSRLSRIVT SA STDLQDY TYYFVPAPWL SVKLLRLLQC YPPPEDPAVR GRLTECLETI LNKAQEPPKS KKVQHSNAKN AVLFEAISLI IHH DSEPNL LVRACNQLGQ FLQHRETNLR YLALESMCTL ASSEFSHEAV KTHIETVINA LKTERDVSVR QRAVDLLYAM CDRS NAQQI VAEMLSYLET ADYSIREEIV LKVAILAEKY AVDYTWYVDT ILNLIRIAGD YVSEEVWYRV IQIVINRDDV QGYAA KTVF EALQAPACHE NLVKVGGYIL GEFGNLIAGD PRSSPLIQFN LLHSKFHLCS VPTRALLLST YIKFVNLFPE VKATIQ DVL RSDSQLKNAD VELQQRAVEY LRLSTVASTD ILATVLEEMP PFPERESSIL AKLKKKKGPS TVTDLEETKR ERSIDVN GG PEPVPASTSA ASTPSPSADL LGLGAVPPAP TGPPPTSGGG LLVDVFSDSA SAVAPLAPGS EDNFARFVCK NNGVLFEN Q LLQIGLKSEF RQNLGRMFIF YGNKTSTQFL NFTPTLICAD DLQTNLNLQT KPVDPTVDGG AQVQQVVNIE CISDFTEAP VLNIQFRYGG TFQNVSVKLP ITLNKFFQPT EMASQDFFQR WKQLSNPQQE VQNIFKAKHP MDTEITKAKI IGFGSALLEE VDPNPANFV GAGIIHTKTT QIGCLLRLEP NLQAQMYRLT LRTSKDTVSQ RLCELLSEQF

UniProtKB: AP-2 complex subunit alpha

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分子 #2: AP-2 complex subunit beta

分子名称: AP-2 complex subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 66.953195 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTDSKYFTTN KKGEIFELKA ELNNEKKEKR KEAVKKVIAA MTVGKDVSSL FPDVVNCMQT DNLELKKLVY LYLMNYAKSQ PDMAIMAVN SFVKDCEDPN PLIRALAVRT MGCIRVDKIT EYLCEPLRKC LKDEDPYVRK TAAVCVAKLH DINAQMVEDQ G FLDSLRDL ...文字列:
MTDSKYFTTN KKGEIFELKA ELNNEKKEKR KEAVKKVIAA MTVGKDVSSL FPDVVNCMQT DNLELKKLVY LYLMNYAKSQ PDMAIMAVN SFVKDCEDPN PLIRALAVRT MGCIRVDKIT EYLCEPLRKC LKDEDPYVRK TAAVCVAKLH DINAQMVEDQ G FLDSLRDL IADSNPMVVA NAVAALSEIS ESHPNSNLLD LNPQNINKLL TALNECTEWG QIFILDCLSN YNPKDDREAQ SI CERVTPR LSHANSAVVL SAVKVLMKFL ELLPKDSDYY NMLLKKLAPP LVTLLSGEPE VQYVALRNIN LIVQKRPEIL KQE IKVFFV KYNDPIYVKL EKLDIMIRLA SQANIAQVLA ELKEYATEVD VDFVRKAVRA IGRCAIKVEQ SAERCVSTLL DLIQ TKVNY VVQEAIVVIR DIFRKYPNKY ESIIATLCEN LDSLDEPDAR AAMIWIVGEY AERIDNADEL LESFLEGFHD ESTQV QLTL LTAIVKLFLK KPSETQELVQ QVLSLATQDS DNPDLRDRGY IYWRLLSTDP VTAKEVVLSE KPLISEETDL IEPTLL DEL ICHIGSLASV YHKPPNAFVE GSHGIHRK

UniProtKB: AP-2 complex subunit beta

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分子 #3: Adaptor protein complex AP-2, mu1

分子名称: Adaptor protein complex AP-2, mu1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 16.161563 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MIGGLFIYNH KGEVLISRVY RDDIGRNAVD AFRVNVIHAR QQVRSPVTNI ARTSFFHVKR SNIWLAAVTK QNVNAAMVFE FLYKMCDVM AAYFGKISEE NIKNNFVLIY ELLDEILDFG YPQNSETGAL KTFITQQGIK SQ

UniProtKB: AP-2 complex subunit mu

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分子 #4: Tetherin,Protein Nef

分子名称: Tetherin,Protein Nef / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4
詳細: protein chimera of the cytoplasmic tail of sooty mangabey (smm) linked to the N-terminus of SIV smm tetherin
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 31.772352 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: ILYDYSRMPM GDIWKEDGDK RSKGSDEASE GSGMGGVTSK KQSKRRQGLR ERLLQARGET DGYSRSRGEL GKGWNLPSAE GQGYSEEQF MNTPWRNPAR EGEKLKYRQQ NMDDVDDDDD ELVGVAVHPK VPLRAMSYKL AIDMSHFIKE KGGLEGIYYS D RRHRILDI ...文字列:
ILYDYSRMPM GDIWKEDGDK RSKGSDEASE GSGMGGVTSK KQSKRRQGLR ERLLQARGET DGYSRSRGEL GKGWNLPSAE GQGYSEEQF MNTPWRNPAR EGEKLKYRQQ NMDDVDDDDD ELVGVAVHPK VPLRAMSYKL AIDMSHFIKE KGGLEGIYYS D RRHRILDI YLEKEEGIIP DWQNYTSGPG VRYPLFFGWL WKLVPVNVSD EAQEDETHCL VHPAQTSQWD DPWGEVLAWK FD PKLAYTY EAFIRYPEEF GNDSGLSKEE VKRRLTAR

UniProtKB: Tetherin variant Sm2, Protein Nef

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分子 #5: AP-2 complex subunit sigma

分子名称: AP-2 complex subunit sigma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 17.011662 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MIRFILIQNR AGKTRLAKWY MQFDDDEKQK LIEEVHAVVT VRDAKHTNFV EFRNFKIIYR RYAGLYFCIC VDVNDNNLAY LEAIHNFVE VLNEYFHCVS ELDLVFNFYK VYTVVDEMFL AGEIRETSQT KVLKQLLMLQ SLE

UniProtKB: AP-2 complex subunit sigma

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.7 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: C-flat-2/1 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.04 kPa / 詳細: 25mA
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.16 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 159406
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

4nee

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

2xa7

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
得られたモデル

PDB-6owt:
Structure of SIVsmm Nef and SMM tetherin bound to the clathrin adaptor AP-2 complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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