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万見
- EMDB-19463: Structure of mouse RyR2 solubilised in detergent in open state in... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19463
タイトルStructure of mouse RyR2 solubilised in detergent in open state in complex with Ca2+, ATP, caffeine and Nb9657.
マップデータ
試料
  • 複合体: Mouse ryanodine receptor 2 complex with nanobody
    • 複合体: Mouse ryanodine receptor 2
      • タンパク質・ペプチド: Ryanodine receptor 2
    • 複合体: Nanobody 9657
      • タンパク質・ペプチド: Nanobody 9657
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: CAFFEINE
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードIon channel / Ca2+ / tetramer / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


manganese ion transmembrane transport / establishment of protein localization to endoplasmic reticulum / type B pancreatic cell apoptotic process / Purkinje myocyte to ventricular cardiac muscle cell signaling / regulation of atrial cardiac muscle cell action potential / left ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / suramin binding / regulation of AV node cell action potential / regulation of SA node cell action potential / sarcoplasmic reticulum calcium ion transport ...manganese ion transmembrane transport / establishment of protein localization to endoplasmic reticulum / type B pancreatic cell apoptotic process / Purkinje myocyte to ventricular cardiac muscle cell signaling / regulation of atrial cardiac muscle cell action potential / left ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / suramin binding / regulation of AV node cell action potential / regulation of SA node cell action potential / sarcoplasmic reticulum calcium ion transport / A band / calcium-induced calcium release activity / Stimuli-sensing channels / regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / : / ventricular cardiac muscle cell action potential / embryonic heart tube morphogenesis / Ion homeostasis / cardiac muscle hypertrophy / calcium ion transport into cytosol / ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / response to caffeine / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / response to redox state / regulation of cardiac muscle contraction by calcium ion signaling / cellular response to caffeine / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / calcium ion transmembrane import into cytosol / response to muscle activity / negative regulation of cytosolic calcium ion concentration / protein kinase A regulatory subunit binding / protein kinase A catalytic subunit binding / positive regulation of the force of heart contraction / intracellularly gated calcium channel activity / smooth endoplasmic reticulum / response to magnesium ion / detection of calcium ion / regulation of cardiac muscle contraction / positive regulation of heart rate / regulation of cytosolic calcium ion concentration / striated muscle contraction / cardiac muscle contraction / response to muscle stretch / release of sequestered calcium ion into cytosol / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / sarcoplasmic reticulum membrane / cellular response to epinephrine stimulus / calcium channel complex / regulation of heart rate / sarcomere / sarcoplasmic reticulum / calcium-mediated signaling / response to calcium ion / sarcolemma / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / Z disc / intracellular calcium ion homeostasis / calcium ion transport / nuclear envelope / scaffold protein binding / monoatomic ion transmembrane transport / response to hypoxia / calmodulin binding / calcium ion binding / protein kinase binding / enzyme binding / protein-containing complex / membrane / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Ryanodine receptor, SPRY domain 2 / : / Ryanodine receptor junctional solenoid repeat / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor / Ryanodine receptor, SPRY domain 1 / Ryanodine receptor, SPRY domain 3 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor Ryr / RyR domain ...Ryanodine receptor, SPRY domain 2 / : / Ryanodine receptor junctional solenoid repeat / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor / Ryanodine receptor, SPRY domain 1 / Ryanodine receptor, SPRY domain 3 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor Ryr / RyR domain / RyR/IP3 receptor binding core, RIH domain superfamily / RyR/IP3R Homology associated domain / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / RyR and IP3R Homology associated / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / : / MIR motif / MIR domain / MIR domain profile. / Domain in ryanodine and inositol trisphosphate receptors and protein O-mannosyltransferases / Mir domain superfamily / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / EF-hand domain pair / EF-hand domain / Ion transport domain / Ion transport protein / EF-hand domain pair / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ryanodine receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Vicugna pacos (アルパカ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Li C / Efremov RG
資金援助 ベルギー, European Union, 3件
OrganizationGrant number国
Research Foundation - Flanders (FWO)G0H5916N ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)G054617N ベルギー
European Research Council (ERC)726436European Union
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2024
タイトル: Rapid small-scale nanobody-assisted purification of ryanodine receptors for cryo-EM.
著者: Chenyao Li / Katrien Willegems / Tomasz Uchański / Els Pardon / Jan Steyaert / Rouslan G Efremov /
要旨: Ryanodine receptors (RyRs) are large Ca release channels residing in the endoplasmic or sarcoplasmic reticulum membrane. Three isoforms of RyRs have been identified in mammals, the disfunction of ...Ryanodine receptors (RyRs) are large Ca release channels residing in the endoplasmic or sarcoplasmic reticulum membrane. Three isoforms of RyRs have been identified in mammals, the disfunction of which has been associated with a series of life-threatening diseases. The need for large amounts of native tissue or eukaryotic cell cultures limits advances in structural studies of RyRs. Here, we report a method that utilizes nanobodies to purify RyRs from only 5 mg of total protein. The purification process, from isolated membranes to cryo-EM grade protein, is achieved within 4 h on the bench, yielding protein usable for cryo-EM analysis. This is demonstrated by solving the structures of rabbit RyR1, solubilized in detergent, reconstituted into lipid nanodiscs or liposomes, and bovine RyR2 reconstituted in nanodisc, and mouse RyR2 in detergent. The reported method facilitates structural studies of RyRs directed toward drug development and is useful in cases where the amount of starting material is limited.
履歴
登録2024年1月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月9日-
マップ公開2024年10月9日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19463.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19463.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 144.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.46 Å/pix.
x 336 pix.
= 490.56 Å		1.46 Å/pix.
x 336 pix.
= 490.56 Å		1.46 Å/pix.
x 336 pix.
= 490.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.46 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.35
最小 - 最大-0.20427324 - 5.1812906
平均 (標準偏差)0.07404778 (±0.15086174)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ336336336
Spacing336336336
セルA=B=C: 490.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mouse ryanodine receptor 2 complex with nanobody

全体名称: Mouse ryanodine receptor 2 complex with nanobody
要素
  • 複合体: Mouse ryanodine receptor 2 complex with nanobody
    • 複合体: Mouse ryanodine receptor 2
      • タンパク質・ペプチド: Ryanodine receptor 2
    • 複合体: Nanobody 9657
      • タンパク質・ペプチド: Nanobody 9657
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: CAFFEINE
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: Mouse ryanodine receptor 2 complex with nanobody

超分子名称: Mouse ryanodine receptor 2 complex with nanobody / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2

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超分子 #2: Mouse ryanodine receptor 2

超分子名称: Mouse ryanodine receptor 2 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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超分子 #3: Nanobody 9657

超分子名称: Nanobody 9657 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Vicugna pacos (アルパカ)

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分子 #1: Ryanodine receptor 2

分子名称: Ryanodine receptor 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 565.536 KDa
配列文字列: MADAGEGEDE IQFLRTDDEV VLQCTATIHK EQQKLCLAAE GFGNRLCFLE STSNSKNVPP DLSICTFVLE QSLSVRALQE MLANTVEKS EGQVDVEKWK FMMKTAQGGG HRTLLYGHAI LLRHSYSGMY LCCLSTSRSS TDKLAFDVGL QEDTTGEACW W TIHPASKQ ...文字列:
MADAGEGEDE IQFLRTDDEV VLQCTATIHK EQQKLCLAAE GFGNRLCFLE STSNSKNVPP DLSICTFVLE QSLSVRALQE MLANTVEKS EGQVDVEKWK FMMKTAQGGG HRTLLYGHAI LLRHSYSGMY LCCLSTSRSS TDKLAFDVGL QEDTTGEACW W TIHPASKQ RSEGEKVRVG DDLILVSVSS ERYLHLSYGN SSWHVDAAFQ QTLWSVAPIS SGSEAAQGYL IGGDVLRLLH GH MDECLTV PSGEHGEEQR RTVHYEGGAV SVHARSLWRL ETLRVAWSGS HIRWGQPFRL RHVTTGKYLS LMEDKNLLLM DKE KADVKS TAFAFRSSKE KLDVGVRKEV DGMGTSEIKY GDSICYIQHV DTGLWLTYQA VDVKSARMGS IQRKAIMHHE GHMD DGLNL SRSQHEESRT ARVIRSTVFL FNRFIRGLDA LSKKVKLPTI DLPIESVSLS LQDLIGYFHP PDEHLEHEDK QNRLR ALKN RQNLFQEEGM INLVLECIDR LHVYSSAAHF ADVAGREAGE SWKSILNSLY ELLAALIRGN RKNCAQFSGS LDWLIS RLE RLEASSGILE VLHCVLVESP EALNIIKEGH IKSIISLLDK HGRNHKVLDV LCSLCVCHGV AVRSNQHLIC DNLLPGR DL LLQTRLVNHV SSMRPNIFLG VSEGSAQYKK WYYELMVDHT EPFVTAEATH LRVGWASTEG YSPYPGGGEE WGGNGVGD D LFSYGFDGLH LWSGCIARTV SSPNQHLLRT DDVISCCLDL SAPSISFRIN GQPVQGMFEN FNIDGLFFPV VSFSAGIKV RFLLGGRHGE FKFLPPPGYA ACYEAVLPKE KLKVEHSREY KQERTYTRDL LGPTVSLTQA AFTPVPVDTS QIVLPPHLER IRERLAENI HELWVMNKIE LGWQYGPVRD DNKRQHPCLV EFCKLPEQER NYNLQMSLET LKTLLALGCH VGIADEHAEE K VKKMKLPK NYQLTSGYKP APMDLSFIKL TPSQEAMVDK LAENAHNVWA RDRIRQGWTY GIQQDVKNRR NPRLVPYTLL DD RTKKSNK DSLREAVRTL LGYGYHLEAP DQDHASRAEV CSGTGERFRI FRAEKTYAVK AGRWYFEFEA VTAGDMRVGW SRP GCQPDL ELGSDDRAFA FDGFKAQRWH QGNEHYGRSW QAGDVVGCMV DMNEHTMMFT LNGEILLDDS GSELAFKDFD VGDG FIPVC SLGVAQVGRM NFGKDVSTLK YFTICGLQEG YEPFAVNTNR DITMWLSKRL PQFLQVPSNH EHIEVTRIDG TIDSS PCLK VTQKSFGSQN NNTDIMFYRL SMPIECAEVF SKSVAGGLPG AGFYGPKNDL EDFDVDSDFE VLMKTAHGHL VPDRID KDK ETPKPEFNNH KDYAQEKPSR LKQRFLLRRT KPDYSTGHSA RLTEDVLADD RDDYEYLMQT STYYYSVRIF PGQEPAN VW VGWITSDFHQ YDTGFDLDRV RTVTVTLGDE KGKVHESIKR SNCYMVCAGE SMSPGQGRNN SNGLEIGCVV DAASGLLT F IANGKELSTY YQVEPSTKLF PAVFAQATSP NVFQFELGRI KNVMPLSAGL FKSEHKNPVP QCPPRLHVQF LSHVLWSRM PNQFLKVDVS RISERQGWLV QCLDPLQFMS LHIPEENRSV DILELTEQEE LLQFHYHTLR LYSAVCALGN HRVAHALCSH VDEPQLLYA IENKYMPGLL RAGYYDLLID IHLSSYATAR LMMNNEFIVP MTEETKSITL FPDENKKHGL PGIGLSTSLR P RMRFSSPS FVSISNDCYQ YSPEFPLDIL KAKTIQMLTE 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AVVA CFRMA PLYNLPRHRA VNLFLQGYEK SWIETEEHYF EDKLIEDLAK PGAELPEEDE AMKRVDPLHQ LILLFSRTAL TEKCK LEED FLYMAYADIM AKSCHDEEDD DGEEEVKSFE EKEMEKQKLL YQQARLHDRG AAEMVLQTIS ASKGETGPMV AATLKL GIA ILNGGNSTVQ QKMLDYLKEK KDVGFFQSLA GLMQSCSVLD LNAFERQNKA EGLGMVTEEG SGEKVLQDDE FTCDLFR FL QLLCEGHNSD FQNYLRTQTG NNTTVNIIIS TVDYLLRVQE SISDFYWYYS GKDIIDEQGQ RNFSKAIQVA KQVFNTLT E YIQGPCTGNQ QSLAHSRLWD AVVGFLHVFA HMQMKLSQDS SQIELLKELM DLQKDMVVML LSMLEGNVVN GTIGKQMVD MLVESSNNVE MILKFFDMFL KLKDLTSSDT FKEYDPDGKG VISKRDFHKA MESHKHYTQS ETEFLLSCAE TDENETLDYE EFVKRFHEP AKDIGFNVAV LLTNLSEHMP NDTRLQTFLE LAESVLNYFQ PFLGRIEIMG SAKRIERVYF EISESSRTQW E KPQVKESK RQFIFDVVNE GGEKEKMELF VNFCEDTIFE MQLAAQISES DLNERLANKE ESEKERPEEQ APRMGFFSLL TI QSALFAL RYNVLTLVRM LSLKSLKKQM KRMKKMTVKD MVLAFFSSYW SVFVTLLHFV ASVCRGFFRI VSSLLLGGSL VEG AKKIKV AELLANMPDP TQDEVRGDEE EGERKPLESA LPSEDLTDLK ELTEESDLLS DIFGLDLKRE GGQYKLIPHN PNAG LSDLM TNPVPVPEVQ EKFQEQKAKE EKEEKEETKS EPEKAEGEDG EKEEKAKDEK SKQKLRQLHT HRYGEPEVPE SAFWK KIIA YQQKLLNYFA RNFYNMRMLA LFVAFAINFI LLFYKVSTSS VVEGKELPTR TSSDTAKVTN SLDSSPHRII AVHYVL EES SGYMEPTLRI LAILHTIISF FCIIGYYCLK VPLVIFKREK EVARKLEFDG LYITEQPSED DIKGQWDRLV INTQSFP NN YWDKFVKRKV MDKYGEFYGR DRISELLGMD KAALDFSDAR EKKKPKKDSS LSAVLNSIDV KYQMWKLGVV FTDNSFLY L AWYMTMSVLG HYNNFFFAAH LLDIAMGFKT LRTILSSVTH NGKQLVLTVG LLAVVVYLYT VVAFNFFRKF YNKSEDGDT PDMKCDDMLT CYMFHMYVGV RAGGGIGDEI EDPAGDEYEI YRIIFDITFF FFVIVILLAI IQGLIIDAFG ELRDQQEQVK EDMETKCFI CGIGNDYFDT VPHGFETHTL QEHNLANYLF FLMYLINKDE TEHTGQESYV WKMYQERCWE FFPAGDCFRK Q YEDQLN

UniProtKB: Ryanodine receptor 2

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分子 #2: Nanobody 9657

分子名称: Nanobody 9657 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vicugna pacos (アルパカ)
分子量理論値: 15.125495 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QVQLQESGGG LMQAGGSLRL SCTASGSIFS INSMGWYRQA PGKQRELVAT ITSGNSINYA DSVKGRFTIS RDNAKNTVYL QMNSLKPED TAVYYCNADR VPNGYNPWGT PNDEYDYWGQ GTQVTVSSHH HHHHEPEA

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分子 #3: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #4: CAFFEINE

分子名称: CAFFEINE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: CFF
分子量理論値: 194.191 Da
Chemical component information

ChemComp-CFF:
CAFFEINE / 薬剤*YM

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分子 #5: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #6: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm

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画像解析

詳細The movies were selected after MotionCor correction and CTF refinement with the parameters: total drift less than 30 angstrom and resolution better than 5 angstrom
粒子像選択選択した数: 791664
詳細: Particles were picked by template picking in Cryosparc
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7vmo

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.31) / 使用した粒子像数: 76852
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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