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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1877 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of the chromatin remodelling factor ISW1a bound to a mononucleosome (45N29) | |||||||||
マップデータ | Surface rendering of 45N29-ISW1a (delta ATPase) | |||||||||
試料 |
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キーワード | Nucleosome / chromatin remodelling factor / ISW1a / ISWI | |||||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 22.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Frouws TD / Richmond TJ | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2011 タイトル: Structure and mechanism of the chromatin remodelling factor ISW1a. 著者: Kazuhiro Yamada / Timothy D Frouws / Brigitte Angst / Daniel J Fitzgerald / Carl DeLuca / Kyoko Schimmele / David F Sargent / Timothy J Richmond / 要旨: Site-specific recognition of DNA in eukaryotic organisms depends on the arrangement of nucleosomes in chromatin. In the yeast Saccharomyces cerevisiae, ISW1a and related chromatin remodelling factors ...Site-specific recognition of DNA in eukaryotic organisms depends on the arrangement of nucleosomes in chromatin. In the yeast Saccharomyces cerevisiae, ISW1a and related chromatin remodelling factors are implicated in establishing the nucleosome repeat during replication and altering nucleosome position to affect gene activity. Here we have solved the crystal structures of S. cerevisiae ISW1a lacking its ATPase domain both alone and with DNA bound at resolutions of 3.25 Å and 3.60 Å, respectively, and we have visualized two different nucleosome-containing remodelling complexes using cryo-electron microscopy. The composite X-ray and electron microscopy structures combined with site-directed photocrosslinking analyses of these complexes suggest that ISW1a uses a dinucleosome substrate for chromatin remodelling. Results from a remodelling assay corroborate the dinucleosome model. We show how a chromatin remodelling factor could set the spacing between two adjacent nucleosomes acting as a 'protein ruler'. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1877.map.gz | 3.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1877-v30.xml emd-1877.xml | 10.8 KB 10.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-1877image.png | 100.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1877 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1877 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1877_validation.pdf.gz | 220.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1877_full_validation.pdf.gz | 219.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1877_validation.xml.gz | 5.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1877 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1877 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1877.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Surface rendering of 45N29-ISW1a (delta ATPase) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.7 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Chromatin remodelling factor ISW1a (delta ATPase) bound to a mono...
全体 | 名称: Chromatin remodelling factor ISW1a (delta ATPase) bound to a mononucleosome (with 45 and 29 bp extensions). |
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要素 |
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-超分子 #1000: Chromatin remodelling factor ISW1a (delta ATPase) bound to a mono...
超分子 | 名称: Chromatin remodelling factor ISW1a (delta ATPase) bound to a mononucleosome (with 45 and 29 bp extensions). タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Monomer / Number unique components: 2 |
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分子量 | 理論値: 380 KDa |
-分子 #1: Nucleosome
分子 | 名称: Nucleosome / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Nucleosome 詳細: Nucleosomes consist of recombinant xenopus histones H2A,H2B,H3,H4, reconstituted onto '601' DNA with 45 and 29 bp extensions. 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
分子量 | 理論値: 256 MDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
-分子 #2: ISW1a
分子 | 名称: ISW1a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Remodelling factor 詳細: Recombinant yeast ISW1a (delta ATPase) expressed with MultiBac system 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 120 MDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 10mM TrisCl, 10mM KCl, 0.1mM EDTA |
グリッド | 詳細: C-flat 224 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 100 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II / 詳細: Vitrification instrument: Vitribot MKII / 手法: 0 offset, 4 sec blot, 1 sec drain |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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温度 | 平均: 100 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: Gatan |
詳細 | Low dose |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 51606 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 80000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: Chimera |
詳細 | Manually fitted in Chimera, and missing DNA segments were built in. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |