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万見
- EMDB-1874: Three-dimensional model of Salmonella's needle complex at subnano... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1874
タイトルThree-dimensional model of Salmonella's needle complex at subnanometer resolution
マップデータThis in an image of a surface rendered, extracted volume of the IR1 from the needle complex from Salmonella typhimurium
試料
  • 試料: Needle complex of the type III secretion system from Salmonella typhimurium - periplasmic domain of the inner membrane associated ring IR1
  • タンパク質・ペプチド: Protein PrgH
  • タンパク質・ペプチド: Protein PrgK
キーワードtype III secretion / IR1 / inner membrane ring / C24-fold
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion / cell outer membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Type III secretion system, PrgH/EprH / Type III secretion system lipoprotein HrcJ/YscJ / Type III secretion system, PrgH/EprH-like / Type III secretion system protein PrgH-EprH (PrgH) / Lipoprotein YscJ/Flagellar M-ring protein / Secretory protein of YscJ/FliF family / Flagellar M-ring , N-terminal / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein PrgH / Lipoprotein PrgK
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.4 Å
データ登録者Schraidt O / Marlovits TC
引用ジャーナル: Science / 年: 2011
タイトル: Three-dimensional model of Salmonella's needle complex at subnanometer resolution.
著者: Oliver Schraidt / Thomas C Marlovits /
要旨: Type III secretion systems (T3SSs) are essential virulence factors used by many Gram-negative bacteria to inject proteins that make eukaryotic host cells accessible to invasion. The T3SS core ...Type III secretion systems (T3SSs) are essential virulence factors used by many Gram-negative bacteria to inject proteins that make eukaryotic host cells accessible to invasion. The T3SS core structure, the needle complex (NC), is a ~3.5 megadalton-sized, oligomeric, membrane-embedded complex. Analyzing cryo-electron microscopy images of top views of NCs or NC substructures from Salmonella typhimurium revealed a 24-fold symmetry for the inner rings and a 15-fold symmetry for the outer rings, giving an overall C3 symmetry. Local refinement and averaging showed the organization of the central core and allowed us to reconstruct a subnanometer composite structure of the NC, which together with confident docking of atomic structures reveal insights into its overall organization and structural requirements during assembly.
履歴
登録2011年2月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年2月17日-
マップ公開2011年3月11日-
更新2014年11月26日-
現状2014年11月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.076
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.076
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-2y9j
  • 表面レベル: 0.076
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1874.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1874.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 100.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This in an image of a surface rendered, extracted volume of the IR1 from the needle complex from Salmonella typhimurium
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.33 Å/pix.
x 300 pix.
= 399. Å		1.33 Å/pix.
x 300 pix.
= 399. Å		1.33 Å/pix.
x 300 pix.
= 399. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.33 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.076 / ムービー #1: 0.076
最小 - 最大-0.18737172 - 0.21286634
平均 (標準偏差)0.0002095 (±0.01604983)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-150-150-150
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 399.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.331.331.33
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z399.000399.000399.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-160-160-159
NX/NY/NZ320320320
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-150-150-150
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.1870.2130.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Needle complex of the type III secretion system from Salmonella t...

全体名称: Needle complex of the type III secretion system from Salmonella typhimurium - periplasmic domain of the inner membrane associated ring IR1
要素
  • 試料: Needle complex of the type III secretion system from Salmonella typhimurium - periplasmic domain of the inner membrane associated ring IR1
  • タンパク質・ペプチド: Protein PrgH
  • タンパク質・ペプチド: Protein PrgK

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超分子 #1000: Needle complex of the type III secretion system from Salmonella t...

超分子名称: Needle complex of the type III secretion system from Salmonella typhimurium - periplasmic domain of the inner membrane associated ring IR1
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 1 / Number unique components: 2

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分子 #1: Protein PrgH

分子名称: Protein PrgH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Protein PrgH / 集合状態: 24mer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
細胞中の位置: Membrane

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分子 #2: Protein PrgK

分子名称: Protein PrgK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Protein PrgK / 集合状態: 24mer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
細胞中の位置: Membrane

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 10mM Tris-HCl, 0.5M NaCl, 0.1% LDAO
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C24 (24回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1yj7

ソフトウェア名称: Chimera
詳細Protocol: Rigid Body. Based on the homolog EscJ (PDB entry above) a model was built for PrgK (Swissmodel) which was subsequently used for the fitting experiment (rigid body, Chimera), each chain was fitted separately
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation
得られたモデル

PDB-2y9j:
THREE-DIMENSIONAL MODEL OF SALMONELLA'S NEEDLE COMPLEX AT SUBNANOMETER RESOLUTION

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

3gr1

ソフトウェア名称: Chimera
詳細Protocol: Rigid Body. Each chain was fitted separately
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation
得られたモデル

PDB-2y9j:
THREE-DIMENSIONAL MODEL OF SALMONELLA'S NEEDLE COMPLEX AT SUBNANOMETER RESOLUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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