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- PDB-1yj7: Crystal structure of enteropathogenic E.coli (EPEC) type III secr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yj7
タイトルCrystal structure of enteropathogenic E.coli (EPEC) type III secretion system protein EscJ
要素escJ
キーワードPROTEIN TRANSPORT / mixed alpha/beta / extended linker
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Hypothetical protein rpa1041 / Type III secretion system lipoprotein HrcJ/YscJ / Lipoprotein YscJ/Flagellar M-ring protein / Secretory protein of YscJ/FliF family / Flagellar M-ring , N-terminal / ANL, C-terminal domain / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Alpha-Beta Plaits ...Hypothetical protein rpa1041 / Type III secretion system lipoprotein HrcJ/YscJ / Lipoprotein YscJ/Flagellar M-ring protein / Secretory protein of YscJ/FliF family / Flagellar M-ring , N-terminal / ANL, C-terminal domain / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Lipoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Yip, C.K. / Kimbrough, T.G. / Felise, H.B. / Vuckovic, M. / Thomas, N.A. / Pfuetzner, R.A. / Frey, E.A. / Finlay, B.B. / Miller, S.I. / Strynadka, N.C.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2005
タイトル: Structural characterization of the molecular platform for type III secretion system assembly.
著者: Yip, C.K. / Kimbrough, T.G. / Felise, H.B. / Vuckovic, M. / Thomas, N.A. / Pfuetzner, R.A. / Frey, E.A. / Finlay, B.B. / Miller, S.I. / Strynadka, N.C.
履歴
登録2005年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: escJ
B: escJ
C: escJ
D: escJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,63610
ポリマ－74,0724
非ポリマー5646
水9,548530
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)164.817, 164.817, 67.179
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
詳細The biological assembly is the tetramer in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質
escJ


分子量: 18518.021 Da / 分子数: 4
断片: signal peptide-removed and non-lipidated, residues 21-190
変異: E62A, K63A, E64A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: EscJ / プラスミド: pET41a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8VQD3
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 530 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.41 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.2
詳細: di-ammonium hydrogen phosphate, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月16日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→41.17 Å / Num. obs: 96428 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082
反射 シェル解像度: 1.8→1.89 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.313 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1精密化
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS& Refmac5.1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→41.2 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.206 4826 random
Rwork0.184 --
all0.185 --
obs0.185 91589 -
原子変位パラメータBiso mean: 19.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→41.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4709 0 32 530 5271
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.232
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.002
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.752
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.004
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.249 371
Rwork0.214 -
obs-6726

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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