[日本語] English
万見
- EMDB-1766: Single particle analysis of a tetramer of a subunit comprising th... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1766
タイトルSingle particle analysis of a tetramer of a subunit comprising the 1:1 complex of PSD-95 and Kir2.1NC_4, in negative stain
マップデータNegative stain EM tetrad (C_4 symmetry applied) of a unit comprising PSD-95 and the Kir2.1NC_4 homotetramer
試料
  • 試料: Complex of mouse Kir2.1, cytoplasmic domain, homotetramer of fused N,C termini with rat PSD-95
  • タンパク質・ペプチド: Kir2.1 cytoplasmic domain
  • タンパク質・ペプチド: PSD-95
キーワードClustering / SCAFFOLD PROTEIN / MEMBRANE ASSOCIATED GUANYLATEKINASE / PDZ / SH3 / Ion Channel / cytoplasmic domain / inwardly rectifying / membrane protein / homotetramer
機能・相同性Potassium channel, inwardly rectifying, Kir2.1 / neuronal ion channel clustering / Disks large 1-like / membrane => GO:0016020
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.8 Å
データ登録者Fomina S / Howard TD / Sleator OK / Golovanova M / O'Ryan L / Leyland M / Grossmann JG / Collins RF / Prince SM
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta / 年: 2011
タイトル: Self-directed assembly and clustering of the cytoplasmic domains of inwardly rectifying Kir2.1 potassium channels on association with PSD-95.
著者: Svetlana Fomina / Tina D Howard / Olivia K Sleator / Marina Golovanova / Liam O'Ryan / Mark L Leyland / J Günter Grossmann / Richard F Collins / Stephen M Prince /
要旨: The interaction of the extra-membranous domain of tetrameric inwardly rectifying Kir2.1 ion channels (Kir2.1NC(4)) with the membrane associated guanylate kinase protein PSD-95 has been studied using ...The interaction of the extra-membranous domain of tetrameric inwardly rectifying Kir2.1 ion channels (Kir2.1NC(4)) with the membrane associated guanylate kinase protein PSD-95 has been studied using Transmission Electron Microscopy in negative stain. Three types of complexes were observed in electron micrographs corresponding to a 1:1 complex, a large self-enclosed tetrad complex and extended chains of linked channel domains. Using models derived from small angle X-ray scattering experiments in which high resolution structures from X-ray crystallographic and Nuclear Magnetic Resonance studies are positioned, the envelopes from single particle analysis can be resolved as a Kir2.1NC(4):PSD-95 complex and a tetrad of this unit (Kir2.1NC(4):PSD-95)(4). The tetrad complex shows the close association of the Kir2.1 cytoplasmic domains and the influence of PSD-95 mediated self-assembly on the clustering of these channels.
履歴
登録2010年7月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年3月11日-
マップ公開2011年7月14日-
更新2014年11月26日-
現状2014年11月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

image1766.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1766.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative stain EM tetrad (C_4 symmetry applied) of a unit comprising PSD-95 and the Kir2.1NC_4 homotetramer
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.667 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-0.74650681 - 2.55202484
平均 (標準偏差)0.0 (±0.33648929)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-40-40-40
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 293.36002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.6673.6673.667
M x/y/z808080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z293.360293.360293.360
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ454586
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-40-40-40
NC/NR/NS808080
D min/max/mean-0.7472.552-0.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Complex of mouse Kir2.1, cytoplasmic domain, homotetramer of fuse...

全体名称: Complex of mouse Kir2.1, cytoplasmic domain, homotetramer of fused N,C termini with rat PSD-95
要素
  • 試料: Complex of mouse Kir2.1, cytoplasmic domain, homotetramer of fused N,C termini with rat PSD-95
  • タンパク質・ペプチド: Kir2.1 cytoplasmic domain
  • タンパク質・ペプチド: PSD-95

-
超分子 #1000: Complex of mouse Kir2.1, cytoplasmic domain, homotetramer of fuse...

超分子名称: Complex of mouse Kir2.1, cytoplasmic domain, homotetramer of fused N,C termini with rat PSD-95
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: Sample prepared by immobilizing PSD-95 on an affinity column followed by incubation with purified Kir2.1NC homotetramers.
集合状態: One tetramer of Kir2.1NC binds to PSD-95 / Number unique components: 2
分子量理論値: 872 KDa / 手法: Sum of component MW

-
分子 #1: Kir2.1 cytoplasmic domain

分子名称: Kir2.1 cytoplasmic domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Kir2.1NC / コピー数: 4 / 集合状態: Tetramer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: Mouse / 細胞中の位置: Membrane
分子量実験値: 140 KDa / 理論値: 140 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pET15b
配列GO: membrane => GO:0016020 / InterPro: Potassium channel, inwardly rectifying, Kir2.1

-
分子 #2: PSD-95

分子名称: PSD-95 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: PSD-95 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 別称: Norway rat
分子量実験値: 95 KDa / 理論値: 78 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pGEX-6P
配列GO: neuronal ion channel clustering / InterPro: Disks large 1-like

-
実験情報

-
構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
詳細: 20mM Tris/HCl, 150mM NaCl, 1mM reduced GSH, 1mM EDTA, 50mM L-Glutamic acid, 50mM L-Arginine
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Samples were adsorbed onto freshly glow discharged carbon film grids. Sample solution was pipetted into the grid followed by blotting, de-ionized water was then applied for 10s followed by ...詳細: Samples were adsorbed onto freshly glow discharged carbon film grids. Sample solution was pipetted into the grid followed by blotting, de-ionized water was then applied for 10s followed by blotting, 2%w/v Uranyl Acetate solution was applied followed by a final blotting step.
グリッド詳細: 400 mesh Copper
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 10
詳細Low dose
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: GENERIC FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 31 / Od range: 2 / ビット/ピクセル: 8
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 100 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 3.6 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 43000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: PHILIPS ROTATION HOLDER

-
画像解析

詳細A tomographic reconstruction was initially generated, this was then used to select Particles using model based picking.
CTF補正詳細: Parameters determined using a calculated Scattering curve
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 14433
最終 2次元分類クラス数: 98

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2xkx

ソフトウェア名称: Chimera
詳細(tetrad) ROTATION MATRIX -0.47579 -0.11676 -0.87178 0.80871 -0.44780 -0.38139 -0.34585 -0.88647 0.30749 TRANSLATION VECTOR IN AS -29.84596 -32.38952 6.20368 subsequently apply the following to both sets of transformed coordinates Symmetry Transformation 1 ROTATION MATRIX 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 TRANSLATION VECTOR IN AS 0.000 0.000 0.000 Symmetry Transformation 2 ROTATION MATRIX -1.000 0.000 0.000 0.000 -1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 TRANSLATION VECTOR IN AS 0.000 0.000 0.000 Symmetry Transformation 3 ROTATION MATRIX 0.000 -1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 TRANSLATION VECTOR IN AS 0.000 0.000 0.000 Symmetry Transformation 4 ROTATION MATRIX 0.000 1.000 0.000 -1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 TRANSLATION VECTOR IN AS 0.000 0.000 0.000
精密化空間: REAL

-
原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

2xky

ソフトウェア名称: Chimera
詳細Tetrad ROTATION MATRIX -0.74744 -0.64448 0.16117 0.66166 -0.74393 0.09367 0.05953 0.17665 0.98247 TRANSLATION VECTOR IN AS -28.01615 -38.28474 -19.16218 subsequently apply the following to both sets of transformed coordinates Symmetry Transformation 1 ROTATION MATRIX 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 TRANSLATION VECTOR IN AS 0.000 0.000 0.000 Symmetry Transformation 2 ROTATION MATRIX -1.000 0.000 0.000 0.000 -1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 TRANSLATION VECTOR IN AS 0.000 0.000 0.000 Symmetry Transformation 3 ROTATION MATRIX 0.000 -1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 TRANSLATION VECTOR IN AS 0.000 0.000 0.000 Symmetry Transformation 4 ROTATION MATRIX 0.000 1.000 0.000 -1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 TRANSLATION VECTOR IN AS 0.000 0.000 0.000
精密化空間: REAL

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る