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万見
- EMDB-15700: Type 3 secretion system needle complex of Shigella flexneri -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15700
タイトルType 3 secretion system needle complex of Shigella flexneri
マップデータMain map (sharpened and masked)
試料
  • 複合体: Needle complex of the type 3 secretion system
    • 複合体: Export apparatus core
      • タンパク質・ペプチド: Surface presentation of antigens protein SpaP
      • タンパク質・ペプチド: Surface presentation of antigens protein SpaR
      • タンパク質・ペプチド: Surface presentation of antigens protein SpaQ
      • タンパク質・ペプチド: Surface presentation of antigens protein SpaS
    • 複合体: Inner rod
      • タンパク質・ペプチド: Protein MxiI
    • 複合体: Needle filament
      • タンパク質・ペプチド: Protein MxiH
    • 複合体: Ring formed by the N1 domain of the secretin MxiD
      • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein MxiD
    • 複合体: MxiJ loop interacting with the export apparatus
      • タンパク質・ペプチド: Lipoprotein MxiJ
キーワードtype 3 secretion / needle complex / virulence factor / shigella / infection / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


type III protein secretion system complex / type II protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / protein secretion / protein targeting / cell outer membrane / protein transport / cell surface / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Type III secretion protein SpaR/YscT / Type III secretion protein HrpO / Yop virulence translocation protein R / Type III exporter system, secretion apparatus protein BsaZ / Type III secretion system substrate exporter / Type III secretion system substrate exporter, C-terminal / FlhB HrpN YscU SpaS Family / Type III secretion system lipoprotein HrcJ/YscJ / : ...: / Type III secretion protein SpaR/YscT / Type III secretion protein HrpO / Yop virulence translocation protein R / Type III exporter system, secretion apparatus protein BsaZ / Type III secretion system substrate exporter / Type III secretion system substrate exporter, C-terminal / FlhB HrpN YscU SpaS Family / Type III secretion system lipoprotein HrcJ/YscJ / : / SPI-1 type 3 secretion system secretin, N0 domain / Type III secretion system outer membrane pore YscC/HrcC / Type III secretion, needle-protein-like / Type III secretion, needle-protein-like superfamily / Type III secretion needle MxiH, YscF, SsaG, EprI, PscF, EscF / Type III secretion system, needle protein / Type III secretion system inner membrane R protein / Bacterial export protein family 3 / Bacterial export proteins, family 1 / Bacterial export proteins, family 3 / Flagella transport protein fliP family signature 1. / Type III secretion system inner membrane P protein / FliP family / Flagella transport protein fliP family signature 2. / Bacterial type II secretion system protein D signature. / Type II secretion system protein GspD, conserved site / : / NolW-like / NolW-like superfamily / Bacterial type II/III secretion system short domain / Type II/III secretion system / Bacterial type II and III secretion system protein / Lipoprotein YscJ/Flagellar M-ring protein / Secretory protein of YscJ/FliF family / Flagellar M-ring , N-terminal / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Surface presentation of antigens protein SpaP / Surface presentation of antigens protein SpaQ / Surface presentation of antigens protein SpaR / Surface presentation of antigens protein SpaS / Type 3 secretion system needle filament protein / Protein MxiI / Type 3 secretion system secretin / Lipoprotein MxiJ
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.05 Å
データ登録者Lunelli M
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Helmholtz Association ドイツ
引用ジャーナル: Protein Sci / 年: 2023
タイトル: Integrative structural analysis of the type III secretion system needle complex from Shigella flexneri.
著者: Lara Flacht / Michele Lunelli / Karol Kaszuba / Zhuo Angel Chen / Francis J O' Reilly / Juri Rappsilber / Jan Kosinski / Michael Kolbe /
要旨: The type III secretion system (T3SS) is a large, transmembrane protein machinery used by various pathogenic gram-negative bacteria to transport virulence factors into the host cell during infection. ...The type III secretion system (T3SS) is a large, transmembrane protein machinery used by various pathogenic gram-negative bacteria to transport virulence factors into the host cell during infection. Understanding the structure of T3SSs is crucial for future developments of therapeutics that could target this system. However, much of the knowledge about the structure of T3SS is available only for Salmonella, and it is unclear how this large assembly is conserved across species. Here, we combined cryo-electron microscopy, cross-linking mass spectrometry, and integrative modeling to determine the structure of the T3SS needle complex from Shigella flexneri. We show that the Shigella T3SS exhibits unique features distinguishing it from other structurally characterized T3SSs. The secretin pore complex adopts a new fold of its C-terminal S domain and the pilotin MxiM[SctG] locates around the outer surface of the pore. The export apparatus structure exhibits a conserved pseudohelical arrangement but includes the N-terminal domain of the SpaS[SctU] subunit, which was not present in any of the previously published virulence-related T3SS structures. Similar to other T3SSs, however, the apparatus is anchored within the needle complex by a network of flexible linkers that either adjust conformation to connect to equivalent patches on the secretin oligomer or bind distinct surface patches at the same height of the export apparatus. The conserved and unique features delineated by our analysis highlight the necessity to analyze T3SS in a species-specific manner, in order to fully understand the underlying molecular mechanisms of these systems. The structure of the type III secretion system from Shigella flexneri delineates conserved and unique features, which could be used for the development of broad-range therapeutics.
履歴
登録2022年8月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月1日-
マップ公開2023年3月1日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15700.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15700.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main map (sharpened and masked)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.38 Å/pix.
x 480 pix.
= 664.171 Å		1.38 Å/pix.
x 480 pix.
= 664.171 Å		1.38 Å/pix.
x 480 pix.
= 664.171 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ
XYZ
EMDB情報1.038371.038371.03837
CCP4マップ ヘッダ情報1.383691.383691.38369
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.20915963 - 0.30591616
平均 (標準偏差)0.0004833863 (±0.0075753983)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 498.41714 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_15700_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_15700_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_15700_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Needle complex of the type 3 secretion system

全体名称: Needle complex of the type 3 secretion system
要素
  • 複合体: Needle complex of the type 3 secretion system
    • 複合体: Export apparatus core
      • タンパク質・ペプチド: Surface presentation of antigens protein SpaP
      • タンパク質・ペプチド: Surface presentation of antigens protein SpaR
      • タンパク質・ペプチド: Surface presentation of antigens protein SpaQ
      • タンパク質・ペプチド: Surface presentation of antigens protein SpaS
    • 複合体: Inner rod
      • タンパク質・ペプチド: Protein MxiI
    • 複合体: Needle filament
      • タンパク質・ペプチド: Protein MxiH
    • 複合体: Ring formed by the N1 domain of the secretin MxiD
      • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein MxiD
    • 複合体: MxiJ loop interacting with the export apparatus
      • タンパク質・ペプチド: Lipoprotein MxiJ

+
超分子 #1: Needle complex of the type 3 secretion system

超分子名称: Needle complex of the type 3 secretion system / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)

+
超分子 #2: Export apparatus core

超分子名称: Export apparatus core / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)

+
超分子 #3: Inner rod

超分子名称: Inner rod / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5
由来(天然)生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)

+
超分子 #4: Needle filament

超分子名称: Needle filament / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6
由来(天然)生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)

+
超分子 #5: Ring formed by the N1 domain of the secretin MxiD

超分子名称: Ring formed by the N1 domain of the secretin MxiD / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #7
由来(天然)生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)

+
超分子 #6: MxiJ loop interacting with the export apparatus

超分子名称: MxiJ loop interacting with the export apparatus / タイプ: complex / ID: 6 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #8
由来(天然)生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)

+
分子 #1: Surface presentation of antigens protein SpaP

分子名称: Surface presentation of antigens protein SpaP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
分子量理論値: 24.215562 KDa
配列文字列: MLSDMSLIAT LSFFTLLPFL VAAGTCYIKF SIVFVMVRNA LGLQQVPSNM TLNGIALIMA LFVMKPIIEA GYENYLNGPQ KFDTISDIV RFSDSGLMEY KQYLKKHTDL ELARFFQRSE EENADLKSAE NNDYSLFSLL PAYALSEIKD AFKIGFYLYL P FVVVDLVI ...文字列:
MLSDMSLIAT LSFFTLLPFL VAAGTCYIKF SIVFVMVRNA LGLQQVPSNM TLNGIALIMA LFVMKPIIEA GYENYLNGPQ KFDTISDIV RFSDSGLMEY KQYLKKHTDL ELARFFQRSE EENADLKSAE NNDYSLFSLL PAYALSEIKD AFKIGFYLYL P FVVVDLVI SSILLALGMM MMSPITISVP IKLVLFVALD GWGILSKALI EQYINIPA

UniProtKB: Surface presentation of antigens protein SpaP

+
分子 #2: Surface presentation of antigens protein SpaR

分子名称: Surface presentation of antigens protein SpaR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
分子量理論値: 28.513773 KDa
配列文字列: MDISSWFESI HVFLILLNGV FFRLAPLFFF LPFLNNGIIS PSIRIPVIFL VASGLITSGK VDIGSSVFEH VYFLMFKEII VGLLLSFCL SLPFWIFHAV GSIIDNQRGA TLSSSIDPAN GVDTSELAKF FNLFSAVVFL YSGGMVFILE SIQLSYNICP L FSQCSFRI ...文字列:
MDISSWFESI HVFLILLNGV FFRLAPLFFF LPFLNNGIIS PSIRIPVIFL VASGLITSGK VDIGSSVFEH VYFLMFKEII VGLLLSFCL SLPFWIFHAV GSIIDNQRGA TLSSSIDPAN GVDTSELAKF FNLFSAVVFL YSGGMVFILE SIQLSYNICP L FSQCSFRI SNILTFLTLL ASQAVILASP VMIVLLLSEV LLGVLSRFAP QMNAFSVSLT IKSLLAIFII FICSSTIYFS KV QFFLGEH KFFTNLFVR

UniProtKB: Surface presentation of antigens protein SpaR

+
分子 #3: Surface presentation of antigens protein SpaQ

分子名称: Surface presentation of antigens protein SpaQ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
分子量理論値: 9.433338 KDa
配列文字列:
MSDIVYMGNK ALYLILIFSL WPVGIATVIG LSIGLLQTVT QLQEQTLPFG IKLIGVSISL LLLSGWYGEV LLSFCHEIMF LIKSGV

UniProtKB: Surface presentation of antigens protein SpaQ

+
分子 #4: Surface presentation of antigens protein SpaS

分子名称: Surface presentation of antigens protein SpaS / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
分子量理論値: 39.903348 KDa
配列文字列: MANKTEKPTP KKLKDAAKKG QSFKFKDLTT VVIILVGTFT IISFFSLSDV MLLYRYVIIN DFEINEGKYF FAVVIVFFKI IGFPLFFCV LSAVLPTLVQ TKFVLATKAI KIDFSVLNPV KGLKKIFSIK TIKEFFKSIL LLIILALTTY FFWINDRKII F SQVFSSVD ...文字列:
MANKTEKPTP KKLKDAAKKG QSFKFKDLTT VVIILVGTFT IISFFSLSDV MLLYRYVIIN DFEINEGKYF FAVVIVFFKI IGFPLFFCV LSAVLPTLVQ TKFVLATKAI KIDFSVLNPV KGLKKIFSIK TIKEFFKSIL LLIILALTTY FFWINDRKII F SQVFSSVD GLYLIWGRLF KDIILFFLAF SILVIILDFV IEFILYMKDM MMDKQEIKRE YIEQEGHFET KSRRRELHIE IL SEQTKSD IRNSKLVVMN PTHIAIGIYF NPEIAPAPFI SLIETNQCAL AVRKYANEVG IPTVRDVKLA RKLYKTHTKY SFV DFEHLD EVLRLIVWLE QVENTH

UniProtKB: Surface presentation of antigens protein SpaS

+
分子 #5: Protein MxiI

分子名称: Protein MxiI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
分子量理論値: 10.64 KDa
配列文字列:
MNYIYPVNQV DIIKASDFQS QEISSLEDVV SAKYSDIKMD TDIQVSQIME MVSNPESLNP ESLAKLQTTL SNYSIGVSLA GTLARKTVS AVETLLKS

UniProtKB: Protein MxiI

+
分子 #6: Protein MxiH

分子名称: Protein MxiH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 28 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
分子量理論値: 11.060279 KDa
組換発現生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
配列文字列:
MASWSHPQFE KIEGRMSVTV PNDDWTLSSL SETFDDGTQT LQGELTLALD KLAKNPSNPQ LLAEYQSKLS EYTLYRNAQS NTVKVIKDV DAAIIQNFR

UniProtKB: Type 3 secretion system needle filament protein

+
分子 #7: Outer membrane protein MxiD

分子名称: Outer membrane protein MxiD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
分子量理論値: 63.230414 KDa
配列文字列: MKKFNIKSLT LLIVLLPLIV NANNIDSHLL EQNDIAKYVA QSDTVGSFFE RFSALLNYPI VVSKQAAKKR ISGEFDLSNP EEMLEKLTL LVGLIWYKDG NALYIYDSGE LISKVILLEN ISLNYLIQYL KDANLYDHRY PIRGNISDKT FYISGPPALV E LVANTATL ...文字列:
MKKFNIKSLT LLIVLLPLIV NANNIDSHLL EQNDIAKYVA QSDTVGSFFE RFSALLNYPI VVSKQAAKKR ISGEFDLSNP EEMLEKLTL LVGLIWYKDG NALYIYDSGE LISKVILLEN ISLNYLIQYL KDANLYDHRY PIRGNISDKT FYISGPPALV E LVANTATL LDKQVSSIGT DKVNFGVIKL KNTFVSDRTY NMRGEDIVIP GVATVVERLL NNGKALSNRQ AQNDPMPPFN IT QKVSEDS NDFSFSSVTN SSILEDVSLI AYPETNSILV KGNDQQIQII RDIITQLDVA KRHIELSLWI IDIDKSELNN LGV NWQGTA SFGDSFGASF NMSSSASIST LDGNKFIASV MALNQKKKAN VVSRPVILTQ ENIPAIFDNN RTFYVSLVGE RNSS LEHVT YGTLINVIPR FSSRGQIEMS LTIEDGTGNS QSNYNYNNEN TSVLPEVGRT KISTIARVPQ GKSLLIGGYT HETNS NEII SIPFLSSIPV IGNVFKYKTS NISNIVRVFL IQPREIKESS YYNTAEYKSL ISEREIQKTT QIIPSETTLL EDEKSL VSY LNY

UniProtKB: Type 3 secretion system secretin

+
分子 #8: Lipoprotein MxiJ

分子名称: Lipoprotein MxiJ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 24 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
分子量理論値: 27.542055 KDa
配列文字列: MIRYKGFILF LLLMLIGCEQ REELISNLSQ RQANEIISVL ERHNITARKV DGGKQGISVQ VEKGTFASAV DLMRMYDLPN PERVDISQM FPTDSLVSSP RAEKARLYSA IEQRLEQSLV SIGGVISAKI HVSYDLEEKN ISSKPMHISV IAIYDSPKES E LLVSNIKR ...文字列:
MIRYKGFILF LLLMLIGCEQ REELISNLSQ RQANEIISVL ERHNITARKV DGGKQGISVQ VEKGTFASAV DLMRMYDLPN PERVDISQM FPTDSLVSSP RAEKARLYSA IEQRLEQSLV SIGGVISAKI HVSYDLEEKN ISSKPMHISV IAIYDSPKES E LLVSNIKR FLKNTFSDVK YENISVILTP KEEYVYTNVQ PVKEVKSEFL TNEVIYLFLG MAVLVVILLV WAFKTGWFKR NK I

UniProtKB: Lipoprotein MxiJ

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-6 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5238 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 101179
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

10046

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 90547
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6rwy

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6rwk

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6rwx

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 59.2
得られたモデル

PDB-8axk:
Type 3 secretion system export apparatus core, inner rod and needle of Shigella flexneri

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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