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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-15700 | |||||||||
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タイトル | Type 3 secretion system needle complex of Shigella flexneri | |||||||||
マップデータ | Main map (sharpened and masked) | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 type III protein secretion system complex / type II protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / protein secretion / protein targeting / cell outer membrane / protein transport / cell surface / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.05 Å | |||||||||
データ登録者 | Lunelli M | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Protein Sci / 年: 2023 タイトル: Integrative structural analysis of the type III secretion system needle complex from Shigella flexneri. 著者: Lara Flacht / Michele Lunelli / Karol Kaszuba / Zhuo Angel Chen / Francis J O' Reilly / Juri Rappsilber / Jan Kosinski / Michael Kolbe / 要旨: The type III secretion system (T3SS) is a large, transmembrane protein machinery used by various pathogenic gram-negative bacteria to transport virulence factors into the host cell during infection. ...The type III secretion system (T3SS) is a large, transmembrane protein machinery used by various pathogenic gram-negative bacteria to transport virulence factors into the host cell during infection. Understanding the structure of T3SSs is crucial for future developments of therapeutics that could target this system. However, much of the knowledge about the structure of T3SS is available only for Salmonella, and it is unclear how this large assembly is conserved across species. Here, we combined cryo-electron microscopy, cross-linking mass spectrometry, and integrative modeling to determine the structure of the T3SS needle complex from Shigella flexneri. We show that the Shigella T3SS exhibits unique features distinguishing it from other structurally characterized T3SSs. The secretin pore complex adopts a new fold of its C-terminal S domain and the pilotin MxiM[SctG] locates around the outer surface of the pore. The export apparatus structure exhibits a conserved pseudohelical arrangement but includes the N-terminal domain of the SpaS[SctU] subunit, which was not present in any of the previously published virulence-related T3SS structures. Similar to other T3SSs, however, the apparatus is anchored within the needle complex by a network of flexible linkers that either adjust conformation to connect to equivalent patches on the secretin oligomer or bind distinct surface patches at the same height of the export apparatus. The conserved and unique features delineated by our analysis highlight the necessity to analyze T3SS in a species-specific manner, in order to fully understand the underlying molecular mechanisms of these systems. The structure of the type III secretion system from Shigella flexneri delineates conserved and unique features, which could be used for the development of broad-range therapeutics. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_15700.map.gz | 39 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-15700-v30.xml emd-15700.xml | 26.8 KB 26.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_15700_fsc.xml | 17 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_15700.png | 93.2 KB | ||
マスクデータ | emd_15700_msk_1.map | 421.9 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_15700_half_map_1.map.gz emd_15700_half_map_2.map.gz | 337.8 MB 338.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15700 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15700 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8axkMC 8axlC 8axnC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_15700.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Main map (sharpened and masked) | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ |
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密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_15700_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_15700_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_15700_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Needle complex of the type 3 secretion system
+超分子 #1: Needle complex of the type 3 secretion system
+超分子 #2: Export apparatus core
+超分子 #3: Inner rod
+超分子 #4: Needle filament
+超分子 #5: Ring formed by the N1 domain of the secretin MxiD
+超分子 #6: MxiJ loop interacting with the export apparatus
+分子 #1: Surface presentation of antigens protein SpaP
+分子 #2: Surface presentation of antigens protein SpaR
+分子 #3: Surface presentation of antigens protein SpaQ
+分子 #4: Surface presentation of antigens protein SpaS
+分子 #5: Protein MxiI
+分子 #6: Protein MxiH
+分子 #7: Outer membrane protein MxiD
+分子 #8: Lipoprotein MxiJ
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-6 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5238 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 25.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 101179 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |