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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12515 | |||||||||
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タイトル | Vibrio cholerae ParA2-ATPyS-DNA filament | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | AAA domain / AAA domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Chromosome partitioning protein ParA 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Vibrio cholerae (コレラ菌) / Neoarius leptaspis (魚類) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Parker AV / Bergeron JRC | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: The structure of the bacterial DNA segregation ATPase filament reveals the conformational plasticity of ParA upon DNA binding. 著者: Alexandra V Parker / Daniel Mann / Svetomir B Tzokov / Ling C Hwang / Julien R C Bergeron / 要旨: The efficient segregation of replicated genetic material is an essential step for cell division. Bacterial cells use several evolutionarily-distinct genome segregation systems, the most common of ...The efficient segregation of replicated genetic material is an essential step for cell division. Bacterial cells use several evolutionarily-distinct genome segregation systems, the most common of which is the type I Par system. It consists of an adapter protein, ParB, that binds to the DNA cargo via interaction with the parS DNA sequence; and an ATPase, ParA, that binds nonspecific DNA and mediates cargo transport. However, the molecular details of how this system functions are not well understood. Here, we report the cryo-EM structure of the Vibrio cholerae ParA2 filament bound to DNA, as well as the crystal structures of this protein in various nucleotide states. These structures show that ParA forms a left-handed filament on DNA, stabilized by nucleotide binding, and that ParA undergoes profound structural rearrangements upon DNA binding and filament assembly. Collectively, our data suggest the structural basis for ParA's cooperative binding to DNA and the formation of high ParA density regions on the nucleoid. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12515.map.gz | 13.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12515-v30.xml emd-12515.xml | 11.7 KB 11.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_12515.png | 51.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12515 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12515 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12515.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 14.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : ParA2-ATPgS-DNA
全体 | 名称: ParA2-ATPgS-DNA |
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要素 |
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-超分子 #1: ParA2-ATPgS-DNA
超分子 | 名称: ParA2-ATPgS-DNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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-分子 #1: AAA family ATPase
分子 | 名称: AAA family ATPase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) |
分子量 | 理論値: 46.440969 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAMKREQTIE NLYQLAQLTQ QVQADRIEIV LEERRDEHFP PMSKALMETR SGLTRRKLDE AIAKMEEAGH QFTKNNANHY SISLSEAHM LMDAAGVPKF HERKKNNENK PWIINVQNQK GGTGKSMTAV HLAACLALNL DKRYRICLID LDPQGSLRLF L NPQISLAE ...文字列: MAMKREQTIE NLYQLAQLTQ QVQADRIEIV LEERRDEHFP PMSKALMETR SGLTRRKLDE AIAKMEEAGH QFTKNNANHY SISLSEAHM LMDAAGVPKF HERKKNNENK PWIINVQNQK GGTGKSMTAV HLAACLALNL DKRYRICLID LDPQGSLRLF L NPQISLAE HTNIYSAVDI MLDNVPDGVQ VDTEFLRKNV MLPTQYPNLK TISAFPEDAM FNAEAWQYLS QNQSLDIVRL LK EKLIDKI ASDFDIIMID TGPHVDPLVW NAMYASNALL IPCAAKRLDW ASTVNFFQHL PTVYEMFPED WKGLEFVRLM PTM FEDDNK KQVSVLTEMN YLLGDQVMMA TIPRSRAFET CADTYSTVFD LTVNDFEGGK KTLATAQDAV QKSALELERV LHSH WSSLN QG |
-分子 #2: DNA (49-MER)
分子 | 名称: DNA (49-MER) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Neoarius leptaspis (魚類) |
分子量 | 理論値: 15.30217 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA) |
-分子 #3: DNA (49-MER)
分子 | 名称: DNA (49-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Neoarius leptaspis (魚類) |
分子量 | 理論値: 14.86049 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT) |
-分子 #4: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 8 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #5: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子 | 名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 8 / 式: AGS |
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分子量 | 理論値: 523.247 Da |
Chemical component information | ChemComp-AGS: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 52.02 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 28.68 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -80.57 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 182997 |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: OTHER |
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得られたモデル | PDB-7npf: |