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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11471 | |||||||||||||||
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タイトル | Extended cryo-EM map of native human uromodulin filament core at 4.7 A resolution | |||||||||||||||
マップデータ | sharpened map | |||||||||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Stanisich JJ / Zyla D / Afanasyev P / Xu J / Pilhofer M / Boehringer D / Glockshuber R | |||||||||||||||
資金援助 | スイス, 4件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: The cryo-EM structure of the human uromodulin filament core reveals a unique assembly mechanism. 著者: Jessica J Stanisich / Dawid S Zyla / Pavel Afanasyev / Jingwei Xu / Anne Kipp / Eric Olinger / Olivier Devuyst / Martin Pilhofer / Daniel Boehringer / Rudi Glockshuber / 要旨: The glycoprotein uromodulin (UMOD) is the most abundant protein in human urine and forms filamentous homopolymers that encapsulate and aggregate uropathogens, promoting pathogen clearance by urine ...The glycoprotein uromodulin (UMOD) is the most abundant protein in human urine and forms filamentous homopolymers that encapsulate and aggregate uropathogens, promoting pathogen clearance by urine excretion. Despite its critical role in the innate immune response against urinary tract infections, the structural basis and mechanism of UMOD polymerization remained unknown. Here, we present the cryo-EM structure of the UMOD filament core at 3.5 Å resolution, comprised of the bipartite zona pellucida (ZP) module in a helical arrangement with a rise of ~65 Å and a twist of ~180°. The immunoglobulin-like ZPN and ZPC subdomains of each monomer are separated by a long linker that interacts with the preceding ZPC and following ZPN subdomains by β-sheet complementation. The unique filament architecture suggests an assembly mechanism in which subunit incorporation could be synchronized with proteolytic cleavage of the C-terminal pro-peptide that anchors assembly-incompetent UMOD precursors to the membrane. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11471.map.gz | 116.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11471-v30.xml emd-11471.xml | 20.2 KB 20.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_11471.png | 81.6 KB | ||
マスクデータ | emd_11471_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_11471_additional.map.gz emd_11471_half_map_1.map.gz emd_11471_half_map_2.map.gz | 115.9 MB 23.2 MB 23.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11471 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11471 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_11471_validation.pdf.gz | 411.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_11471_full_validation.pdf.gz | 410.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_11471_validation.xml.gz | 12.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11471 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11471 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11471.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.084 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_11471_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: unsharpened map
ファイル | emd_11471_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_11471_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_11471_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Native human uromodulin filament core
全体 | 名称: Native human uromodulin filament core |
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要素 |
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-超分子 #1: Native human uromodulin filament core
超分子 | 名称: Native human uromodulin filament core / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Native uromodulin was purified from healthy human urine. |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 実験値: 1.28 kDa/nm |
-分子 #1: Native human uromodulin
分子 | 名称: Native human uromodulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: LLEHRLECGA NDMKVSLGKC QLKSLGFDKV FMY LSDSRC SGFNDRDNRD WVSVVTPARD GPCGTVLTRN ETHATYSNTL YLADEIIIRD LNIK INFAC SYPLDMKVSL KTALQPMVSA LNIRVGGTGM FTVRMALFQT PSYTQPYQGS SVTLS TEAF LYVGTMLDGG ...文字列: LLEHRLECGA NDMKVSLGKC QLKSLGFDKV FMY LSDSRC SGFNDRDNRD WVSVVTPARD GPCGTVLTRN ETHATYSNTL YLADEIIIRD LNIK INFAC SYPLDMKVSL KTALQPMVSA LNIRVGGTGM FTVRMALFQT PSYTQPYQGS SVTLS TEAF LYVGTMLDGG DLSRFALLMT NCYATPSSNA TDPLKYFIIQ DRCPHTRDST IQVVEN GES SQGRFSVQMF RFAGNYDLVY LHCEVYLCDT MNEKCKPTCS G |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 1.58 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8.2 / 構成要素 - 濃度: 0.5 mM / 構成要素 - 式: EDTA / 構成要素 - 名称: Ethylenediaminetetraacetic acid |
グリッド | モデル: Homemade / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 支持フィルム - Film thickness: 3.0 nm |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 282 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: 3.5 ul sample, 30 s wait time, 0.5 s drain time, 13.5 s blotting from the back. |
詳細 | individual, isolated fibers |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 9543 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 45.0 e/Å2 / 詳細: Data was joined from two sessions |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.3 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |