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- EMDB-11399: VAP-A engaged in in vitro membrane contact sites. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11399
タイトルVAP-A engaged in in vitro membrane contact sites.
マップデータ
試料
  • 複合体: human VAP-A
    • タンパク質・ペプチド: human Vesicle-associated membrane protein-associated protein A
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 25.2 Å
データ登録者de la Mora E / diCicco A / Dezi M / Levy D
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Nanoscale architecture of a VAP-A-OSBP tethering complex at membrane contact sites.
著者: Eugenio de la Mora / Manuela Dezi / Aurélie Di Cicco / Joëlle Bigay / Romain Gautier / John Manzi / Joël Polidori / Daniel Castaño-Díez / Bruno Mesmin / Bruno Antonny / Daniel Lévy /
要旨: Membrane contact sites (MCS) are subcellular regions where two organelles appose their membranes to exchange small molecules, including lipids. Structural information on how proteins form MCS is ...Membrane contact sites (MCS) are subcellular regions where two organelles appose their membranes to exchange small molecules, including lipids. Structural information on how proteins form MCS is scarce. We designed an in vitro MCS with two membranes and a pair of tethering proteins suitable for cryo-tomography analysis. It includes VAP-A, an ER transmembrane protein interacting with a myriad of cytosolic proteins, and oxysterol-binding protein (OSBP), a lipid transfer protein that transports cholesterol from the ER to the trans Golgi network. We show that VAP-A is a highly flexible protein, allowing formation of MCS of variable intermembrane distance. The tethering part of OSBP contains a central, dimeric, and helical T-shape region. We propose that the molecular flexibility of VAP-A enables the recruitment of partners of different sizes within MCS of adjustable thickness, whereas the T geometry of the OSBP dimer facilitates the movement of the two lipid-transfer domains between membranes.
履歴
登録2020年7月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年5月12日-
マップ公開2021年5月12日-
更新2021年11月24日-
現状2021年11月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 1.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11399.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11399.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 549.8 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.8 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.8 / ムービー #1: 1.8
最小 - 最大-11.031767 - 10.580833
平均 (標準偏差)0.08101474 (±0.7587058)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ525252
Spacing525252
セルA=B=C: 353.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z6.86.86.8
M x/y/z525252
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z353.600353.600353.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS525252
D min/max/mean-11.03210.5810.081

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : human VAP-A

全体名称: human VAP-A
要素
  • 複合体: human VAP-A
    • タンパク質・ペプチド: human Vesicle-associated membrane protein-associated protein A

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超分子 #1: human VAP-A

超分子名称: human VAP-A / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 27.9 kDa/nm

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分子 #1: human Vesicle-associated membrane protein-associated protein A

分子名称: human Vesicle-associated membrane protein-associated protein A
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MASASGAMAK HEQILVLDPP TDLKFKGPFT DVVTTNLKLR NPSDRKVCFK VKTTAPRRYC VRPNSGIIDP GSTVTVSVML QPFDYDPNEK SKHKFMVQTI FAPPNTSDME AVWKEAKPDE LMDSKLRCVF EMPNENDKLN DMEPSKAVPL NASKQDGPMP KPHSVSLNDT ...文字列:
MASASGAMAK HEQILVLDPP TDLKFKGPFT DVVTTNLKLR NPSDRKVCFK VKTTAPRRYC VRPNSGIIDP GSTVTVSVML QPFDYDPNEK SKHKFMVQTI FAPPNTSDME AVWKEAKPDE LMDSKLRCVF EMPNENDKLN DMEPSKAVPL NASKQDGPMP KPHSVSLNDT ETRKLMEECK RLQGEMMKLS EENRHLRDEG LRLRKVAHSD KPGSTSTASF RDNVTSPLPS LLVVIAAIFI GFFLGKFIL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC8H18N2O4S4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
120.0 mMC2H3KO2Potassium acetate

詳細: 50 mM HEPES pH 7.4 120 mM potassium acetate
グリッドモデル: Homemade / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 98 % / チャンバー内温度: 21 K / 装置: LEICA PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 2 / 平均電子線量: 3.5 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

抽出トモグラム数: 30 / 使用した粒子像数: 20941 / 手法: Subtomogram averaging / ソフトウェア - 名称: Dynamo (ver. 1.1.478)
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFPHASEFLIP
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Dynamo / 使用したサブトモグラム数: 8641
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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